38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3739 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4403  hypothetical protein  44.3 
 
 
1463 aa  1061    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4100  MSHA biogenesis protein MshQ  56.87 
 
 
1257 aa  1085    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0517  hypothetical protein  56.18 
 
 
1543 aa  1678    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0496  hypothetical protein  55.8 
 
 
1543 aa  1665    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0848067  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0573  MSHA biogenesis protein MshQ  50.15 
 
 
1258 aa  936    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0117136  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3823  hypothetical protein  55.73 
 
 
1541 aa  1666    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.473732  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3335  hypothetical protein  58.66 
 
 
1553 aa  1638    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.545908  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0521  hypothetical protein  55.45 
 
 
1543 aa  1662    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.402104 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3473  MSHA biogenesis protein MshQ  51.62 
 
 
1261 aa  936    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.134713  normal  0.928372 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0478  MSHA biogenesis protein MshQ  50.6 
 
 
1255 aa  944    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.233703  normal  0.793103 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3739  hypothetical protein  100 
 
 
1532 aa  3151    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3649  MSHA biogenesis protein MshQ  51.27 
 
 
1248 aa  949    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.516469  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0466  MSHA biogenesis protein MshQ  48.22 
 
 
837 aa  617  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0264284  normal  0.812437 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2833  hypothetical protein  37.7 
 
 
1252 aa  568  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000270915  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002382  hypothetical protein  29.61 
 
 
1508 aa  332  5.0000000000000004e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0557  MSHA biogenesis protein MshQ  30.11 
 
 
906 aa  249  3e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0109211  normal  0.590942 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3755  PA14 domain-containing protein  30.2 
 
 
1382 aa  246  3.9999999999999997e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0111574  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0402  MSHA biogenesis protein MshQ  28.84 
 
 
900 aa  236  4.0000000000000004e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0473177  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0396  VcfQ-like protein  30.61 
 
 
1306 aa  226  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3263  VcfQ-like protein  30.65 
 
 
1072 aa  216  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0888  hypothetical protein  44.33 
 
 
1191 aa  209  4e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.199681 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1146  hypothetical protein  27.96 
 
 
1504 aa  199  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3337  hypothetical protein  42.14 
 
 
1202 aa  200  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0765  hypothetical protein  27.55 
 
 
1085 aa  169  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.232029  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3101  hypothetical protein  26.13 
 
 
1133 aa  153  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00263  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshQ (pilus type IV)  25.65 
 
 
1168 aa  144  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03686  hypothetical protein  26.56 
 
 
1544 aa  135  9e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3534  beta strand repeat-containing protein  35.12 
 
 
2642 aa  114  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4562  hypothetical protein  23.24 
 
 
1576 aa  109  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2801  conserved repeat domain protein  35.83 
 
 
900 aa  109  5e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.292647 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0182  CUB domain-containing protein  23.65 
 
 
1537 aa  99.4  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384689  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0107  conserved repeat domain protein  30.31 
 
 
4896 aa  97.4  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.615678 
 
 
-
 
NC_003296  RS05333  putative type-4 fimbrial biogenesis pily1-related protein  33.47 
 
 
1111 aa  84.7  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.476781 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0192  putative type-4 fimbrial biogenesis pily1-related protein  27.69 
 
 
1127 aa  76.6  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.48482 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0759  hypothetical protein  27.36 
 
 
907 aa  72  0.00000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.747993 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1128  hypothetical protein  28.83 
 
 
3911 aa  64.3  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001507  MSHA biogenesis protein MshQ  25.32 
 
 
1008 aa  63.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.101461  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05444  hypothetical protein  23.68 
 
 
793 aa  50.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>