48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1958 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1958  hypothetical protein  100 
 
 		 139 aa  287  4e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.054097  normal  0.381624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3311  cytochrome c550  70.42 
 
 		 145 aa  206  9e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38850  cytochrome c550  70.42 
 
 		 145 aa  206  9e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3088  cytochrome c, class I  73.85 
 
 		 161 aa  197  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2675  cytochrome c-type protein  73.85 
 
 		 153 aa  196  7e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.379521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3128  cytochrome c class I  73.85 
 
 		 153 aa  196  7e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242172  normal  0.346384 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1001  cytochrome c550  62.02 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2257  cytochrome c550  57.14 
 
 		 161 aa  161  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1538  cytochrome c550  57.69 
 
 		 140 aa  157  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1337  cytochrome c550  57.69 
 
 		 140 aa  157  3e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.807392 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4871  cytochrome c550  57.69 
 
 		 140 aa  157  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.15236 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0691  hypothetical protein  61.54 
 
 		 165 aa  157  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0439304  normal  0.48902 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3622  cytochrome c550  61.02 
 
 		 144 aa  155  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.257  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2411  cytochrome c550  61.21 
 
 		 142 aa  154  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.67158 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1890  cytochrome c550  56.12 
 
 		 146 aa  153  9e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506837  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1857  cytochrome c550  55.56 
 
 		 146 aa  152  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2663  hypothetical protein  53.96 
 
 		 224 aa  147  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.198171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2814  cytochrome c class I  58.77 
 
 		 149 aa  141  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1777  cytochrome c-type protein  50.99 
 
 		 159 aa  141  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.948754  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2091  cytochrome c550 protein; ethanol oxydation system  52.59 
 
 		 175 aa  138  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.397265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2485  cytochrome c-type protein  51.11 
 
 		 161 aa  137  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0900687 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6249  cytochrome c550  46.04 
 
 		 164 aa  132  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1789  cytochrome c550  51.97 
 
 		 159 aa  131  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000264045 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0480  cytochrome c550  48.34 
 
 		 162 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.594777  normal  0.0444818 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0736  cytochrome c-type protein  50.32 
 
 		 173 aa  126  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0797624  normal  0.0836631 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2730  cytochrome c550, putative  46.15 
 
 		 148 aa  110  8.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0787829  normal  0.668449 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0474  hypothetical protein  35.2 
 
 		 169 aa  80.9  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  34.78 
 
 		 286 aa  57.8  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  36.96 
 
 		 286 aa  57.4  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.24 
 
 		 726 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1809  cytochrome c class I  34.83 
 
 		 153 aa  49.3  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  33.62 
 
 		 738 aa  47  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  29.09 
 
 		 324 aa  44.3  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2077  cytochrome c class I  35.56 
 
 		 153 aa  44.3  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1814  hypothetical protein  26.85 
 
 		 151 aa  43.5  0.0009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3661  hypothetical protein  29.79 
 
 		 132 aa  43.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  32.86 
 
 		 705 aa  43.5  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0910  cytochrome c class I  32.91 
 
 		 117 aa  42.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.58157e-33 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0018  cytochrome c, class I  37.7 
 
 		 138 aa  42.7  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.46 
 
 		 382 aa  42  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  31.18 
 
 		 546 aa  42.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0936  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 		 321 aa  41.6  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3866  cytochrome c class I  34.41 
 
 		 388 aa  41.6  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  31.46 
 
 		 374 aa  42  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0915  cytochrome c6  32.94 
 
 		 124 aa  42  0.003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.133204  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1014  cytochrome c6 (soluble cytochrome f) (cytochrome c553)  33.33 
 
 		 128 aa  41.6  0.003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.156053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  31.11 
 
 		 152 aa  41.2  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2001  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.05 
 
 		 325 aa  40.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>