23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5520 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5520  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 111 aa  223  7e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0403366  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1707  cupin 2 protein  48.15 
 
 		 109 aa  100  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0891  cupin 2, barrel  47.66 
 
 		 109 aa  98.6  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.049809  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3718  cupin 2, barrel  47.66 
 
 		 109 aa  97.8  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.275117 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0932  cupin 2 domain-containing protein  42.06 
 
 		 109 aa  87  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5777  hypothetical protein  47.22 
 
 		 111 aa  86.7  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4087  cupin region  42.99 
 
 		 113 aa  85.1  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.586416  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0897  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.12 
 
 		 110 aa  72  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0361  hypothetical protein  33.33 
 
 		 115 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.642928  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1894  hypothetical protein  33.93 
 
 		 170 aa  70.9  0.000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3670  cupin 2 domain-containing protein  39.76 
 
 		 111 aa  69.7  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801583 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1257  hypothetical protein  35.51 
 
 		 125 aa  69.3  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5772  hypothetical protein  31.48 
 
 		 111 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.86031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0982  cupin 2 domain-containing protein  40.19 
 
 		 110 aa  68.2  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2514  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.41 
 
 		 111 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.443195 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1304  cupin 2 domain-containing protein  37.38 
 
 		 110 aa  67.4  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0955193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1699  hypothetical protein  34.58 
 
 		 111 aa  67  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.275263  normal  0.0722973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0517  cupin 2 domain-containing protein  32.38 
 
 		 109 aa  50.1  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0622754 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0359  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.31 
 
 		 118 aa  44.7  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0363  hypothetical protein  26.32 
 
 		 130 aa  42.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.540367  normal  0.422558 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0956  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30 
 
 		 180 aa  42  0.003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0854  hypothetical protein  25.37 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3898  Cupin 2 conserved barrel domain protein  22.55 
 
 		 113 aa  40.8  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>