61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2852 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1420  general secretion pathway protein L  93.93 
 
 		 425 aa  793    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2852  general secretion pathway protein L  100 
 
 		 425 aa  870    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1307  general secretion pathway protein L  53.02 
 
 		 400 aa  437  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1478  general secretion pathway protein L  52.88 
 
 		 400 aa  404  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.344143  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0011  general secretion pathway protein L  42.3 
 
 		 379 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.535604 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0152  general secretion pathway protein L  27.3 
 
 		 397 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3611  general secretion pathway protein L  28.5 
 
 		 396 aa  176  5e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4726  general secretion pathway protein L  27.79 
 
 		 399 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4350  general secretion pathway protein L  29.21 
 
 		 399 aa  170  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0174  general secretion pathway protein L  28.33 
 
 		 395 aa  170  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2916  general secretion pathway protein L  25.43 
 
 		 411 aa  169  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3559  general secretion pathway protein L  28.04 
 
 		 395 aa  167  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0177  general secretion pathway protein L  26.35 
 
 		 398 aa  168  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.16429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2298  general secretion pathway protein L  26.57 
 
 		 403 aa  167  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0159  general secretion pathway protein L  27.34 
 
 		 395 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0164  general secretion pathway protein L  27.34 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0159  general secretion pathway protein L  27.34 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0113  general secretion pathway protein L  26.87 
 
 		 401 aa  161  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4198  general secretion pathway protein L  28.22 
 
 		 395 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001884  general secretion pathway protein L  27.3 
 
 		 400 aa  159  8e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0161  general secretion pathway protein L  28.22 
 
 		 395 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0612766 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0129  general secretion pathway L  26.34 
 
 		 400 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0157  general secretion pathway protein L  27.9 
 
 		 396 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00609  general secretion pathway protein L  26.5 
 
 		 381 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0162  general secretion pathway protein L  27.65 
 
 		 396 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03964  general secretion pathway protein L  26.96 
 
 		 399 aa  138  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0239  general secretion pathway protein L  26.17 
 
 		 397 aa  127  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.824428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0105  general secretion pathway protein L  24.21 
 
 		 403 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.810626  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4583  general secretion pathway protein L  25.78 
 
 		 450 aa  110  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.760414  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2388  general secretion pathway protein L  29.26 
 
 		 410 aa  96.3  9e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0960  general secretion pathway protein L  19.6 
 
 		 389 aa  93.2  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0236  general secretion pathway protein L  27 
 
 		 412 aa  92.8  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3419  GspL-like protein  22.45 
 
 		 392 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3404  GspL-like protein  22.45 
 
 		 392 aa  92  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3239  GspL-like protein  21.68 
 
 		 392 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139825  normal  0.775494 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1012  general secretion pathway protein L  19.14 
 
 		 396 aa  90.5  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3130  GspL-like protein  22.22 
 
 		 392 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2385  general secretion pathway protein L  26.94 
 
 		 424 aa  87.8  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000143221 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24080  general secretion pathway protein L  25.35 
 
 		 382 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00737017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2918  general secretion pathway protein L  28.65 
 
 		 379 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.81605  normal  0.120008 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1356  general secretion pathway protein L  23.58 
 
 		 435 aa  80.5  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2037  general secretion pathway protein L  25.83 
 
 		 382 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3527  general secretion pathway protein L  25.98 
 
 		 387 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4243  general secretion pathway L  22.73 
 
 		 364 aa  62  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.07387 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2586  general secretion pathway L  27.16 
 
 		 362 aa  60.8  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0258  general secretion pathway L  22.57 
 
 		 369 aa  59.7  0.00000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.603796  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0380  general secretion pathway protein L  25 
 
 		 387 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0380  general secretion pathway protein L  25 
 
 		 387 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.927718  normal  0.594502 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03135  hypothetical protein  25 
 
 		 387 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03184  general secretory pathway component, cryptic  25 
 
 		 387 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3572  chitinase II  17.66 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.682274 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0675  general secretion pathway protein L  20.11 
 
 		 445 aa  55.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0389  general secretion pathway L  21.09 
 
 		 406 aa  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.454509 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0727  general secretion pathway protein L  20.35 
 
 		 280 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1893  general secretion pathway L  23.58 
 
 		 404 aa  49.7  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.747419  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1839  hypothetical protein  21.47 
 
 		 379 aa  49.3  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1836  hypothetical protein  21.41 
 
 		 379 aa  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3372  general secretion pathway protein L, putative  24.66 
 
 		 427 aa  47  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.438092 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0043  general secretion pathway protein L  31.58 
 
 		 456 aa  44.7  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0053  general secretion pathway protein L  31.58 
 
 		 456 aa  43.9  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0324738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0054  general secretion pathway protein L  32.31 
 
 		 468 aa  43.5  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>