38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2091 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2091  cytochrome c550 protein; ethanol oxydation system  100 
 
 		 175 aa  366  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.397265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2485  cytochrome c-type protein  95.65 
 
 		 161 aa  301  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0900687 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1777  cytochrome c-type protein  76.43 
 
 		 159 aa  253  9e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.948754  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1789  cytochrome c550  71.43 
 
 		 159 aa  209  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000264045 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6249  cytochrome c550  59.87 
 
 		 164 aa  203  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0480  cytochrome c550  68.99 
 
 		 162 aa  197  9e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.594777  normal  0.0444818 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0736  cytochrome c-type protein  63.92 
 
 		 173 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0797624  normal  0.0836631 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1001  cytochrome c550  53.5 
 
 		 142 aa  153  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2814  cytochrome c class I  51.55 
 
 		 149 aa  149  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1890  cytochrome c550  47.47 
 
 		 146 aa  142  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506837  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3311  cytochrome c550  51.63 
 
 		 145 aa  142  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38850  cytochrome c550  51.63 
 
 		 145 aa  142  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1538  cytochrome c550  51.37 
 
 		 140 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1337  cytochrome c550  51.37 
 
 		 140 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.807392 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4871  cytochrome c550  51.37 
 
 		 140 aa  138  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.15236 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2257  cytochrome c550  47.65 
 
 		 161 aa  138  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3128  cytochrome c class I  51.05 
 
 		 153 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242172  normal  0.346384 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3088  cytochrome c, class I  51.05 
 
 		 161 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2675  cytochrome c-type protein  51.05 
 
 		 153 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.379521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1958  hypothetical protein  52.59 
 
 		 139 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.054097  normal  0.381624 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1857  cytochrome c550  44.74 
 
 		 146 aa  135  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0691  hypothetical protein  44.38 
 
 		 165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0439304  normal  0.48902 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3622  cytochrome c550  49.28 
 
 		 144 aa  129  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.257  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2411  cytochrome c550  48.09 
 
 		 142 aa  124  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.67158 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0474  hypothetical protein  41.92 
 
 		 169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2730  cytochrome c550, putative  45.22 
 
 		 148 aa  119  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0787829  normal  0.668449 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2663  hypothetical protein  41.61 
 
 		 224 aa  117  7e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.198171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.33 
 
 		 726 aa  54.3  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5965  putative cytochrome c like protein  31.25 
 
 		 112 aa  50.1  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3661  hypothetical protein  27.4 
 
 		 132 aa  48.1  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1050  cytochrome c oxidase, subunit CcoP  31.58 
 
 		 326 aa  43.5  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.26248  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2792  cytochrome c, class I  30.11 
 
 		 249 aa  43.1  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52873  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6265  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.02 
 
 		 289 aa  42.4  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.142904 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5932  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.02 
 
 		 289 aa  42.4  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322856  normal  0.495001 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  27.62 
 
 		 286 aa  41.6  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1814  hypothetical protein  32.69 
 
 		 151 aa  41.6  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3273  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.73 
 
 		 293 aa  41.2  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288519  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  29.52 
 
 		 286 aa  40.8  0.01  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>