More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3127 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.55 
 
 		 561 aa  951    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.835608  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 561 aa  1107    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0782  iron-uptake permease inner membrane protein  42.02 
 
 		 555 aa  394  1e-108  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.297135  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2587  iron(III) ABC transporter, permease protein  41.08 
 
 		 543 aa  378  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.01 
 
 		 544 aa  371  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03434  hypothetical protein  39.07 
 
 		 541 aa  370  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.96 
 
 		 543 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002575  ferric iron ABC transporter permease protein  38.62 
 
 		 541 aa  366  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.500484  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3346  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 		 544 aa  362  8e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 		 544 aa  359  6e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 		 544 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0138  iron(III) ABC transporter, permease protein  40.49 
 
 		 541 aa  358  1.9999999999999998e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000182315  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0845  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 		 543 aa  356  5.999999999999999e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 		 543 aa  353  5.9999999999999994e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000511547 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 		 543 aa  351  3e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0743  iron(III) ABC transporter, permease protein  40.94 
 
 		 544 aa  350  4e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 		 543 aa  348  1e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 		 535 aa  347  3e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.49 
 
 		 543 aa  347  4e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.744333  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 		 543 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 		 543 aa  343  5e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.25371  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 		 543 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.21 
 
 		 562 aa  313  6.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00794358  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2834  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 		 520 aa  312  7.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0667  iron(III) ABC transporter, permease protein  39.49 
 
 		 542 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0603449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3006  iron(III) ABC transporter, inner membrane binding component  33.58 
 
 		 543 aa  282  9e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.525048  normal  0.629796 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.17 
 
 		 589 aa  280  7e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0166577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 		 559 aa  274  3e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 		 562 aa  269  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0134  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 		 558 aa  269  1e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0921183  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1013  iron(III) ABC transporter, permease protein  33.58 
 
 		 542 aa  267  4e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0312612  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.52 
 
 		 528 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0731  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.27 
 
 		 567 aa  263  6e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0677887  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0768  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.48 
 
 		 558 aa  263  8e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3626  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.85 
 
 		 562 aa  260  4e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 		 554 aa  255  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.104442 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0551  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.97 
 
 		 567 aa  253  5.000000000000001e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0177  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 		 553 aa  253  5.000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.445803 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2023  putative ABC transporter permease component  33.52 
 
 		 559 aa  246  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.967123  normal  0.0816083 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1407  iron(III) ABC transporter permease protein  34.04 
 
 		 543 aa  245  1.9999999999999999e-63  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.960253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 		 574 aa  244  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00284173  normal  0.308977 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.15 
 
 		 555 aa  242  1e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.71 
 
 		 550 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.714891  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.95 
 
 		 561 aa  239  1e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.368895 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 		 568 aa  239  1e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0287363 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1198  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.01 
 
 		 545 aa  238  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 		 582 aa  238  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1546  ABC iron transporter, inner membrane subunit  30.27 
 
 		 564 aa  238  3e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.424688  normal  0.358419 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.4 
 
 		 546 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.677105  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 		 549 aa  234  3e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.217598  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 		 569 aa  234  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 		 557 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.406299 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 		 560 aa  233  5e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 		 560 aa  233  5e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0163  putative iron(III) ABC transporter, fused inner membrane subunits  33.4 
 
 		 557 aa  231  3e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.09 
 
 		 557 aa  228  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.673481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4317  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.4 
 
 		 562 aa  227  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.946485  normal  0.426161 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.27 
 
 		 550 aa  226  7e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.92 
 
 		 566 aa  226  9e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 		 562 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0441  putative iron ABC transporter, permease protein  26.78 
 
 		 533 aa  225  2e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.388151  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 		 562 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193935  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 		 558 aa  224  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.97 
 
 		 565 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.086066  normal  0.404722 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0654  putative iron compound ABC transporter, permease protein  30.51 
 
 		 589 aa  220  7e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.22 
 
 		 550 aa  220  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0699  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  30.51 
 
 		 589 aa  219  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 		 562 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.71 
 
 		 533 aa  218  2.9999999999999998e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0400876  hitchhiker  0.00000113394 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.4 
 
 		 542 aa  217  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.83 
 
 		 570 aa  216  5.9999999999999996e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.931275 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.52 
 
 		 538 aa  216  7e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 		 558 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.867638  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.82 
 
 		 550 aa  213  9e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.82 
 
 		 550 aa  211  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.35 
 
 		 565 aa  211  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5429  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.36 
 
 		 555 aa  209  8e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0325707 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3565  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 		 552 aa  208  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.778216  normal  0.173328 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1345  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31 
 
 		 506 aa  207  3e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.48497  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 		 540 aa  207  3e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0544  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 		 550 aa  207  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.36 
 
 		 544 aa  206  7e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553372  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0167  iron ABC transporter, permease protein  28.25 
 
 		 538 aa  205  1e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.471521  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0210  iron ABC transporter, permease protein  28.25 
 
 		 538 aa  206  1e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.912172  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.44 
 
 		 550 aa  206  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.07 
 
 		 553 aa  205  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.725072  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0188  iron ABC transporter, permease protein  28.25 
 
 		 538 aa  206  1e-51  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1377  iron ABC transporter permease  34.41 
 
 		 570 aa  205  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.300501  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0989  iron transport system permease protein  32.76 
 
 		 529 aa  204  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 		 548 aa  203  5e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.62056  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1381  iron ABC transporter permease  34.41 
 
 		 570 aa  204  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0689  iron ABC transporter permease  34.41 
 
 		 570 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000577033  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1181  iron ABC transporter permease  34.41 
 
 		 570 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.881727  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1510  ABC transporter, permease protein  34.41 
 
 		 570 aa  202  9e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.896954  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0463  iron ABC transporter permease  34.41 
 
 		 570 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0894  ABC-type transport system, permease component  32.05 
 
 		 553 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000205423  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0154  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.76 
 
 		 539 aa  201  3e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.234714  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1778  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  34.41 
 
 		 568 aa  200  7e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.370129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 		 536 aa  198  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.945562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 		 579 aa  197  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>