More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_4168 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_4168  single-strand binding protein  100 
 
 
177 aa  355  1.9999999999999998e-97  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0875  single-stranded DNA-binding protein  75.71 
 
 
170 aa  252  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4739  single-strand binding protein  75.98 
 
 
173 aa  243  9.999999999999999e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10053  single-stranded DNA-binding protein  68.16 
 
 
164 aa  237  8e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000020035  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5368  single-strand binding protein  73.45 
 
 
165 aa  235  3e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6033  single-stranded DNA-binding protein  76.84 
 
 
170 aa  231  6e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.68434  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5369  single-stranded DNA-binding protein  72.32 
 
 
172 aa  230  8.000000000000001e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5458  single-stranded DNA-binding protein  72.32 
 
 
172 aa  230  8.000000000000001e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.268311  normal  0.0145668 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5745  single-stranded DNA-binding protein  72.32 
 
 
172 aa  230  8.000000000000001e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.26474 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39400  single-strand binding protein  67.23 
 
 
156 aa  229  2e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3699  single-strand binding protein  71.75 
 
 
175 aa  218  3.9999999999999997e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5067  single-strand binding protein  83.74 
 
 
159 aa  217  6e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385678  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4180  single-strand binding protein  85.25 
 
 
182 aa  214  4e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2524  single-strand binding protein  61.34 
 
 
188 aa  214  5e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7040  single-strand binding protein  65.54 
 
 
168 aa  211  4.9999999999999996e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4119  single-strand binding protein  63 
 
 
192 aa  211  4.9999999999999996e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23250  single stranded DNA-binding protein  82.79 
 
 
200 aa  210  7.999999999999999e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37800  single-strand binding protein  80.33 
 
 
166 aa  208  3e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.172031  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31770  single-strand binding protein  67.76 
 
 
178 aa  208  3e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4638  single-strand binding protein  61.96 
 
 
300 aa  207  6e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3354  single-strand binding protein  62.43 
 
 
189 aa  207  9e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0336  single-strand binding protein  80.33 
 
 
219 aa  207  9e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.676311 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3890  single-strand binding protein  81.15 
 
 
193 aa  206  1e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0415536 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26580  single-strand binding protein  67.9 
 
 
189 aa  206  2e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.195402 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4521  single-stranded DNA-binding protein  59.16 
 
 
186 aa  206  2e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.229293  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4338  single-strand binding protein  60.61 
 
 
198 aa  205  3e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5067  single-strand binding protein  65.92 
 
 
167 aa  204  4e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000148425 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2821  single-strand binding protein  77.78 
 
 
166 aa  204  6e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000844466  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7311  single-stranded DNA-binding protein  78.69 
 
 
193 aa  203  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0328118 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4663  single-strand binding protein  62.37 
 
 
188 aa  201  4e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2132  single-strand binding protein  57.39 
 
 
153 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4555  single-strand binding protein  77.05 
 
 
169 aa  197  5e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.184905  normal  0.802331 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0128  single-strand binding protein  55.8 
 
 
163 aa  191  6e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0299723 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4948  single-strand binding protein  64.2 
 
 
170 aa  189  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3560  single-strand binding protein  70.87 
 
 
171 aa  187  9e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.861693 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4843  single-strand binding protein  71.31 
 
 
195 aa  186  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5049  single-strand binding protein  74.55 
 
 
171 aa  183  9e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0309  single-strand binding family protein  51.53 
 
 
193 aa  181  4.0000000000000006e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0940185 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9356  single-stranded DNA-binding protein  69.42 
 
 
191 aa  181  7e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.819513 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1218  single-stranded DNA-binding protein  61.87 
 
 
218 aa  179  1e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3094  single-stranded DNA-binding protein  72.13 
 
 
182 aa  174  7e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0250576  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4232  single-strand binding protein  71.3 
 
 
179 aa  169  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000994037  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0928  single-strand binding protein  48.59 
 
 
167 aa  161  5.0000000000000005e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1177  single-stranded DNA-binding protein  56.82 
 
 
179 aa  159  3e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9002  single-strand binding protein  53.66 
 
 
148 aa  144  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.850142  normal  0.715469 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4401  single-strand binding protein  61.79 
 
 
201 aa  142  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000415912  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1145  single-stranded DNA-binding protein  47.06 
 
 
225 aa  123  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00600272  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1620  single-strand binding protein  49.59 
 
 
179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.777207  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5321  single-stranded DNA-binding protein  45.08 
 
