More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2856 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.91 
 
 		 917 aa  733    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.65 
 
 		 879 aa  648    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0839  formate dehydrogenase, alpha subunit  70.47 
 
 		 946 aa  1424    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.331727  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.63 
 
 		 903 aa  645    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.21 
 
 		 960 aa  1325    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.14 
 
 		 947 aa  1347    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.89 
 
 		 1000 aa  1122    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.95 
 
 		 967 aa  1336    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4024  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.84 
 
 		 966 aa  1325    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3019  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.39 
 
 		 957 aa  1313    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.16 
 
 		 948 aa  1407    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3566  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.46 
 
 		 886 aa  643    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0757584 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.48 
 
 		 900 aa  696    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4097  formate dehydrogenase, alpha subunit  73.47 
 
 		 959 aa  1479    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.95 
 
 		 950 aa  1350    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.14 
 
 		 886 aa  680    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.66 
 
 		 984 aa  1328    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.56 
 
 		 984 aa  1328    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0619  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.7 
 
 		 956 aa  1338    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.961077  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3479  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.32 
 
 		 946 aa  1409    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.389807 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.66 
 
 		 984 aa  1328    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  67.66 
 
 		 984 aa  1328    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3710  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  67.08 
 
 		 977 aa  1343    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.749683  normal  0.699855 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1080  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  76.64 
 
 		 960 aa  1543    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.56 
 
 		 983 aa  1330    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.13 
 
 		 982 aa  1328    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.15 
 
 		 950 aa  1350    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.12 
 
 		 944 aa  1337    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00220  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.02 
 
 		 906 aa  691    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0797991 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3089  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.06 
 
 		 959 aa  1442    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.13 
 
 		 979 aa  1330    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3636  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.74 
 
 		 959 aa  1472    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.234983 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.5 
 
 		 951 aa  1384    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.24 
 
 		 983 aa  1319    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  40.54 
 
 		 899 aa  691    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.01 
 
 		 952 aa  1369    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.77 
 
 		 984 aa  1325    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2741  formate dehydrogenase, alpha subunit  76.64 
 
 		 960 aa  1543    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.313061 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.9 
 
 		 948 aa  1409    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0735  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.96 
 
 		 952 aa  1427    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.56 
 
 		 983 aa  1328    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3552  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.21 
 
 		 960 aa  1325    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.73 
 
 		 911 aa  663    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1861  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.11 
 
 		 978 aa  1305    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  73.05 
 
 		 959 aa  1476    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2558  formate dehydrogenase, alpha subunit  73.02 
 
 		 973 aa  1484    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.779669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.96 
 
 		 953 aa  1360    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.95 
 
 		 893 aa  764    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4645  formate dehydrogenase, alpha subunit  70.72 
 
 		 948 aa  1410    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3925  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.74 
 
 		 959 aa  1469    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.09 
 
 		 949 aa  1367    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  67.56 
 
 		 982 aa  1329    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  70.96 
 
 		 948 aa  1410    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0555  formate dehydrogenase subunit alpha  67.8 
 
 		 957 aa  1339    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.358497 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4642  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.46 
 
 		 886 aa  643    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0800652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.09 
 
 		 898 aa  714    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.77 
 
 		 983 aa  1330    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4869  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.26 
 
 		 950 aa  1352    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0187329 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.66 
 
 		 984 aa  1328    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.42 
 
 		 893 aa  761    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.09 
 
 		 900 aa  741    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.45 
 
 		 901 aa  692    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.13 
 
 		 983 aa  1328    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  63.87 
 
 		 959 aa  1276    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.57 
 
 		 904 aa  702    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2684  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.07 
 
 		 951 aa  1300    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.801873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.46 
 
 		 983 aa  1328    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.66 
 
 		 984 aa  1328    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.66 
 
 		 984 aa  1328    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3660  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.14 
 
 		 888 aa  653    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.77 
 
 		 983 aa  1330    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.01 
 
 		 948 aa  1428    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0915  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.24 
 
 		 920 aa  658    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2853  formate dehydrogenase, alpha subunit  75.91 
 
 		 960 aa  1533    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.771386 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1473  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.84 
 
 		 947 aa  1381    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0442327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2856  formate dehydrogenase, alpha subunit  100 
 
 		 959 aa  1994    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1809  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.53 
 
 		 960 aa  1330    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.48 
 
 		 893 aa  714    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.58 
 
 		 905 aa  640    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2750  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.79 
 
 		 969 aa  1325    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0453604 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2274  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.28 
 
 		 956 aa  1342    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.217783 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.7 
 
 		 959 aa  1333    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.23 
 
 		 925 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4523  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.96 
 
 		 886 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.195662  normal  0.224956 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4391  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.96 
 
 		 886 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.410335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2805  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.97 
 
 		 945 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.13 
 
 		 933 aa  588  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.31 
 
 		 927 aa  586  1e-166  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0843  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.26 
 
 		 994 aa  580  1e-164  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4651  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.48 
 
 		 937 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0293  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.14 
 
 		 989 aa  575  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5226  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.44 
 
 		 988 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24763  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3190  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.92 
 
 		 924 aa  575  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.523924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3926  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.34 
 
 		 924 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8358  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.44 
 
 		 988 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0464  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.7 
 
 		 987 aa  569  1e-161  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1925  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.89 
 
 		 986 aa  571  1e-161  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3266  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.33 
 
 		 988 aa  570  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271284  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4582  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.79 
 
 		 989 aa  558  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.656955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5043  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.79 
 
 		 989 aa  558  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.331865  normal  0.361747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>