More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0289 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0289  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD(P)(+))  100 
 
 
483 aa  972    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2692  succinate semialdehyde dehydrogenase  71.04 
 
 
491 aa  678    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.41255  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2417  succinate semialdehyde dehydrogenase  65.15 
 
 
525 aa  611  1e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.02914  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5232  Succinate-semialdehyde dehydrogenase  64.66 
 
 
498 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.88595  normal  0.882474 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3703  aldehyde dehydrogenase  64.24 
 
 
498 aa  588  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5500  Aldehyde Dehydrogenase  64.66 
 
 
498 aa  588  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00406533 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3471  aldehyde dehydrogenase  60.71 
 
 
498 aa  545  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.793386  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3167  hypothetical protein  61.54 
 
 
497 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.662666  normal  0.634787 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000636  NAD-dependent aldehyde dehydrogenase  52.52 
 
 
506 aa  511  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2774  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.89 
 
 
486 aa  488  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1691  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.27 
 
 
484 aa  485  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.943711  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2971  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  49.27 
 
 
482 aa  485  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0217153 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2988  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  49.48 
 
 
482 aa  485  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.853074  normal  0.0957266 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2904  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  49.27 
 
 
482 aa  485  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02517  succinate-semialdehyde dehydrogenase I, NADP-dependent  49.06 
 
 
482 aa  484  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1045  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.85 
 
 
482 aa  483  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3441  succinate semialdehyde dehydrogenase  52.77 
 
 
479 aa  481  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.301737  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2796  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  49.06 
 
 
482 aa  484  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2991  succinic semialdehyde dehydrogenase  50.21 
 
 
485 aa  483  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6539300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02481  hypothetical protein  49.06 
 
 
482 aa  484  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3092  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  49.06 
 
 
482 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1022  succinic semialdehyde dehydrogenase  48.64 
 
 
482 aa  480  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1756  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)  54.03 
 
 
491 aa  481  1e-134  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49080  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  49.69 
 
 
483 aa  479  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.133526  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2941  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.85 
 
 
482 aa  480  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0112  succinic semialdehyde dehydrogenase  51.99 
 
 
484 aa  479  1e-134  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3748  succinate semialdehyde dehydrogenase  52.61 
 
 
484 aa  479  1e-134  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2324  succinate semialdehyde dehydrogenase  53.56 
 
 
492 aa  479  1e-134  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.832005  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4208  succinate semialdehyde dehydrogenase  51.58 
 
 
500 aa  480  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485625  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3395  succinate semialdehyde dehydrogenase  48.54 
 
 
509 aa  478  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.610857  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3903  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.64 
 
 
482 aa  478  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.85959 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2781  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.85 
 
 
482 aa  481  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.610238 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2725  succinate semialdehyde dehydrogenase  53.25 
 
 
515 aa  481  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.774266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1292  succinic semialdehyde dehydrogenase  50 
 
 
485 aa  480  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00190928  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0394  succinic semialdehyde dehydrogenase  51.78 
 
 
489 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.41264  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1481  succinate-semialdehyde dehydrogenase  51.57 
 
 
489 aa  475  1e-133  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.670932  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1820  succinate-semialdehyde dehydrogenase  51.78 
 
 
489 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2125  succinate-semialdehyde dehydrogenase  51.78 
 
 
489 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.481281  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3222  succinic semialdehyde dehydrogenase  51.36 
 
 
484 aa  478  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0808  succinate-semialdehyde dehydrogenase  51.78 
 
 
489 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0492  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)  51.78 
 
 
489 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.27369  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2286  aldehyde dehydrogenase  54.26 
 
 
490 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.595022  hitchhiker  0.00886969 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2003  succinic semialdehyde dehydrogenase  52.81 
 
 
496 aa  473  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000861925 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4422  succinate-semialdehyde dehydrogenase, putative  55.32 
 
 
490 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000121464 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0231  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.22 
 
 
483 aa  474  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0343  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  47.59 
 
 
483 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3004  succinic semialdehyde dehydrogenase  48.74 
 
 
482 aa  472  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03430  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  47.8 
 
