38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3718 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3718  cupin 2, barrel  100 
 
 		 109 aa  216  6e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.275117 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0891  cupin 2, barrel  55.96 
 
 		 109 aa  123  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.049809  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1707  cupin 2 protein  52.29 
 
 		 109 aa  121  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0932  cupin 2 domain-containing protein  50.46 
 
 		 109 aa  114  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4087  cupin region  47.66 
 
 		 113 aa  98.2  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.586416  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5520  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.66 
 
 		 111 aa  97.8  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0403366  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5777  hypothetical protein  47.66 
 
 		 111 aa  97.1  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1304  cupin 2 domain-containing protein  45.79 
 
 		 110 aa  96.3  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0955193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2514  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.95 
 
 		 111 aa  95.5  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.443195 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0361  hypothetical protein  42.06 
 
 		 115 aa  91.7  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.642928  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3670  cupin 2 domain-containing protein  45 
 
 		 111 aa  90.9  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801583 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0982  cupin 2 domain-containing protein  43.93 
 
 		 110 aa  90.1  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0897  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.06 
 
 		 110 aa  88.6  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5772  hypothetical protein  39.25 
 
 		 111 aa  89  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.86031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1257  hypothetical protein  42.86 
 
 		 125 aa  84.3  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1699  hypothetical protein  36.7 
 
 		 111 aa  81.3  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.275263  normal  0.0722973 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1894  hypothetical protein  41.9 
 
 		 170 aa  79  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0275  hypothetical protein  26.21 
 
 		 159 aa  56.2  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5186  hypothetical protein  26.21 
 
 		 312 aa  55.1  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.41986  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0363  hypothetical protein  30.77 
 
 		 130 aa  54.7  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.540367  normal  0.422558 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0681  hypothetical protein  32.56 
 
 		 110 aa  48.1  0.00004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0517  cupin 2 domain-containing protein  31.25 
 
 		 109 aa  47.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0622754 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1128  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.96 
 
 		 111 aa  47  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00311434  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0411  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.25 
 
 		 110 aa  43.9  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0411  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.25 
 
 		 110 aa  43.9  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.364082  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2801  cupin 2 domain-containing protein  29.69 
 
 		 105 aa  42.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.125759  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.81 
 
 		 110 aa  41.6  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3898  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.79 
 
 		 113 aa  42  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1761  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.25 
 
 		 109 aa  41.6  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0956  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.26 
 
 		 180 aa  41.6  0.004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1603  cupin 2 domain-containing protein  25.88 
 
 		 87 aa  41.2  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.664487  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0346  cupin 2 domain-containing protein  29.17 
 
 		 110 aa  41.2  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000144683  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2191  cupin region  26.92 
 
 		 122 aa  40.8  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.357832  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0994  hypothetical protein  28.75 
 
 		 117 aa  40.8  0.006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0782781  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0323  hypothetical protein  32.26 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.814901 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1828  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.69 
 
 		 113 aa  40.4  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 212 aa  40.4  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  29.76 
 
 		 198 aa  40.4  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>