 
305 aa  117  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.074261 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0044  single-strand binding protein  44.88 
 
 
148 aa  114  6e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3020  single-strand binding protein  41.03 
 
 
174 aa  102  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.666273  normal  0.0842744 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3545  single-strand binding protein  44.8 
 
 
164 aa  98.2  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3416  single-strand binding protein  38.73 
 
 
164 aa  95.9  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000139016  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0008  single-stranded DNA-binding protein  37.91 
 
 
172 aa  93.6  1e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000612973  hitchhiker  0.0000000000172856 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3556  single-strand binding protein  50 
 
 
230 aa  92.4  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3930  single-strand binding protein  49.07 
 
 
240 aa  90.9  8e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.241306  normal  0.0537084 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5266  single-stranded DNA-binding protein  37.5 
 
 
173 aa  89.4  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000287682  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5335  single-stranded DNA-binding protein  37.5 
 
 
172 aa  89.4  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000380691  hitchhiker  0.000000431686 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4013  single-stranded DNA-binding protein  37.21 
 
 
164 aa  88.6  5e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.20288  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1327  single-strand binding protein  41.53 
 
 
191 aa  87.8  7e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7360  Single-stranded DNA-binding protein-like protein  38.84 
 
 
233 aa  87.8  7e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5326  single-stranded DNA-binding protein  36.93 
 
 
173 aa  87.4  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0105946  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5154  single-stranded DNA-binding protein  36.93 
 
 
173 aa  87.4  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000326746  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5170  single-stranded DNA-binding protein  36.93 
 
 
172 aa  87.4  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00247541  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5722  single-stranded DNA-binding protein  36.93 
 
 
172 aa  87.4  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000060973  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5583  single-stranded DNA-binding protein  36.93 
 
 
173 aa  87.4  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12199e-16 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5661  single-stranded DNA-binding protein  36.93 
 
 
173 aa  87.4  9e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522021  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5624  single-stranded DNA-binding protein  36.96 
 
 
169 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000012759  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5600  single-stranded DNA-binding protein  37.63 
 
 
170 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0046868  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0643  ssDNA-binding protein  42.34 
 
 
157 aa  87  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.25623e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0008  single-strand binding protein  36.22 
 
 
187 aa  87.4  1e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000109058  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4668  single-strand binding protein/Primosomal replication protein n  42.06 
 
 
118 aa  86.3  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0382232  normal  0.0214705 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1727  single-stranded DNA-binding protein  36.81 
 
 
172 aa  85.1  4e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00349794  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1969  single-stranded DNA-binding protein  40.58 
 
 
188 aa  84  9e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.198905  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4935  single-strand binding protein  37.86 
 
 
137 aa  83.6  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000213626  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0045  single-stranded DNA-binding protein  45 
 
 
169 aa  82.8  0.000000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0011  single-stranded DNA-binding protein  37.41 
 
 
185 aa  83.6  0.000000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000915981  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2929  single-strand binding protein  36.05 
 
 
156 aa  80.9  0.000000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.564764  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0414  single-strand binding protein  44 
 
 
167 aa  80.5  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000719074  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0566  prophage LambdaSa1, single-strand binding protein  37.01 
 
 
138 aa  80.1  0.00000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  34 
 
 
238 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09740  single stranded DNA-binding protein  39.32 
 
 
183 aa  80.5  0.00000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  35.85 
 
 
177 aa  80.5  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2539  single-strand binding protein  43 
 
 
150 aa  80.1  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000217555  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0425  single-strand binding protein  44 
 
 
167 aa  80.5  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000015552  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3137  single-strand binding protein  42.45 
 
 
114 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.560759  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  35.66 
 
 
154 aa  79.7  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  32.96 
 
 
151 aa  80.1  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1368  single-strand binding protein  38.66 
 
 
185 aa  79.7  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0510116  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  34 
 
 
236 aa  79  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2502  single-stranded DNA-binding protein  34.46 
 
 
166 aa  79.3  0.00000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  34 
 
 
234 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  34 
 
 
234 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  34 
 
 
234 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2215  single-strand binding protein  45 
 
 
142 aa  78.6  0.00000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  38.68 
 
 
184 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2149  single-strand binding protein  31.98 
 
 
165 aa  78.2  0.00000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1713  single-stranded DNA-binding protein  42.11 
 
 
163 aa  77.8  0.00000000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000713514  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  32.6 
 
 
188 aa  77.8  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  34 
 
 
236 aa  77.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>