43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3101 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3101  hypothetical protein  100 
 
 		 1133 aa  2247    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0573  MSHA biogenesis protein MshQ  28.48 
 
 		 1258 aa  187  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0117136  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3473  MSHA biogenesis protein MshQ  27.98 
 
 		 1261 aa  185  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.134713  normal  0.928372 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3649  MSHA biogenesis protein MshQ  27.67 
 
 		 1248 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.516469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0182  CUB domain-containing protein  25.95 
 
 		 1537 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384689  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0478  MSHA biogenesis protein MshQ  27.34 
 
 		 1255 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.233703  normal  0.793103 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4100  MSHA biogenesis protein MshQ  28.9 
 
 		 1257 aa  174  7.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1146  hypothetical protein  29.24 
 
 		 1504 aa  171  7e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3335  hypothetical protein  28.92 
 
 		 1553 aa  171  8e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.545908  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0396  VcfQ-like protein  25.91 
 
 		 1306 aa  168  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0466  MSHA biogenesis protein MshQ  28.6 
 
 		 837 aa  167  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0264284  normal  0.812437 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3263  VcfQ-like protein  26.4 
 
 		 1072 aa  160  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3739  hypothetical protein  26.13 
 
 		 1532 aa  153  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0521  hypothetical protein  28.28 
 
 		 1543 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.402104 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4403  hypothetical protein  27.54 
 
 		 1463 aa  141  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3823  hypothetical protein  28.04 
 
 		 1541 aa  140  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.473732  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0517  hypothetical protein  27.44 
 
 		 1543 aa  138  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0496  hypothetical protein  27.44 
 
 		 1543 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0848067  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2833  hypothetical protein  26.27 
 
 		 1252 aa  135  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000270915  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3755  PA14 domain-containing protein  26.61 
 
 		 1382 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0111574  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0557  MSHA biogenesis protein MshQ  25.71 
 
 		 906 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0109211  normal  0.590942 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4562  hypothetical protein  24.61 
 
 		 1576 aa  120  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0765  hypothetical protein  26.84 
 
 		 1085 aa  119  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.232029  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0402  MSHA biogenesis protein MshQ  25.85 
 
 		 900 aa  112  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0473177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0759  hypothetical protein  29.28 
 
 		 907 aa  87.8  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.747993 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002382  hypothetical protein  24.04 
 
 		 1508 aa  85.9  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4740  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  32.31 
 
 		 1217 aa  83.2  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.51333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00263  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshQ (pilus type IV)  24.58 
 
 		 1168 aa  81.3  0.00000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4417  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.35 
 
 		 2182 aa  69.7  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4418  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.03 
 
 		 2171 aa  67.8  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3497  hypothetical protein  29.36 
 
 		 1170 aa  67.4  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6125  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.33 
 
 		 1212 aa  63.9  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  unclonable  0.000714594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0842  YD repeat-containing protein  29.82 
 
 		 2831 aa  61.6  0.00000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03686  hypothetical protein  24.19 
 
 		 1544 aa  58.9  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01455  cell wall associated biofilm protein  30.97 
 
 		 3089 aa  55.5  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2628  fibronectin, type III domain-containing protein  27.41 
 
 		 999 aa  53.9  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627323  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1976  hypothetical protein  28.04 
 
 		 1367 aa  53.5  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.000800417  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3337  hypothetical protein  27.35 
 
 		 1202 aa  53.9  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01952  serine protease, subtilase family protein  30.22 
 
 		 1321 aa  53.1  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0888  hypothetical protein  48.78 
 
 		 1191 aa  48.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.199681 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02383  hypothetical protein  23.49 
 
 		 519 aa  47.8  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0305216 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6366  putative transmembrane protein  30.04 
 
 		 739 aa  46.6  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0808  D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin  23.44 
 
 		 1436 aa  45.8  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>