More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2714 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  100 
 
 
239 aa  490  9.999999999999999e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2720  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  62.29 
 
 
238 aa  314  7e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1111  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  62.87 
 
 
238 aa  306  2.0000000000000002e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.592876  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  63.2 
 
 
240 aa  302  3.0000000000000004e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1366  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  55.13 
 
 
235 aa  283  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4657  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  55.51 
 
 
238 aa  281  6.000000000000001e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3541  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  55.13 
 
 
235 aa  279  3e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2478  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  55.56 
 
 
235 aa  279  3e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0927823  normal  0.689692 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0097  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  51.27 
 
 
238 aa  269  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0094  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  50.85 
 
 
238 aa  267  1e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2557  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  52.54 
 
 
238 aa  265  4e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.379328  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4164  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  51.27 
 
 
238 aa  263  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4051  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  52.12 
 
 
238 aa  261  4.999999999999999e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0848168 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4258  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit G, iron-sulfur-binding protein  50.23 
 
 
226 aa  235  4e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.27815  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  46.26 
 
 
573 aa  189  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0076  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  41.52 
 
 
559 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.75307  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.74 
 
 
959 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0839  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.71 
 
 
946 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.331727  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4097  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.27 
 
 
959 aa  172  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3089  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.91 
 
 
959 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440267  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.13 
 
 
948 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2100  ferredoxin  44.17 
 
 
609 aa  172  3.9999999999999995e-42  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.624892  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.45 
 
 
951 aa  172  5e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.81 
 
 
917 aa  171  6.999999999999999e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.43 
 
 
960 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3552  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.43 
 
 
960 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1809  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.43 
 
 
960 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550904  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.76 
 
 
1000 aa  171  1e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.83 
 
 
898 aa  171  1e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.2 
 
 
952 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.95 
 
 
984 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.95 
 
 
984 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.95 
 
 
984 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  40.95 
 
 
984 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.11 
 
 
944 aa  170  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  43.81 
 
 
307 aa  170  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.04 
 
 
948 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.95 
 
 
984 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.55 
 
 
953 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  39.44 
 
 
579 aa  170  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.95 
 
 
984 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.71 
 
 
947 aa  169  5e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.95 
 
 
984 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3019  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.43 
 
 
957 aa  168  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.09 
 
 
950 aa  167  9e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.63 
 
 
950 aa  167  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.57 
 
 
948 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.57 
 
 
948 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4869  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.63 
 
 
950 aa  167  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0187329 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.95 
 
 
959 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4645  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.04 
 
 
948 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  41.51 
 
 
593 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3636  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.74 
 
 
959 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.234983 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1473  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.71 
 
 
947 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0442327  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  38.5 
 
 
582 aa  166  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0619  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.52 
 
 
956 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.961077  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3479  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.76 
 
 
946 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.389807 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2856  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.27 
 
 
959 aa  166  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.52 
 
 
979 aa  165  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.48 
 
 
984 aa  164  8e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  40 
 
 
983 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3710  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  40.93 
 
 
977 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.749683  normal  0.699855 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  35.96 
 
 
581 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.05 
 
 
983 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.05 
 
 
983 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  39.46 
 
 
353 aa  164  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.05 
 
 
983 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1080  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  38.29 
 
 
960 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.05 
 
 
983 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2750  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.09 
 
 
969 aa  163  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0453604 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0555  formate dehydrogenase subunit alpha  40.38 
 
 
957 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.358497 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3925  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.84 
 
 
959 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287134  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.82 
 
 
905 aa  163  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  42.38 
 
 
573 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  39.05 
 
 
582 aa  162  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2558  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.67 
 
 
973 aa  162  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.779669  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  40 
 
 
967 aa  162  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2853  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.84 
 
 
960 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.771386 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.57 
 
 
983 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.23 
 
 
959 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.57 
 
 
983 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2741  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.74 
 
 
960 aa  161  7e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.313061 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  39.91 
 
 
582 aa  161  8.000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  37.85 
 
 
573 aa  161  8.000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  37.38 
 
 
573 aa  160  1e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  37.85 
 
 
573 aa  160  1e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  41.38 
 
 
666 aa  160  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.08 
 
 
886 aa  160  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0334  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding protein  42.6 
 
 
826 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  39.25 
 
 
583 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  39.05 
 
 
982 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.43 
 
 
893 aa  159  3e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.57 
 
 
982 aa  159  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  40.09 
 
 
312 aa  159  3e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0735  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.48 
 
 
952 aa  159  4e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  37.32 
 
 
576 aa  158  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1861  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.16 
 
 
978 aa  158  8e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.48 
 
 
911 aa  158  9e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  37.91 
 
 
355 aa  157  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  39.07 
 
 
580 aa  157  1e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>