43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3128 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3128  cytochrome c class I  100 
 
 		 153 aa  312  9e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242172  normal  0.346384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2675  cytochrome c-type protein  96.73 
 
 		 153 aa  278  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.379521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3088  cytochrome c, class I  96.08 
 
 		 161 aa  276  5e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1958  hypothetical protein  73.85 
 
 		 139 aa  196  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.054097  normal  0.381624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3311  cytochrome c550  63.16 
 
 		 145 aa  190  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38850  cytochrome c550  63.16 
 
 		 145 aa  190  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1001  cytochrome c550  55.81 
 
 		 142 aa  148  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1777  cytochrome c-type protein  50 
 
 		 159 aa  147  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.948754  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2257  cytochrome c550  51.66 
 
 		 161 aa  145  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1857  cytochrome c550  49.33 
 
 		 146 aa  142  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1538  cytochrome c550  52.74 
 
 		 140 aa  141  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1337  cytochrome c550  52.74 
 
 		 140 aa  141  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.807392 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1890  cytochrome c550  54.2 
 
 		 146 aa  140  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506837  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4871  cytochrome c550  52.74 
 
 		 140 aa  141  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.15236 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2091  cytochrome c550 protein; ethanol oxydation system  49.66 
 
 		 175 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.397265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2485  cytochrome c-type protein  48.32 
 
 		 161 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0900687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3622  cytochrome c550  53.91 
 
 		 144 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.257  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0691  hypothetical protein  52.38 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0439304  normal  0.48902 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2411  cytochrome c550  51.97 
 
 		 142 aa  133  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.67158 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2814  cytochrome c class I  52.8 
 
 		 149 aa  132  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0736  cytochrome c-type protein  49.37 
 
 		 173 aa  131  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0797624  normal  0.0836631 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6249  cytochrome c550  43.23 
 
 		 164 aa  123  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2663  hypothetical protein  47.26 
 
 		 224 aa  122  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.198171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0480  cytochrome c550  45.93 
 
 		 162 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.594777  normal  0.0444818 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1789  cytochrome c550  45 
 
 		 159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000264045 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2730  cytochrome c550, putative  40.26 
 
 		 148 aa  102  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0787829  normal  0.668449 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0474  hypothetical protein  33.33 
 
 		 169 aa  62.8  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  41.77 
 
 		 726 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  34.04 
 
 		 286 aa  49.7  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  35.11 
 
 		 286 aa  48.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  35.79 
 
 		 738 aa  47.8  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0018  cytochrome c, class I  39.34 
 
 		 138 aa  42.7  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5965  putative cytochrome c like protein  33.75 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3999  hypothetical protein  29.59 
 
 		 138 aa  42  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44360  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.07 
 
 		 308 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.922379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3776  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  34.07 
 
 		 308 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1014  cytochrome c6 (soluble cytochrome f) (cytochrome c553)  33.67 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.156053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  32.1 
 
 		 546 aa  40.8  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4251  hypothetical protein  35.96 
 
 		 394 aa  40.4  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0931386  normal  0.175621 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3266  cytochrome c class I  34.38 
 
 		 394 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4115  hypothetical protein  35.96 
 
 		 394 aa  40.4  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.675645  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0915  cytochrome c6  31.03 
 
 		 124 aa  40.4  0.01  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.133204  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2704  Quinoprotein glucose dehydrogenase  28.57 
 
 		 731 aa  40.4  0.01  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>