48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1001 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1001  cytochrome c550  100 
 
 		 142 aa  298  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2814  cytochrome c class I  68.1 
 
 		 149 aa  176  7e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4871  cytochrome c550  61.48 
 
 		 140 aa  174  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.15236 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1337  cytochrome c550  60.74 
 
 		 140 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.807392 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1538  cytochrome c550  60.74 
 
 		 140 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2411  cytochrome c550  66.38 
 
 		 142 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.67158 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0691  hypothetical protein  64.41 
 
 		 165 aa  169  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0439304  normal  0.48902 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1958  hypothetical protein  64.17 
 
 		 139 aa  166  9e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.054097  normal  0.381624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3311  cytochrome c550  60.45 
 
 		 145 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38850  cytochrome c550  60.45 
 
 		 145 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1890  cytochrome c550  54.55 
 
 		 146 aa  154  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506837  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1777  cytochrome c-type protein  51.57 
 
 		 159 aa  152  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.948754  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1789  cytochrome c550  54.2 
 
 		 159 aa  148  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000264045 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0480  cytochrome c550  55.86 
 
 		 162 aa  148  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.594777  normal  0.0444818 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2257  cytochrome c550  56.69 
 
 		 161 aa  147  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3088  cytochrome c, class I  55.81 
 
 		 161 aa  147  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3128  cytochrome c class I  55.81 
 
 		 153 aa  147  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242172  normal  0.346384 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6249  cytochrome c550  49.32 
 
 		 164 aa  147  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2675  cytochrome c-type protein  55.81 
 
 		 153 aa  147  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.379521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2091  cytochrome c550 protein; ethanol oxydation system  57.58 
 
 		 175 aa  147  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.397265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1857  cytochrome c550  52.59 
 
 		 146 aa  146  8e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2485  cytochrome c-type protein  55.38 
 
 		 161 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0900687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3622  cytochrome c550  56.41 
 
 		 144 aa  143  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.257  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2663  hypothetical protein  51.54 
 
 		 224 aa  137  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.198171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0736  cytochrome c-type protein  50.63 
 
 		 173 aa  137  4.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0797624  normal  0.0836631 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2730  cytochrome c550, putative  45.77 
 
 		 148 aa  113  6.9999999999999995e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0787829  normal  0.668449 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0474  hypothetical protein  36 
 
 		 169 aa  86.7  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.8 
 
 		 726 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1814  hypothetical protein  30 
 
 		 151 aa  49.7  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  28.57 
 
 		 286 aa  47.4  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  25.27 
 
 		 286 aa  45.1  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5965  putative cytochrome c like protein  31.76 
 
 		 112 aa  44.3  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5932  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.92 
 
 		 289 aa  44.3  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322856  normal  0.495001 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1827  cytochrome c, class I  26.57 
 
 		 159 aa  44.3  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6265  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.92 
 
 		 289 aa  44.3  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.142904 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0910  cytochrome c class I  31.58 
 
 		 117 aa  43.9  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.58157e-33 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2773  hypothetical protein  26.61 
 
 		 151 aa  42.7  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000119865  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1219  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  30.4 
 
 		 343 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.983776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1809  cytochrome c class I  31.87 
 
 		 153 aa  42.4  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0473  cytochrome c class I  24.2 
 
 		 202 aa  42.4  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1583  cytochrome c class I  31.13 
 
 		 152 aa  41.2  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.889837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1231  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  33.03 
 
 		 339 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1333  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  33.03 
 
 		 339 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1172  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  33.94 
 
 		 339 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3953  Quinoprotein glucose dehydrogenase  34.04 
 
 		 747 aa  40.8  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0905  alcohol dehydrogenase  39.02 
 
 		 711 aa  40.8  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.879569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.78 
 
 		 707 aa  40.4  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  28.09 
 
 		 546 aa  40  0.01  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>