88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1444 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1444  hypothetical protein  100 
 
 		 208 aa  420  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6815  hypothetical protein  42.49 
 
 		 215 aa  147  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3046  hypothetical protein  38.65 
 
 		 207 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.796041  normal  0.0181531 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0625  hypothetical protein  42.61 
 
 		 240 aa  124  9e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435543  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3180  lipoprotein, putative  37.17 
 
 		 207 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.131862  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0601  hypothetical protein  44.03 
 
 		 242 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.391552  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0710  hypothetical protein  38.46 
 
 		 238 aa  118  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0677  hypothetical protein  38.46 
 
 		 239 aa  118  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4001  hypothetical protein  37.93 
 
 		 250 aa  115  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5279  hypothetical protein  38.46 
 
 		 233 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3798  hypothetical protein  37.28 
 
 		 240 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.860154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0226  hypothetical protein  37.87 
 
 		 238 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2675  hypothetical protein  41.78 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0710  protein of unknown function DUF330  36.84 
 
 		 248 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3534  hypothetical protein  34.47 
 
 		 253 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0808039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2536  hypothetical protein  43.01 
 
 		 233 aa  105  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3383  hypothetical protein  37.28 
 
 		 256 aa  104  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2560  putative lipoprotein  37.28 
 
 		 252 aa  104  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2377  putative lipoprotein  37.28 
 
 		 256 aa  104  8e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3341  hypothetical protein  37.28 
 
 		 239 aa  104  8e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.376866  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1153  putative lipoprotein  37.28 
 
 		 256 aa  104  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0291  putative lipoprotein  37.28 
 
 		 252 aa  104  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3375  putative lipoprotein  37.28 
 
 		 252 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.203626  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5803  hypothetical protein  35.45 
 
 		 236 aa  101  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000107973  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1267  hypothetical protein  35.47 
 
 		 264 aa  99.8  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0516  protein of unknown function DUF330  33.51 
 
 		 222 aa  94.7  7e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2579  hypothetical protein  37.17 
 
 		 191 aa  94  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621383 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0529  hypothetical protein  40.62 
 
 		 222 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0600  hypothetical protein  35.09 
 
 		 211 aa  93.2  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  normal  0.826922 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2126  putative lipoprotein  36.72 
 
 		 233 aa  91.7  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0863972  normal  0.08915 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2578  hypothetical protein  32.34 
 
 		 176 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.130696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3138  hypothetical protein  31.84 
 
 		 176 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2892  protein of unknown function DUF330  34.32 
 
 		 210 aa  89.4  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.529816  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2832  hypothetical protein  34.62 
 
 		 183 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.766034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2634  hypothetical protein  28.79 
 
 		 212 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2680  putative lipoprotein  34.25 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208689  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0578  hypothetical protein  34.94 
 
 		 195 aa  79  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.410916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0652  hypothetical protein  30.65 
 
 		 196 aa  72  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.049729  normal  0.69496 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3287  hypothetical protein  32.29 
 
 		 178 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.762664 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4087  hypothetical protein  28.11 
 
 		 188 aa  70.5  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00226644  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44160  hypothetical protein  31.77 
 
 		 192 aa  70.5  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266274  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5507  hypothetical protein  32.17 
 
 		 201 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2220  protein of unknown function DUF330  29.93 
 
 		 197 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000082506 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2001  protein of unknown function DUF330  29.45 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.142199  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6349  hypothetical protein  28.42 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238642  normal  0.295075 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0364  putative lipoprotein  27.23 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14709  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0041  protein of unknown function DUF330  33.33 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1055  protein of unknown function DUF330  27.69 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2448  hypothetical protein  29.65 
 
 		 201 aa  54.7  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.136482  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0404  hypothetical protein  28.47 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1231  protein of unknown function DUF330  30.67 
 
 		 202 aa  52  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2417  hypothetical protein  27.03 
 
 		 204 aa  52  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0242841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0256  hypothetical protein  27.14 
 
 		 205 aa  52  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4964  hypothetical protein  29.5 
 
 		 214 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340246  normal  0.72478 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4959  lipoprotein, putative  27.36 
 
 		 231 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0555  hypothetical protein  27.69 
 
 		 232 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4911  hypothetical protein  28.57 
 
 		 251 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65590  hypothetical protein  25.52 
 
 		 236 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4787  hypothetical protein  28.57 
 
 		 251 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00573127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0667  hypothetical protein  28.08 
 
 		 211 aa  48.9  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4703  hypothetical protein  27.86 
 
 		 236 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0763396  normal  0.775889 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0504  hypothetical protein  28.57 
 
 		 237 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0320775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1116  putative lipoprotein  28.36 
 
 		 187 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000042581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1714  hypothetical protein  29.41 
 
 		 232 aa  47.8  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167749 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5692  hypothetical protein  26.29 
 
 		 236 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2085  hypothetical protein  28.5 
 
 		 184 aa  47.8  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.839519  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00963  hypothetical protein  28.36 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000461465  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00956  hypothetical protein  28.36 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000276204  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2068  protein of unknown function DUF330  29.05 
 
 		 188 aa  46.6  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.742737  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2644  hypothetical protein  28.36 
 
 		 187 aa  47  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000251515  hitchhiker  0.00000297897 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2691  protein of unknown function DUF330  28.36 
 
 		 187 aa  47  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000327636  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1061  hypothetical protein  28.36 
 
 		 187 aa  47  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000240203  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1067  hypothetical protein  28.36 
 
 		 187 aa  47  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000185697  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2365  putative lipoprotein  28.36 
 
 		 187 aa  46.6  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0264734  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2167  putative lipoprotein  27.61 
 
 		 187 aa  46.2  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000482452  normal  0.394753 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1569  hypothetical protein  31.78 
 
 		 209 aa  46.2  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.849012  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0327  protein of unknown function DUF330  25.71 
 
 		 204 aa  45.4  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3500  hypothetical protein  29.78 
 
 		 212 aa  44.3  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0600  hypothetical protein  28.03 
 
 		 241 aa  44.3  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1023  putative lipoprotein  28.36 
 
 		 187 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000948477  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1140  putative lipoprotein  28.36 
 
 		 187 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000741069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1128  putative lipoprotein  28.36 
 
 		 187 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000973487  normal  0.73613 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1174  hypothetical protein  28.36 
 
 		 187 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00770681  normal  0.496959 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1464  hypothetical protein  24.49 
 
 		 188 aa  43.9  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000157242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1106  putative lipoprotein  28.36 
 
 		 187 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00265959  normal  0.0111053 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3139  hypothetical protein  27.46 
 
 		 200 aa  42.4  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.260987  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3241  protein of unknown function DUF330  25 
 
 		 199 aa  42  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1747  hypothetical protein  31.96 
 
 		 185 aa  42  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00777543  decreased coverage  0.000000370009 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>