49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6249 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6249  cytochrome c550  100 
 
 		 164 aa  341  2.9999999999999997e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1789  cytochrome c550  74.44 
 
 		 159 aa  228  3e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000264045 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0480  cytochrome c550  74.62 
 
 		 162 aa  222  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.594777  normal  0.0444818 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1777  cytochrome c-type protein  61.39 
 
 		 159 aa  206  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.948754  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2485  cytochrome c-type protein  65.22 
 
 		 161 aa  198  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0900687 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2091  cytochrome c550 protein; ethanol oxydation system  63.77 
 
 		 175 aa  196  9e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.397265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0736  cytochrome c-type protein  62.18 
 
 		 173 aa  187  7e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0797624  normal  0.0836631 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1538  cytochrome c550  48.37 
 
 		 140 aa  152  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1337  cytochrome c550  48.37 
 
 		 140 aa  152  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.807392 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2814  cytochrome c class I  50.96 
 
 		 149 aa  151  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4871  cytochrome c550  47.71 
 
 		 140 aa  149  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.15236 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1001  cytochrome c550  49.32 
 
 		 142 aa  147  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1890  cytochrome c550  47.44 
 
 		 146 aa  138  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506837  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1857  cytochrome c550  45.16 
 
 		 146 aa  136  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3311  cytochrome c550  48.59 
 
 		 145 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38850  cytochrome c550  48.59 
 
 		 145 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2411  cytochrome c550  44.62 
 
 		 142 aa  134  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.67158 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0691  hypothetical protein  46.15 
 
 		 165 aa  134  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0439304  normal  0.48902 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3622  cytochrome c550  46 
 
 		 144 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.257  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2257  cytochrome c550  47.73 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0474  hypothetical protein  44.44 
 
 		 169 aa  129  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1958  hypothetical protein  47.24 
 
 		 139 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.054097  normal  0.381624 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2663  hypothetical protein  42.24 
 
 		 224 aa  124  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.198171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3128  cytochrome c class I  42.66 
 
 		 153 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242172  normal  0.346384 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3088  cytochrome c, class I  42.66 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2675  cytochrome c-type protein  42.66 
 
 		 153 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.379521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2730  cytochrome c550, putative  41.21 
 
 		 148 aa  114  3.9999999999999997e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0787829  normal  0.668449 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  32.98 
 
 		 726 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5965  putative cytochrome c like protein  29.59 
 
 		 112 aa  48.9  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  29.09 
 
 		 286 aa  47.4  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3661  hypothetical protein  27.78 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1779  cytochrome c, class I  30.66 
 
 		 214 aa  45.1  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0282319 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  25.45 
 
 		 286 aa  45.1  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3266  cytochrome c class I  27.96 
 
 		 394 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1809  cytochrome c class I  28.43 
 
 		 153 aa  43.5  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  29.7 
 
 		 546 aa  43.9  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4115  hypothetical protein  27.96 
 
 		 394 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.675645  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4251  hypothetical protein  27.96 
 
 		 394 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0931386  normal  0.175621 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2792  cytochrome c, class I  31.87 
 
 		 249 aa  43.9  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52873  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  29.9 
 
 		 697 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4148  cytochrome c, class I  28.43 
 
 		 393 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.782083  normal  0.108785 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  34.31 
 
 		 152 aa  43.1  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1814  hypothetical protein  24.41 
 
 		 151 aa  43.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2773  hypothetical protein  26.25 
 
 		 151 aa  43.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000119865  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3734  hypothetical protein  27.55 
 
 		 132 aa  42.4  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1760  hypothetical protein  26.88 
 
 		 394 aa  42.4  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200685 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1936  cytochrome c class I  39.74 
 
 		 188 aa  41.6  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0891775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0342  putative cytochrome c55X precursor  42.55 
 
 		 114 aa  41.2  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.456908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1219  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  28.97 
 
 		 343 aa  40.4  0.01  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.983776  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>