More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1111 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1111  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  100 
 
 		 238 aa  481  1e-135  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.592876  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2720  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  80.17 
 
 		 238 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  62.77 
 
 		 240 aa  319  3e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2478  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  64.83 
 
 		 235 aa  317  7.999999999999999e-86  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0927823  normal  0.689692 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1366  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  61.11 
 
 		 235 aa  310  2e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4657  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  59.07 
 
 		 238 aa  308  2.9999999999999997e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3541  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  61.11 
 
 		 235 aa  308  5e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  62.87 
 
 		 239 aa  306  2.0000000000000002e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0097  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  55.93 
 
 		 238 aa  291  4e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0094  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  55.51 
 
 		 238 aa  290  1e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2557  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  56.36 
 
 		 238 aa  288  5.0000000000000004e-77  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.379328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4164  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  55.93 
 
 		 238 aa  277  9e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4051  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  55.51 
 
 		 238 aa  276  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0848168 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4258  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit G, iron-sulfur-binding protein  57.6 
 
 		 226 aa  267  1e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.27815  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0076  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  42.72 
 
 		 559 aa  190  2e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.75307  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2100  ferredoxin  43.81 
 
 		 609 aa  175  6e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.624892  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  40.76 
 
 		 355 aa  170  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.47 
 
 		 905 aa  167  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  38.68 
 
 		 659 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  39.81 
 
 		 359 aa  163  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  39.15 
 
 		 579 aa  161  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  42.11 
 
 		 590 aa  160  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  42.13 
 
 		 899 aa  159  3e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.23 
 
 		 948 aa  159  4e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  37.5 
 
 		 353 aa  159  5e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0344  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  37.32 
 
 		 826 aa  158  6e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3479  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.81 
 
 		 946 aa  157  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.389807 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.9 
 
 		 944 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0839  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.48 
 
 		 946 aa  157  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.331727  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.71 
 
 		 979 aa  156  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.28 
 
 		 951 aa  156  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.06 
 
 		 927 aa  155  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  37.44 
 
 		 351 aa  155  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.76 
 
 		 959 aa  155  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.91 
 
 		 893 aa  155  6e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.11 
 
 		 886 aa  155  6e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  39.81 
 
 		 573 aa  155  7e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2750  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.09 
 
 		 969 aa  155  8e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0453604 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.93 
 
 		 952 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3019  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.52 
 
 		 957 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.78 
 
 		 983 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  41.71 
 
 		 982 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.23 
 
 		 982 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.15 
 
 		 948 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.23 
 
 		 960 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  40.29 
 
 		 666 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.63 
 
 		 898 aa  153  2e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1809  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.23 
 
 		 960 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.15 
 
 		 948 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  37.68 
 
 		 578 aa  153  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3552  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.23 
 
 		 960 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.15 
 
 		 948 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.86 
 
 		 967 aa  153  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.23 
 
 		 983 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.23 
 
 		 983 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  41.43 
 
 		 573 aa  152  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.23 
 
 		 983 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.23 
 
 		 983 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.5 
 
 		 911 aa  152  5.9999999999999996e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.23 
 
 		 983 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3022  Fe(III) reductase, alpha subunit  39.9 
 
 		 831 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.23 
 
 		 983 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  40.19 
 
 		 984 aa  151  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.19 
 
 		 984 aa  151  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.19 
 
 		 984 aa  151  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.19 
 
 		 984 aa  151  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.19 
 
 		 984 aa  151  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.76 
 
 		 959 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1080  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  38.01 
 
 		 960 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2853  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.01 
 
 		 960 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.771386 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4645  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.68 
 
 		 948 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3710  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  40.28 
 
 		 977 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.749683  normal  0.699855 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.15 
 
 		 947 aa  150  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1861  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.6 
 
 		 978 aa  150  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.63 
 
 		 950 aa  151  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2741  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.01 
 
 		 960 aa  150  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.313061 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.14 
 
 		 1000 aa  151  1e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.09 
 
 		 953 aa  150  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.63 
 
 		 950 aa  150  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.19 
 
 		 984 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4869  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.63 
 
 		 950 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0187329 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0661  molybdopterin oxidoreductase  39.61 
 
 		 808 aa  150  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.47 
 
 		 917 aa  150  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3089  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.67 
 
 		 959 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.19 
 
 		 984 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  37.68 
 
 		 576 aa  150  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.92 
 
 		 900 aa  149  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  40.09 
 
 		 583 aa  149  3e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  40.85 
 
 		 307 aa  149  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.19 
 
 		 984 aa  149  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0555  formate dehydrogenase subunit alpha  40.19 
 
 		 957 aa  149  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.358497 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00220  formate dehydrogenase, alpha subunit  40 
 
 		 906 aa  149  4e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0797991 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1473  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 947 aa  149  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0442327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.57 
 
 		 903 aa  147  1.0000000000000001e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.39 
 
 		 959 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  39.13 
 
 		 562 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0619  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 956 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.961077  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  35.21 
 
 		 581 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.81 
 
 		 949 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.52 
 
 		 893 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>