33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1890 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1890  cytochrome c550  100 
 
 		 146 aa  307  2.9999999999999997e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506837  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1857  cytochrome c550  75.34 
 
 		 146 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2257  cytochrome c550  70.55 
 
 		 161 aa  219  7e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38850  cytochrome c550  58.09 
 
 		 145 aa  158  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3311  cytochrome c550  58.09 
 
 		 145 aa  158  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1001  cytochrome c550  54.55 
 
 		 142 aa  154  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1958  hypothetical protein  60.98 
 
 		 139 aa  150  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.054097  normal  0.381624 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2814  cytochrome c class I  58.33 
 
 		 149 aa  142  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3128  cytochrome c class I  54.2 
 
 		 153 aa  140  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242172  normal  0.346384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2675  cytochrome c-type protein  54.2 
 
 		 153 aa  139  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.379521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3088  cytochrome c, class I  54.2 
 
 		 161 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6249  cytochrome c550  47.44 
 
 		 164 aa  138  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2091  cytochrome c550 protein; ethanol oxydation system  50.71 
 
 		 175 aa  138  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.397265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2663  hypothetical protein  46.04 
 
 		 224 aa  137  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.198171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1777  cytochrome c-type protein  46.41 
 
 		 159 aa  136  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.948754  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2485  cytochrome c-type protein  50 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0900687 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1789  cytochrome c550  47.76 
 
 		 159 aa  132  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000264045 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1337  cytochrome c550  48.2 
 
 		 140 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.807392 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0691  hypothetical protein  52.5 
 
 		 165 aa  131  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0439304  normal  0.48902 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1538  cytochrome c550  48.2 
 
 		 140 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4871  cytochrome c550  47.48 
 
 		 140 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.15236 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2411  cytochrome c550  49.59 
 
 		 142 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.67158 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0480  cytochrome c550  46.88 
 
 		 162 aa  124  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.594777  normal  0.0444818 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0736  cytochrome c-type protein  52.27 
 
 		 173 aa  122  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0797624  normal  0.0836631 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3622  cytochrome c550  49.17 
 
 		 144 aa  123  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.257  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2730  cytochrome c550, putative  45.9 
 
 		 148 aa  111  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0787829  normal  0.668449 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0474  hypothetical protein  36.43 
 
 		 169 aa  79.3  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  32.91 
 
 		 726 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  29.9 
 
 		 286 aa  43.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4349  hypothetical protein  26 
 
 		 184 aa  41.6  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00411477  normal  0.348874 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  27.84 
 
 		 286 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3266  cytochrome c class I  29.79 
 
 		 394 aa  40.4  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  29.63 
 
 		 546 aa  40  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>