More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1839 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013595  Sros_3676  excinuclease ABC subunit A  54.99 
 
 		 880 aa  881    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.090284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0207  ABC transporter related  60.88 
 
 		 898 aa  1028    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328362  normal  0.710281 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3087  excinuclease ABC subunit A  64.81 
 
 		 838 aa  1096    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05010  Excinuclease ATPase subunit  46.48 
 
 		 875 aa  678    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0151  ABC transporter related  60.77 
 
 		 898 aa  1030    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.160582 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5800  ABC transporter related  59.74 
 
 		 899 aa  1005    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.177592  normal  0.587186 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3073  excinuclease ABC, A subunit  62.93 
 
 		 950 aa  1092    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0673699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19620  excinuclease ABC, A subunit  56.07 
 
 		 863 aa  905    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2778  excinuclease ABC, A subunit  64.2 
 
 		 838 aa  1055    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0742019  normal  0.349743 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03329  putative excinuclease ABC subunit A  59.32 
 
 		 834 aa  1015    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5906  excinuclease ABC subunit A  62.63 
 
 		 897 aa  1083    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6072  ABC transporter related  53.46 
 
 		 827 aa  838    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.163743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1904  excinuclease ABC, A subunit  56.22 
 
 		 843 aa  922    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000110525 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2636  excinuclease ABC, A subunit  64.81 
 
 		 838 aa  1093    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3139  excinuclease ABC subunit A  61.54 
 
 		 877 aa  1059    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1787  ABC transporter related  52.95 
 
 		 845 aa  797    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.184754  normal  0.778498 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1887  excinuclease ABC, A subunit  54.88 
 
 		 776 aa  842    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.72737 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0594  ABC transporter related  56.63 
 
 		 848 aa  909    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.43104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0951  ABC transporter related  56.42 
 
 		 833 aa  889    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2009  excinuclease ABC, A subunit  59.42 
 
 		 880 aa  983    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2496  excinuclease ABC, A subunit  63.79 
 
 		 838 aa  1073    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0918  excinuclease ABC subunit A  63.79 
 
 		 899 aa  1105    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0866  excinuclease ABC, A subunit  78.44 
 
 		 853 aa  1350    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.249589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4773  excinuclease ABC, A subunit  64.56 
 
 		 850 aa  1088    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.235666  normal  0.0143445 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0603  ABC transporter related  56.39 
 
 		 848 aa  906    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.100941  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1839  excinuclease ABC, A subunit  100 
 
 		 822 aa  1687    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.351475  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3664  excinuclease ABC, A subunit  64.88 
 
 		 832 aa  1043    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0102  excinuclease ABC, A subunit  60.42 
 
 		 894 aa  1023    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0838  excinuclease ABC, A subunit  64.73 
 
 		 844 aa  1090    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.503748  normal  0.281681 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0906  excinuclease ABC, A subunit  56.21 
 
 		 860 aa  929    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4722  excinuclease ABC, A subunit  64.42 
 
 		 861 aa  1083    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.286456  normal  0.774067 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6320  excinuclease ABC, A subunit  63.23 
 
 		 885 aa  1080    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.687364  normal  0.941375 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4737  excinuclease ABC, A subunit  61.66 
 
 		 881 aa  1035    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6311  excinuclease ABC, A subunit  67.15 
 
 		 843 aa  1139    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.420844  normal  0.88955 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0616  ABC transporter related  56.39 
 
 		 848 aa  906    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.254325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2085  excinuclease ABC, A subunit  56.75 
 
 		 851 aa  887    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.56515 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2123  excinuclease ABC, A subunit  59.59 
 
 		 944 aa  995    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.429692 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2024  excinuclease ABC subunit A  46.39 
 
 		 945 aa  588  1e-166  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.136428  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2191  excinuclease ABC, A subunit  45.83 
 
 		 946 aa  582  1e-164  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.109423  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1999  excinuclease ABC subunit A  45.82 
 
 		 946 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0576024  normal  0.88061 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3339  excinuclease ABC subunit A  46.26 
 
 		 967 aa  575  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.818177 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3548  excinuclease ABC subunit A  45.98 
 
 		 967 aa  571  1e-161  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.658203  normal  0.309926 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13060  Excinuclease ABC subunit A  42.54 
 
 		 968 aa  569  1e-161  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11654  excinuclease ABC subunit A  43.41 
 
 		 972 aa  566  1e-160  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.550141 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2988  excinuclease ABC subunit A  45.29 
 
 		 973 aa  568  1e-160  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3137  excinuclease ABC, A subunit  43.18 
 
 		 961 aa  566  1e-160  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.484359  normal  0.0493947 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3003  excinuclease ABC subunit A  45.29 
 
 		 973 aa  568  1e-160  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.855569  normal  0.034696 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3032  excinuclease ABC subunit A  45.29 
 
 		 973 aa  568  1e-160  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.69865 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1542  excinuclease ABC, A subunit  45.48 
 
 		 965 aa  564  1.0000000000000001e-159  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.464882  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0337  excinuclease ABC subunit A  41.42 
 
 		 939 aa  562  1.0000000000000001e-159  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0329  excinuclease ABC subunit A  41.19 
 
 		 939 aa  563  1.0000000000000001e-159  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1109  excinuclease ABC subunit A  45.31 
 
 		 947 aa  565  1.0000000000000001e-159  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.57709  normal  0.229428 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2524  excinuclease ABC subunit A  43.45 
 
