More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6458 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_6458  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
527 aa  1055    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.11 
 
 
585 aa  306  7e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 
582 aa  299  7e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.91 
 
 
561 aa  299  8e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.84 
 
 
561 aa  299  1e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 
563 aa  298  2e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 
563 aa  298  2e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.89 
 
 
561 aa  297  3e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 
563 aa  296  4e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 
563 aa  296  4e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 
582 aa  296  5e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 
569 aa  296  5e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 
583 aa  295  2e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  34.42 
 
 
551 aa  293  4e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  35.44 
 
 
573 aa  292  1e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  34.26 
 
 
585 aa  290  3e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.76 
 
 
561 aa  289  7e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.09 
 
 
561 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.63 
 
 
566 aa  277  3e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  36.33 
 
 
544 aa  276  5e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 
584 aa  276  6e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  34.59 
 
 
539 aa  271  2e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  36.71 
 
 
521 aa  270  5e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  34.81 
 
 
559 aa  268  2e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  34.63 
 
 
561 aa  267  4e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  35.31 
 
 
549 aa  266  5.999999999999999e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 
564 aa  266  1e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  33.74 
 
 
577 aa  264  3e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 
557 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 
577 aa  263  6e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  35.38 
 
 
512 aa  261  3e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  33.77 
 
 
549 aa  260  4e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  33.64 
 
 
583 aa  259  6e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 
591 aa  256  6e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 
590 aa  256  7e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.33 
 
 
514 aa  255  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 
513 aa  253  9.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1530  AMP-dependent synthetase and ligase  34.47 
 
 
522 aa  251  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0910104 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 
564 aa  251  3e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 
506 aa  250  4e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.223442  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.15 
 
 
557 aa  250  5e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 
510 aa  250  5e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.71 
 
 
557 aa  249  7e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.93 
 
 
510 aa  249  8e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 
565 aa  249  1e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.73 
 
 
510 aa  248  2e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.73 
 
 
510 aa  248  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.73 
 
 
510 aa  247  3e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.53 
 
 
510 aa  247  4e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.96 
 
 
557 aa  246  6e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.53 
 
 
510 aa  246  6e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.96 
 
 
557 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.53 
 
 
510 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.53 
 
 
510 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.35 
 
 
557 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  31.3 
 
 
662 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 
510 aa  244  3e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 
552 aa  244  3e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.34 
 
 
510 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1000  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 
573 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00216584  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 
584 aa  243  5e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 
511 aa  243  5e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  33.15 
 
 
549 aa  243  6e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 
578 aa  243  7e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1015  AMP-dependent synthetase and ligase  34.46 
 
 
498 aa  242  1e-62  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  decreased coverage  0.00519801 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  33.09 
 
 
548 aa  242  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.78 
 
 
557 aa  242  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.59 
 
 
557 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7147  AMP-dependent synthetase and ligase  34.18 
 
 
511 aa  241  2e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0152334 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.43 
 
 
510 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 
508 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 
558 aa  240  4e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.9 
 
 
557 aa  240  5e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.47 
 
 
557 aa  240  5e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.27 
 
 
512 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.47 
 
 
557 aa  240  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  36.27 
 
 
515 aa  239  6.999999999999999e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  31.91 
 
 
550 aa  239  9e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.05 
 
 
557 aa  239  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 
518 aa  239  1e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.38 
 
 
565 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5361  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 
544 aa  237  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.521806  normal  0.341711 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.39 
 
 
562 aa  238  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.56 
 
 
563 aa  237  4e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.38 
 
 
565 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 
520 aa  237  5.0000000000000005e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.5 
 
 
562 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.15 
 
 
557 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  32.31 
 
 
498 aa  237  5.0000000000000005e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.97 
 
 
560 aa  236  6e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  36.15 
 
 
511 aa  236  6e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.45 
 
 
572 aa  236  9e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.04 
 
 
557 aa  236  9e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.05 
 
 
563 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  31.46 
 
 
543 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.19 
 
 
565 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.36 
 
 
561 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.36 
 
 
561 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.36 
 
 
561 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.36 
 
 
561 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>