102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5965 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5965  putative cytochrome c like protein  100 
 
 		 112 aa  234  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0342  putative cytochrome c55X precursor  43.06 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.456908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1789  cytochrome c550  29.59 
 
 		 159 aa  51.6  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000264045 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3622  cytochrome c550  34.57 
 
 		 144 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.257  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2411  cytochrome c550  29.7 
 
 		 142 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.67158 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1777  cytochrome c-type protein  32.26 
 
 		 159 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.948754  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2730  cytochrome c550, putative  27.47 
 
 		 148 aa  48.9  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0787829  normal  0.668449 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1050  cytochrome c oxidase, subunit CcoP  30.59 
 
 		 326 aa  49.3  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.26248  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2663  hypothetical protein  29.63 
 
 		 224 aa  48.9  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.198171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6249  cytochrome c550  29.59 
 
 		 164 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2091  cytochrome c550 protein; ethanol oxydation system  31.25 
 
 		 175 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.397265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0480  cytochrome c550  27.55 
 
 		 162 aa  48.5  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.594777  normal  0.0444818 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1913  hypothetical protein  33.33 
 
 		 154 aa  48.5  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000530569  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1337  cytochrome c550  30.95 
 
 		 140 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.807392 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2485  cytochrome c-type protein  30.21 
 
 		 161 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0900687 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1538  cytochrome c550  30.95 
 
 		 140 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1529  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 		 296 aa  47.4  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4871  cytochrome c550  30.95 
 
 		 140 aa  47  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.15236 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1280  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.17 
 
 		 296 aa  47  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3734  hypothetical protein  37.5 
 
 		 132 aa  47  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0936  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.7 
 
 		 321 aa  46.6  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  30.26 
 
 		 324 aa  46.2  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0634  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 		 304 aa  46.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2361  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28 
 
 		 322 aa  45.8  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0632  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.8 
 
 		 311 aa  45.8  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2009  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28 
 
 		 322 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0902386  hitchhiker  0.0000000272898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1966  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28 
 
 		 322 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00926304  hitchhiker  0.00889683 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2110  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28 
 
 		 322 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0408813  normal  0.504179 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4490  hypothetical protein  30.34 
 
 		 322 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2204  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.34 
 
 		 322 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000397613  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2167  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.34 
 
 		 322 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0262117  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.34 
 
 		 322 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106993  normal  0.268308 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1566  diheme cytochrome c  29.09 
 
 		 324 aa  46.2  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.34 
 
 		 322 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000127298  normal  0.441817 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2214  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.67 
 
 		 322 aa  45.4  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1402  hypothetical protein  29.55 
 
 		 170 aa  44.7  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.781476  normal  0.402158 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0054  cytochrome c, class I  35.64 
 
 		 115 aa  45.1  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1001  cytochrome c550  31.76 
 
 		 142 aa  44.3  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05464  cytochrome c  33.33 
 
 		 718 aa  44.3  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1956  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.67 
 
 		 322 aa  44.3  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1992  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.11 
 
 		 323 aa  43.9  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0733  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32 
 
 		 293 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.647452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2714  cytochrome c, class I  28 
 
 		 101 aa  43.5  0.0009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.30061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003470  cytochrome c oxidase subunit CcoP  28.95 
 
 		 324 aa  43.5  0.0009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204703  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2419  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.72 
 
 		 298 aa  43.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.203271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1826  cytochrome c, class I  33.77 
 
 		 251 aa  43.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.384457 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2013  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.1 
 
 		 324 aa  43.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00187341  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44360  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.58 
 
 		 308 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.922379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44400  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.32 
 
 		 318 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2602  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.97 
 
 		 308 aa  43.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000191523  normal  0.411563 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1615  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.57 
 
 		 313 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0748863  normal  0.0271548 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3776  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  32.58 
 
 		 308 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3780  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  28.32 
 
 		 318 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  31.33 
 
 		 738 aa  43.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.27 
 
 		 313 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1988  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.89 
 
 		 323 aa  42.4  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2794  cytochrome-c oxidase fixP chain  30.67 
 
 		 290 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40028  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0957  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.26 
 
 		 723 aa  42.4  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12457  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2376  hypothetical protein  24.71 
 
 		 224 aa  42.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0256417  normal  0.420009 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  31.08 
 
 		 163 aa  42.4  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2814  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.83 
 
 		 306 aa  42.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0084  Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  30.61 
 
 		 307 aa  42  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000832498  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1432  cytochrome c, class I  29.41 
 
 		 217 aa  41.6  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.632156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1794  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.33 
 
 		 325 aa  42  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.448855  normal  0.0580758 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1787  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.77 
 
 		 296 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.832372  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3124  cytochrome c, mono- and diheme variants  34.04 
 
 		 121 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.412627  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18191  cytochrome c, class IC:cytochrome c, class I  30.49 
 
 		 125 aa  41.6  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0661236 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  34.04 
 
 		 702 aa  42  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1747  cytochrome c, class I  32.1 
 
 		 372 aa  42  0.003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0188659 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3128  cytochrome c class I  33.75 
 
 		 153 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242172  normal  0.346384 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0017  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.25 
 
 		 293 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  31.43 
 
 		 286 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2013  cytochrome c class I  28.92 
 
 		 111 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2038  cytochrome c class I  28.92 
 
 		 111 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00267664  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2675  cytochrome c-type protein  33.75 
 
 		 153 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.379521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1848  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.58 
 
 		 318 aa  41.6  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149886  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3088  cytochrome c, class I  33.75 
 
 		 161 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3819  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.43 
 
 		 313 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.718495 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3572  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.21 
 
 		 313 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0850  hypothetical protein  28.44 
 
 		 119 aa  41.2  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  29.47 
 
 		 286 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  28.38 
 
 		 163 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4258  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.27 
 
 		 325 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.816603 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.71 
 
 		 382 aa  41.2  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0474  hypothetical protein  27.08 
 
 		 169 aa  41.2  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1610  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.27 
 
 		 325 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00269268  hitchhiker  0.0066634 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2435  cytochrome c class I  30.77 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0014  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.73 
 
 		 293 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2878  Pyrrolo-quinoline quinone  41.67 
 
 		 727 aa  40.8  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  30.14 
 
 		 304 aa  40.8  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0691  hypothetical protein  29.27 
 
 		 165 aa  40.8  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0439304  normal  0.48902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1824  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  24.58 
 
 		 317 aa  40.4  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0012  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.21 
 
 		 293 aa  40.8  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3841  cytochrome c variant  30.56 
 
 		 230 aa  40.8  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3823  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.27 
 
 		 325 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85561  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  29.06 
 
 		 510 aa  40.4  0.008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0942  cytochrome c class I  32.97 
 
 		 329 aa  40.4  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.240089 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.33 
 
 		 318 aa  40.4  0.008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.04222  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5923  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30 
 
 		 293 aa  40.4  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123388  normal  0.389873 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>