 		 1019 aa  562  1.0000000000000001e-159  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.247426  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3339  excinuclease ABC subunit A  44.54 
 
 		 987 aa  561  1e-158  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.535422  hitchhiker  0.000450974 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1437  excinuclease ABC, A subunit  43.1 
 
 		 942 aa  559  1e-158  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2422  excinuclease ABC, A subunit  44.67 
 
 		 952 aa  560  1e-158  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3111  excinuclease ABC subunit A  44.48 
 
 		 987 aa  557  1e-157  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.400929  normal  0.194384 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2851  excinuclease ABC, A subunit  44.04 
 
 		 960 aa  557  1e-157  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.149004  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0374  excinuclease ABC subunit A  42.52 
 
 		 952 aa  556  1e-157  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6045  excinuclease ABC subunit A  44.19 
 
 		 946 aa  553  1e-156  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.834052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25750  excinuclease ABC subunit A  44.23 
 
 		 953 aa  555  1e-156  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3018  excinuclease ABC, A subunit  45.54 
 
 		 948 aa  553  1e-156  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.244171  normal  0.490973 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2038  excinuclease ABC, A subunit  43.56 
 
 		 963 aa  553  1e-156  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.225095  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10450  Excinuclease ABC subunit A  43.22 
 
 		 960 aa  551  1e-155  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0436929  hitchhiker  0.0000000651145 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5483  excinuclease ABC subunit A  44.46 
 
 		 954 aa  550  1e-155  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.118727  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0816  excinuclease ABC, A subunit  41.78 
 
 		 983 aa  551  1e-155  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1053  excinuclease ABC, A subunit  41.96 
 
 		 927 aa  552  1e-155  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00826345  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1949  excinuclease ABC, A subunit  44.03 
 
 		 957 aa  546  1e-154  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0876147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3174  excinuclease ABC subunit A  42.27 
 
 		 955 aa  548  1e-154  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2710  excinuclease ABC subunit A  42.11 
 
 		 1008 aa  546  1e-154  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00698098 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2991  excinuclease ABC subunit A  41.48 
 
 		 954 aa  548  1e-154  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.9416  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1251  excinuclease ABC subunit A  44.4 
 
 		 971 aa  548  1e-154  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1422  excinuclease ABC, A subunit  44.27 
 
 		 963 aa  544  1e-153  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0151035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2119  excinuclease ABC, A subunit  40.93 
 
 		 942 aa  543  1e-153  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000168396  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1631  excinuclease ABC subunit A  44.48 
 
 		 976 aa  543  1e-153  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.978501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2057  excinuclease ABC subunit A  44.41 
 
 		 965 aa  543  1e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0577341  normal  0.730418 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1158  excinuclease ABC subunit A  40.76 
 
 		 941 aa  545  1e-153  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2178  excinuclease ABC subunit A  44.63 
 
 		 965 aa  543  1e-153  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0885  excinuclease ABC, A subunit  42.51 
 
 		 947 aa  545  1e-153  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2940  excinuclease ABC subunit A  43.89 
 
 		 995 aa  541  9.999999999999999e-153  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.316727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2176  excinuclease ABC, A subunit  36.93 
 
 		 1840 aa  541  9.999999999999999e-153  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2016  excinuclease ABC subunit A  42.04 
 
 		 923 aa  540  9.999999999999999e-153  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2992  excinuclease ABC, A subunit  44.65 
 
 		 1055 aa  541  9.999999999999999e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00155304  hitchhiker  0.00399188 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2079  excinuclease ABC subunit A  43.31 
 
 		 975 aa  541  9.999999999999999e-153  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.224045  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0572  excinuclease ABC, A subunit  44.09 
 
 		 976 aa  539  9.999999999999999e-153  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.114911  normal  0.199492 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1820  excinuclease ABC subunit A  43.59 
 
 		 973 aa  538  1e-151  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000137397 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15150  Excinuclease ABC subunit A  43.02 
 
 		 958 aa  538  1e-151  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.096343  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0294  excinuclease ABC, A subunit  43.81 
 
 		 946 aa  538  1e-151  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3956  excinuclease ABC, A subunit  40.9 
 
 		 963 aa  538  1e-151  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000293672  hitchhiker  0.00020375 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07070  Excinuclease ABC subunit A  41.99 
 
 		 954 aa  538  1e-151  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.478607 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0411  excinuclease ABC, A subunit  41.58 
 
 		 957 aa  536  1e-151  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0128  excinuclease ABC subunit A  41.29 
 
 		 937 aa  532  1e-150  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0255  excinuclease ABC subunit A  44.18 
 
 		 971 aa  533  1e-150  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11280  excinuclease ABC subunit A  43.5 
 
 		 994 aa  533  1e-150  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.259511  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0686  ABC transporter related  36.51 
 
 		 843 aa  532  1e-150  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.409076 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0260  excinuclease ABC, A subunit  40.72 
 
 		 947 aa  535  1e-150  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0669187  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0440  excinuclease ABC subunit A  42.02 
 
 		 916 aa  532  1e-150  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.674144  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3325  excinuclease ABC, A subunit  41.14 
 
 		 937 aa  529  1e-149  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0455  excinuclease ABC subunit A  43.87 
 
 		 916 aa  529  1e-149  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0811639  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5616  excinuclease ABC subunit A  42.42 
 
 		 1052 aa  529  1e-149  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239226 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>