46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1789 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1789  cytochrome c550  100 
 
 		 159 aa  330  5e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000264045 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6249  cytochrome c550  69.33 
 
 		 164 aa  232  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0480  cytochrome c550  76.56 
 
 		 162 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.594777  normal  0.0444818 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1777  cytochrome c-type protein  65.54 
 
 		 159 aa  211  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.948754  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2485  cytochrome c-type protein  70.15 
 
 		 161 aa  211  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0900687 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2091  cytochrome c550 protein; ethanol oxydation system  71.43 
 
 		 175 aa  210  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.397265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0736  cytochrome c-type protein  65.1 
 
 		 173 aa  191  5e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0797624  normal  0.0836631 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2814  cytochrome c class I  58.91 
 
 		 149 aa  161  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1001  cytochrome c550  51.02 
 
 		 142 aa  154  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1337  cytochrome c550  48.32 
 
 		 140 aa  150  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.807392 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1538  cytochrome c550  48.32 
 
 		 140 aa  150  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4871  cytochrome c550  47.65 
 
 		 140 aa  149  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.15236 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2257  cytochrome c550  49.35 
 
 		 161 aa  148  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38850  cytochrome c550  47.74 
 
 		 145 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3311  cytochrome c550  47.74 
 
 		 145 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1857  cytochrome c550  46.79 
 
 		 146 aa  137  7e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2411  cytochrome c550  47.69 
 
 		 142 aa  136  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.67158 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2663  hypothetical protein  44.38 
 
 		 224 aa  135  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.198171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0691  hypothetical protein  49.23 
 
 		 165 aa  134  7.000000000000001e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0439304  normal  0.48902 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1890  cytochrome c550  47.76 
 
 		 146 aa  132  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506837  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3622  cytochrome c550  48.09 
 
 		 144 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.257  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1958  hypothetical protein  51.97 
 
 		 139 aa  131  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.054097  normal  0.381624 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0474  hypothetical protein  47.62 
 
 		 169 aa  130  6e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3088  cytochrome c, class I  46.43 
 
 		 161 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3128  cytochrome c class I  45 
 
 		 153 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242172  normal  0.346384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2675  cytochrome c-type protein  46.43 
 
 		 153 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.379521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2730  cytochrome c550, putative  43.62 
 
 		 148 aa  117  7.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0787829  normal  0.668449 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5965  putative cytochrome c like protein  29.59 
 
 		 112 aa  51.6  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  30.85 
 
 		 726 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1814  hypothetical protein  28.18 
 
 		 151 aa  45.1  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  37.21 
 
 		 286 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1809  cytochrome c class I  30.1 
 
 		 153 aa  42.4  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3661  hypothetical protein  29.03 
 
 		 132 aa  42  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2744  cytochrome c, class I  30.3 
 
 		 121 aa  42.4  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.865497  normal  0.40097 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  38.78 
 
 		 286 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.68 
 
 		 447 aa  41.6  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2773  hypothetical protein  26.36 
 
 		 151 aa  42  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000119865  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  29.41 
 
 		 738 aa  41.2  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2077  cytochrome c class I  34.62 
 
 		 153 aa  41.6  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0120  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  27.18 
 
 		 339 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  30.23 
 
 		 430 aa  40.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1350  cytochrome c family protein  30.23 
 
 		 430 aa  40.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  30.23 
 
 		 430 aa  40.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1219  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  30.43 
 
 		 343 aa  40.8  0.008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.983776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  28.57 
 
 		 546 aa  40.4  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  31.52 
 
 		 707 aa  40.4  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>