More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0001 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  100 
 
 
477 aa  994    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3606  chromosomal replication initiator protein DnaA  64.57 
 
 
476 aa  658    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2357  chromosomal replication initiator protein DnaA  62.39 
 
 
476 aa  637    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.048166  normal  0.586326 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0005  chromosomal replication initiation protein  56.21 
 
 
475 aa  566  1e-160  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12738  chromosomal replication initiation protein  55.16 
 
 
475 aa  559  1e-158  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.843582  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  54.14 
 
 
469 aa  534  1e-150  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.280164  normal  0.937405 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51 
 
 
503 aa  531  1e-150  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0001  chromosomal replication initiation protein  52.53 
 
 
477 aa  534  1e-150  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1938  chromosomal replication initiation protein  53.14 
 
 
473 aa  512  1e-144  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3008  chromosomal replication initiation protein  51.9 
 
 
471 aa  510  1e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.96 
 
 
480 aa  511  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0206444  normal  0.0774659 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0001  chromosomal replication initiation protein  47.05 
 
 
492 aa  462  1e-129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.943807  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0001  chromosomal replication initiation protein  45.99 
 
 
491 aa  456  1e-127  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0001  chromosomal replication initiation protein  46.72 
 
 
490 aa  450  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2133  chromosomal replication initiation protein  45.07 
 
 
489 aa  443  1e-123  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.00000000845727  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0001  chromosomal replication initiation protein  45.28 
 
 
487 aa  441  9.999999999999999e-123  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00605191  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0001  chromosomal replication initiation protein  44.26 
 
 
491 aa  438  1e-121  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.96301  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0001  chromosomal replication initiation protein  44.24 
 
 
492 aa  433  1e-120  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.983579  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0001  chromosomal replication initiation protein  42.06 
 
 
473 aa  406  1.0000000000000001e-112  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000560056 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.94 
 
 
443 aa  358  8e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  38.69 
 
 
457 aa  349  7e-95  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  38.69 
 
 
457 aa  348  9e-95  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  39.96 
 
 
446 aa  343  4e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  39.96 
 
 
446 aa  343  5.999999999999999e-93  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  39.83 
 
 
446 aa  342  1e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.79 
 
 
463 aa  342  1e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.39 
 
 
454 aa  341  1e-92  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0002  chromosomal replication initiation protein  38.68 
 
 
442 aa  342  1e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0135977  hitchhiker  0.0000101386 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  39.83 
 
 
446 aa  342  1e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  39.61 
 
 
446 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  39.61 
 
 
446 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  39.61 
 
 
446 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  39.61 
 
 
446 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  39.61 
 
 
446 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  38.19 
 
 
446 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000208181  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  40.04 
 
 
446 aa  339  5.9999999999999996e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  38.81 
 
 
450 aa  338  9e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  39.31 
 
 
446 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  37.31 
 
 
449 aa  337  1.9999999999999998e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  38.69 
 
 
450 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  37.86 
 
 
452 aa  336  5e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  37.86 
 
 
452 aa  336  5e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2371  chromosomal replication initiation protein  38.69 
 
 
443 aa  333  5e-90  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0166544  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  35.2 
 
 
495 aa  333  6e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  38.49 
 
 
445 aa  330  4e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  37.04 
 
 
443 aa  330  4e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  33.83 
 
 
462 aa  329  5.0000000000000004e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000281438  unclonable  0.0000000118337 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  34.27 
 
 
462 aa  329  6e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  unclonable  0.000000000136332 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.23 
 
 
453 aa  329  6e-89  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  34.63 
 
 
461 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000102323  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  33.98 
 
 
460 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  34.19 
 
 
461 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0001  chromosomal replication initiation protein  36.89 
 
 
460 aa  327  3e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  33.98 
 
 
460 aa  327  3e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  33.77 
 
 
461 aa  327  3e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  33.98 
 
 
460 aa  327  4.0000000000000003e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000724276  unclonable  0.0000176 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  37.11 
 
 
451 aa  326  5e-88  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123931  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  37.11 
 
 
451 aa  326  5e-88  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.77 
 
 
464 aa  326  7e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  33.26 
 
 
462 aa  326  7e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000998931  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  33.26 
 
 
462 aa  326  7e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000562887  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  33.26 
 
 
462 aa  326  7e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000157699  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  33.26 
 
 
462 aa  326  7e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  33.76 
 
 
460 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.83 
 
 
439 aa  325  1e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00780596  normal  0.982574 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  37.9 
 
 
449 aa  324  2e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  33.48 
 
 
462 aa  324  2e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000211976  n/a   
 
 
 
NC_007517  Gmet_0001  chromosomal replication initiation protein  37.42 
 
 
450 aa  323  3e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  35.92 
 
 
478 aa  323  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  36.7 
 
 
451 aa  323  4e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000764641  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  36.36 
 
 
452 aa  322  9.999999999999999e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  33.69 
 
 
459 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.56 
 
 
455 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.738178 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  36.23 
 
 
455 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0001  chromosomal replication initiation protein  34.53 
 
 
511 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.424003  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  34.12 
 
 
467 aa  320  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0001  chromosomal replication initiation protein  36.25 
 
 
458 aa  320  3e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000304436  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  34.82 
 
 
465 aa  320  3e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  35.73 
 
 
494 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0001  chromosomal replication initiation protein  37.32 
 
 
440 aa  320  3.9999999999999996e-86  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000118947  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.26 
 
 
454 aa  320  3.9999999999999996e-86  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000331762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  34.19 
 
 
467 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  34.39 
 
 
465 aa  320  5e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  34.19 
 
 
467 aa  319  7e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.19 
 
 
467 aa  319  7e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  34.19 
 
 
467 aa  319  7e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  34.19 
 
 
467 aa  319  7e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  34.19 
 
 
467 aa  319  7e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  34.19 
 
 
467 aa  319  7e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.91 
 
 
483 aa  319  7e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000328329  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  33.83 
 
 
462 aa  319  7.999999999999999e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  33.83 
 
 
462 aa  319  7.999999999999999e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.74 
 
 
444 aa  319  7.999999999999999e-86  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  34.55 
 
 
466 aa  318  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  34.55 
 
 
466 aa  318  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  34.55 
 
 
466 aa  318  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  34.55 
 
 
466 aa  318  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  34.19 
 
 
467 aa  318  1e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  33.69 
 
 
466 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.21 
 
 
449 aa  317  2e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141272  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>