 
483 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.59013  hitchhiker  1.44142e-17 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0213  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.01 
 
 
480 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.246043 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3363  succinic semialdehyde dehydrogenase  50.1 
 
 
489 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.159343 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0187  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.01 
 
 
480 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0786  succinic semialdehyde dehydrogenase  51.06 
 
 
493 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2120  succinate-semialdehyde dehydrogenase  51.36 
 
 
489 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.71661  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3493  succinic semialdehyde dehydrogenase  51.91 
 
 
483 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.348419  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0228  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.01 
 
 
480 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4999  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.22 
 
 
480 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354077  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4942  succinate-semialdehyde dehydrogenase I, NADP-dependent  51.36 
 
 
482 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.498743  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0289  succinic semialdehyde dehydrogenase  48.12 
 
 
490 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0300  succinate-semialdehyde dehydrogenase  47.8 
 
 
480 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4850  succinic semialdehyde dehydrogenase  48.64 
 
 
486 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4443  succinic semialdehyde dehydrogenase  51.47 
 
 
483 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.094172 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0237  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.01 
 
 
480 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5593  succinic semialdehyde dehydrogenase  51.99 
 
 
484 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0300  succinate semialdehyde dehydrogenase  49.58 
 
 
486 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.648676 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2493  succinate semialdehyde dehydrogenase  49.27 
 
 
490 aa  468  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.295666 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4662  succinic semialdehyde dehydrogenase  50.1 
 
 
493 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1093  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.89 
 
 
486 aa  463  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0598  succinic semialdehyde dehydrogenase  52.31 
 
 
492 aa  461  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0263  succinic semialdehyde dehydrogenase  50.52 
 
 
490 aa  463  1e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1976  succinate semialdehyde dehydrogenase  48.43 
 
 
496 aa  464  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.275824  normal  0.526034 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0909  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.06 
 
 
488 aa  462  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2568  succinic semialdehyde dehydrogenase  51.69 
 
 
486 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.951924  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3004  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.69 
 
 
489 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4712  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.69 
 
 
489 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5362  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.69 
 
 
489 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4908  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.69 
 
 
489 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0951  succinic semialdehyde dehydrogenase  48.01 
 
 
482 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4421  succinic semialdehyde dehydrogenase  48.23 
 
 
479 aa  459  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5242  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.48 
 
 
489 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.426538  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0173  succinic semialdehyde dehydrogenase  48.43 
 
 
479 aa  461  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0091  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  47.17 
 
 
480 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3187  succinic semialdehyde dehydrogenase  47.17 
 
 
482 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.450535  normal  0.0362336 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1204  succinic semialdehyde dehydrogenase  47.17 
 
 
482 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.160081  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0279  succinate semialdehyde dehydrogenase  49.48 
 
 
489 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.89832  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1113  succinic semialdehyde dehydrogenase  47.17 
 
 
482 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0274  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.37 
 
 
492 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0656  succinic semialdehyde dehydrogenase  48.65 
 
 
503 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.131499 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0700  succinic semialdehyde dehydrogenase  48.86 
 
 
503 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.618227  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6931  succinic semialdehyde dehydrogenase  52.24 
 
 
479 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.80699  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1868  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.06 
 
 
486 aa  456  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4355  succinic semialdehyde dehydrogenase  48.74 
 
 
493 aa  455  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00805728 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3136  succinic semialdehyde dehydrogenase  51.48 
 
 
483 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8306  succinic semialdehyde dehydrogenase  50.85 
 
 
493 aa  456  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.985186  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1171  succinic semialdehyde dehydrogenase  46.96 
 
 
482 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0195542  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4681  succinic semialdehyde dehydrogenase  50.31 
 
 
492 aa  457  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1099  succinic semialdehyde dehydrogenase  47.17 
 
 
482 aa  457  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.681795  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0580  succinic semialdehyde dehydrogenase  50 
 
 
480 aa  454  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0060  succinate semialdehyde dehydrogenase  50.73 
 
 
507 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.455704  hitchhiker  0.00355427 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2636  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.48 
 
 
488 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6645  aldehyde dehydrogenase  52.11 
 
 
492 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>