More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1461 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1461  ferredoxin  100 
 
 		 234 aa  487  1e-137  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.544429 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3857  hydrogen dehydrogenase  75.77 
 
 		 240 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0529  putative NADH dehydrogenase subunit  72.73 
 
 		 246 aa  361  6e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2248  ferredoxin  67.87 
 
 		 243 aa  336  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0185475  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0980  ferredoxin  63.76 
 
 		 235 aa  335  3.9999999999999995e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1671  hydrogen dehydrogenase  57.71 
 
 		 245 aa  293  1e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2725  NAD-reducing hydrogenase, gamma subunit  60.34 
 
 		 243 aa  287  1e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.006537  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1216  hydrogen dehydrogenase  52.84 
 
 		 433 aa  262  4e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0473732 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2750  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  45.95 
 
 		 240 aa  215  4e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4115  hydrogen dehydrogenase  39.74 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.178174  normal  0.335137 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1523  ferredoxin  39.38 
 
 		 236 aa  169  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000171825  hitchhiker  0.00403982 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0076  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  35.98 
 
 		 559 aa  150  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.75307  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0097  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.4 
 
 		 238 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0094  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.4 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2478  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.53 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0927823  normal  0.689692 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.71 
 
 		 898 aa  141  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4164  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.25 
 
 		 238 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4051  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.23 
 
 		 238 aa  138  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0848168 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4657  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.07 
 
 		 238 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  33.33 
 
 		 355 aa  134  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3541  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.75 
 
 		 235 aa  133  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2100  ferredoxin  36.87 
 
 		 609 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.624892  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  36.71 
 
 		 307 aa  132  3.9999999999999996e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  33.01 
 
 		 310 aa  129  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000710786  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1366  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.9 
 
 		 235 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  33.33 
 
 		 353 aa  128  6e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2720  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  32.04 
 
 		 238 aa  128  7.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1111  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  32.37 
 
 		 238 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.592876  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  33.01 
 
 		 312 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  31.88 
 
 		 359 aa  127  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.88 
 
 		 905 aa  127  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.67 
 
 		 886 aa  125  5e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  28.02 
 
 		 239 aa  125  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  31.25 
 
 		 562 aa  125  6e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0110  molybdopterin oxidoreductase  34.6 
 
 		 998 aa  125  6e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.13 
 
 		 893 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0835  anaerobic dehydrogenase  34.12 
 
 		 305 aa  124  9e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.65 
 
 		 900 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  33.01 
 
 		 899 aa  123  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2557  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.65 
 
 		 238 aa  122  5e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.379328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0634  ferredoxin  36.57 
 
 		 468 aa  122  7e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1629  ferredoxin  36.57 
 
 		 468 aa  122  7e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3187  ferredoxin  36.57 
 
 		 468 aa  122  7e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  30.57 
 
 		 240 aa  121  9e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  30.29 
 
 		 351 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1029  NADH dehydrogenase I chain G  31.11 
 
 		 358 aa  119  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  31.66 
 
 		 645 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.37 
 
 		 893 aa  118  6e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1831  NADH dehydrogenase I chain G  31.86 
 
 		 363 aa  119  6e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  31.66 
 
 		 645 aa  118  7e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0673  molybdopterin oxidoreductase  33.33 
 
 		 822 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.01358e-20 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4258  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit G, iron-sulfur-binding protein  31.86 
 
 		 226 aa  117  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.27815  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3022  Fe(III) reductase, alpha subunit  31.88 
 
 		 831 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0661  molybdopterin oxidoreductase  34.62 
 
 		 808 aa  116  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  31.55 
 
 		 659 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0660  molybdopterin oxidoreductase  32.37 
 
 		 822 aa  115  6e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.672989  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  34 
 
 		 666 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.13 
 
 		 893 aa  112  4.0000000000000004e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  30.62 
 
 		 567 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  33.33 
 
 		 586 aa  111  1.0000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  26.92 
 
 		 900 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0334  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding protein  32.54 
 
 		 826 aa  109  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  29.81 
 
 		 666 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3629  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  30.58 
 
 		 797 aa  109  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192772 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  29.61 
 
 		 601 aa  109  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.78 
 
 		 952 aa  107  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  30.77 
 
 		 579 aa  107  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3639  molybdopterin oxidoreductase  29.13 
 
 		 843 aa  107  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.424964  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3439  NADH dehydrogenase subunit G  33.02 
 
 		 677 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0509  Fe(III) reductase, alpha subunit  34.59 
 
 		 844 aa  106  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3132  molybdopterin oxidoreductase  32.21 
 
 		 815 aa  106  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.2 
 
 		 944 aa  106  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.51 
 
 		 950 aa  106  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4869  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.51 
 
 		 950 aa  106  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0187329 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0326  NADH dehydrogenase subunit G  31.48 
 
 		 631 aa  105  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4645  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.4 
 
 		 948 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  31.4 
 
 		 578 aa  105  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.57 
 
 		 953 aa  105  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  29.13 
 
 		 573 aa  105  6e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  31.53 
 
 		 667 aa  105  6e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  30.1 
 
 		 573 aa  105  6e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.54 
 
 		 917 aa  105  7e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  28.64 
 
 		 573 aa  105  8e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0344  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  28.99 
 
 		 826 aa  104  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.97 
 
 		 950 aa  104  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  33.97 
 
 		 590 aa  104  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2152  molybdopterin oxidoreductase  30.58 
 
 		 880 aa  104  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  28.78 
 
 		 596 aa  103  2e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.4 
 
 		 948 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_85822  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 78K chain precursor, 5-prime end  31.34 
 
 		 722 aa  103  3e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.28905  normal  0.0501454 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  29.05 
 
 		 582 aa  103  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.5 
 
 		 901 aa  103  3e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.43 
 
 		 951 aa  102  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  33.33 
 
 		 566 aa  102  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0915  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.44 
 
 		 920 aa  102  4e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.4 
 
 		 948 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  31.28 
 
 		 581 aa  102  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  30.69 
 
 		 653 aa  102  5e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  29 
 
 		 979 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  32.06 
 
 		 573 aa  102  6e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>