79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0601 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0601  hypothetical protein  100 
 
 		 242 aa  475  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.391552  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0625  hypothetical protein  96.28 
 
 		 240 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0677  hypothetical protein  81.33 
 
 		 239 aa  358  3e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0710  hypothetical protein  81.74 
 
 		 238 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0226  hypothetical protein  80.91 
 
 		 238 aa  351  5e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3798  hypothetical protein  83.06 
 
 		 240 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.860154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2675  hypothetical protein  85.56 
 
 		 243 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681553  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2377  putative lipoprotein  73.94 
 
 		 256 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3383  hypothetical protein  73.94 
 
 		 256 aa  240  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0291  putative lipoprotein  73.94 
 
 		 252 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1153  putative lipoprotein  73.94 
 
 		 256 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2560  putative lipoprotein  73.94 
 
 		 252 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3341  hypothetical protein  73.94 
 
 		 239 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.376866  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3375  putative lipoprotein  73.33 
 
 		 252 aa  238  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.203626  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1267  hypothetical protein  72.02 
 
 		 264 aa  238  5e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2536  hypothetical protein  63.07 
 
 		 233 aa  206  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2126  putative lipoprotein  56.88 
 
 		 233 aa  206  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0863972  normal  0.08915 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0710  protein of unknown function DUF330  61.4 
 
 		 248 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4001  hypothetical protein  60.82 
 
 		 250 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3534  hypothetical protein  44.68 
 
 		 253 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0808039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5279  hypothetical protein  45.81 
 
 		 233 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5803  hypothetical protein  45.5 
 
 		 236 aa  142  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000107973  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1444  hypothetical protein  43.01 
 
 		 208 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5507  hypothetical protein  37.5 
 
 		 201 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2680  putative lipoprotein  36.76 
 
 		 207 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208689  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0652  hypothetical protein  37.7 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.049729  normal  0.69496 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2892  protein of unknown function DUF330  37.13 
 
 		 210 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.529816  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4087  hypothetical protein  34.95 
 
 		 188 aa  99.8  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00226644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0578  hypothetical protein  37.14 
 
 		 195 aa  98.2  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.410916  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0600  hypothetical protein  35.47 
 
 		 211 aa  97.8  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  normal  0.826922 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3046  hypothetical protein  31.58 
 
 		 207 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.796041  normal  0.0181531 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3241  protein of unknown function DUF330  34.21 
 
 		 199 aa  96.3  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0516  protein of unknown function DUF330  33.95 
 
 		 222 aa  96.3  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44160  hypothetical protein  37.71 
 
 		 192 aa  95.5  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266274  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0529  hypothetical protein  33.49 
 
 		 222 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2579  hypothetical protein  34.97 
 
 		 191 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621383 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3180  lipoprotein, putative  31.47 
 
 		 207 aa  94  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.131862  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6815  hypothetical protein  35.15 
 
 		 215 aa  92.8  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3138  hypothetical protein  35.71 
 
 		 176 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2578  hypothetical protein  34.46 
 
 		 176 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.130696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2634  hypothetical protein  28.72 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2832  hypothetical protein  32.24 
 
 		 183 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.766034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2417  hypothetical protein  30.57 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0242841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2220  protein of unknown function DUF330  34.48 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000082506 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2001  protein of unknown function DUF330  34.48 
 
 		 196 aa  75.5  0.0000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.142199  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3287  hypothetical protein  33.72 
 
 		 178 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.762664 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0364  putative lipoprotein  30.21 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14709  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0404  hypothetical protein  28.93 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1569  hypothetical protein  28.04 
 
 		 209 aa  62  0.000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.849012  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6349  hypothetical protein  29.67 
 
 		 225 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238642  normal  0.295075 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0041  putative lipoprotein  34.16 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.240026  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1231  protein of unknown function DUF330  33.75 
 
 		 202 aa  58.2  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0041  protein of unknown function DUF330  28.93 
 
 		 197 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3139  hypothetical protein  36 
 
 		 200 aa  53.1  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.260987  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0367  hypothetical protein  28.57 
 
 		 182 aa  50.1  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4854  hypothetical protein  28.57 
 
 		 182 aa  50.1  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000642046 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1684  protein of unknown function DUF330  27.75 
 
 		 186 aa  48.1  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2548  putative lipoprotein  28.34 
 
 		 192 aa  46.6  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00417943  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1714  hypothetical protein  32.12 
 
 		 232 aa  47  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167749 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2637  hypothetical protein  28.34 
 
 		 192 aa  46.6  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.2573  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2448  hypothetical protein  27.22 
 
 		 201 aa  47  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.136482  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1982  putative lipoprotein  24.6 
 
 		 195 aa  46.2  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0024934  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1991  putative lipoprotein  28.34 
 
 		 192 aa  46.2  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3500  hypothetical protein  29.08 
 
 		 212 aa  45.4  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0667  hypothetical protein  27.12 
 
 		 211 aa  45.4  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2691  protein of unknown function DUF330  27.87 
 
 		 187 aa  44.7  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000327636  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00963  hypothetical protein  27.87 
 
 		 182 aa  45.1  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000461465  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1464  hypothetical protein  27.27 
 
 		 188 aa  45.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000157242  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00956  hypothetical protein  27.87 
 
 		 182 aa  45.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000276204  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1116  putative lipoprotein  27.87 
 
 		 187 aa  45.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000042581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1061  hypothetical protein  27.87 
 
 		 187 aa  44.7  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000240203  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1067  hypothetical protein  27.87 
 
 		 187 aa  44.7  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000185697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2644  hypothetical protein  27.87 
 
 		 187 aa  44.7  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000251515  hitchhiker  0.00000297897 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0256  hypothetical protein  27.44 
 
 		 205 aa  43.9  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5821  hypothetical protein  31.11 
 
 		 212 aa  44.3  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0514246  normal  0.606405 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2365  putative lipoprotein  27.87 
 
 		 187 aa  44.3  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0264734  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2167  putative lipoprotein  27.87 
 
 		 187 aa  44.3  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000482452  normal  0.394753 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1055  protein of unknown function DUF330  24.72 
 
 		 198 aa  42.7  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2723  hypothetical protein  23.2 
 
 		 211 aa  42.4  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>