114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4278 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007959  Nham_4278  single-strand binding protein/primosomal replication protein n  100 
 
 		 242 aa  498  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4520  single-strand binding protein/primosomal replication protein n  94.55 
 
 		 110 aa  221  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0449  single-strand binding protein  29.2 
 
 		 143 aa  63.5  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000857397  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4451  single-strand binding protein/primosomal replication protein n  33.33 
 
 		 112 aa  62  0.000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2223  single-strand binding protein  28.57 
 
 		 164 aa  58.9  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000351539  normal  0.108037 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  26.61 
 
 		 149 aa  53.5  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000143406  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3720  single-strand binding protein  27.71 
 
 		 143 aa  52  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2576  single-strand binding protein  25.66 
 
 		 158 aa  52  0.000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1595  single-strand binding protein  26.87 
 
 		 184 aa  50.4  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4671  single-strand binding protein  29.29 
 
 		 158 aa  49.3  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.726649  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5424  single-strand binding protein  28.05 
 
 		 130 aa  48.9  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0044  single-strand binding protein  31.37 
 
 		 137 aa  48.5  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.139232  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5019  single-strand binding protein  28.05 
 
 		 130 aa  48.5  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0663797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2303  single-strand binding protein  25.23 
 
 		 171 aa  48.1  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0375599  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4062  single-strand binding protein  23.85 
 
 		 148 aa  48.1  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  26.85 
 
 		 185 aa  48.1  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5071  single-strand binding protein  31.37 
 
 		 186 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.836187 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4316  single-strand binding protein  22.22 
 
 		 180 aa  48.5  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3411  single-strand binding protein  27.45 
 
 		 146 aa  48.1  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3975  single-strand binding protein  23.85 
 
 		 146 aa  48.1  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000156614  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  25.49 
 
 		 161 aa  48.1  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3772  single-strand binding protein  27.52 
 
 		 167 aa  47.4  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2200  single-strand binding protein  25 
 
 		 157 aa  47.4  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.886044 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1033  single-stranded DNA-binding protein  30.84 
 
 		 191 aa  47.4  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.391899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  29.63 
 
 		 155 aa  46.6  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  27.52 
 
 		 152 aa  46.6  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3622  single-strand binding protein  21.21 
 
 		 158 aa  46.2  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0622849  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01895  Single-strand binding protein  26.79 
 
 		 110 aa  46.2  0.0005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.326894  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0304  single-stranded DNA-binding protein  27.5 
 
 		 185 aa  46.2  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.345717  normal  0.895882 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27910  single stranded DNA-binding protein  37.7 
 
 		 150 aa  46.2  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000548397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0277  single-stranded DNA-binding protein  27.85 
 
 		 185 aa  45.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1550  single-stranded DNA-binding protein  22.94 
 
 		 177 aa  45.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.202411  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5215  single-stranded DNA-binding protein  22.94 
 
 		 177 aa  45.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.693787 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  23.36 
 
 		 231 aa  45.8  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  24.3 
 
 		 234 aa  45.8  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  24.07 
 
 		 175 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0223  single-strand binding protein  23.68 
 
 		 172 aa  45.8  0.0007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  24.3 
 
 		 175 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4963  single-strand binding protein  24.04 
 
 		 166 aa  45.4  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2466  single-strand binding protein  24.51 
 
 		 156 aa  45.4  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2845  single-strand binding protein  24.51 
 
 		 156 aa  45.4  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.101348  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0422  single-stranded DNA-binding protein  27.16 
 
 		 178 aa  45.4  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0830  single-strand binding protein  34.43 
 
 		 141 aa  45.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  23.36 
 
 		 236 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  26.36 
 
 		 188 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2149  single-strand binding protein  20.69 
 
 		 165 aa  44.7  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0450  single-strand binding protein  30.3 
 
 		 152 aa  44.7  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000062046  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0066  single-stranded DNA-binding protein  23.93 
 
 		 150 aa  45.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  23.01 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4518  single-stranded DNA-binding protein  25.74 
 
 		 183 aa  43.9  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142427  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1821  single-stranded DNA-binding protein  28.04 
 
 		 130 aa  44.3  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0322  single-strand binding protein  38.33 
 
 		 156 aa  43.9  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2039  single-strand binding protein  38.33 
 
 		 156 aa  43.9  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0331  single-strand binding protein  38.33 
 
 		 156 aa  43.9  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2076  single-strand binding protein  38.33 
 
 		 156 aa  43.9  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0538  single-stranded DNA-binding protein  26.61 
 
 		 182 aa  43.9  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  26.13 
 
 		 184 aa  44.3  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0341  single-stranded DNA-binding protein  25.69 
 
 		 172 aa  44.3  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2703  single-strand binding protein  23.68 
 
 		 175 aa  43.9  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  25.45 
 
 		 178 aa  43.9  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  25.45 
 
 		 178 aa  43.9  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1045  single-strand binding protein  28.57 
 
 		 135 aa  43.5  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000383918  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  25.45 
 
 		 178 aa  43.9  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11550  single stranded DNA-binding protein  33.85 
 
 		 147 aa  43.5  0.003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0161241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0643  ssDNA-binding protein  23.58 
 
 		 157 aa  43.5  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.25623e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0500  single-stranded DNA-binding protein  26.61 
 
 		 186 aa  43.5  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  26.85 
 
 		 167 aa  43.5  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  24.3 
 
 		 200 aa  43.1  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3685  single-stranded DNA binding protein  24.11 
 
 		 152 aa  43.5  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.283411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1664  single-strand binding protein  40 
 
 		 154 aa  43.5  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.286469  normal  0.835037 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  22.81 
 
 		 234 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_916  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 135 aa  43.5  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000232202  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  22.81 
 
 		 236 aa  43.9  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2452  single-strand binding protein  24.24 
 
 		 195 aa  43.5  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4168  single-strand binding protein  32.35 
 
 		 177 aa  43.5  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  22.81 
 
 		 234 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  25.45 
 
 		 178 aa  43.9  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  25.45 
 
 		 178 aa  43.9  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  22.81 
 
 		 234 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  25.45 
 
 		 178 aa  43.9  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  25.45 
 
 		 178 aa  43.9  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  25.45 
 
 		 171 aa  43.5  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  23.64 
 
 		 176 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  23.64 
 
 		 176 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  23.64 
 
 		 176 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  23.64 
 
 		 176 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  23.64 
 
 		 176 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  25.45 
 
 		 178 aa  43.9  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  22.81 
 
 		 236 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0180  single-stranded DNA-binding protein  28.3 
 
 		 131 aa  43.1  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  25 
 
 		 163 aa  43.1  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2163  single-stranded DNA-binding protein  26.61 
 
 		 184 aa  43.1  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2777  single-stranded DNA-binding protein  26.61 
 
 		 184 aa  43.1  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450674  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2788  single-stranded DNA-binding protein  26.61 
 
 		 183 aa  43.1  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.481192 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6107  single-stranded DNA-binding protein  26.61 
 
 		 184 aa  42.7  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  23.36 
 
 		 236 aa  42.7  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2837  single-stranded DNA-binding protein  26.61 
 
 		 187 aa  42.7  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0731757  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  23.36 
 
 		 235 aa  42.7  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  23.01 
 
 		 222 aa  42.7  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2695  single-stranded DNA-binding protein  26.61 
 
 		 186 aa  42.7  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.284268 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>