More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2750 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2750  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  100 
 
 		 240 aa  496  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0980  ferredoxin  50.89 
 
 		 235 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2725  NAD-reducing hydrogenase, gamma subunit  51.56 
 
 		 243 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.006537  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1671  hydrogen dehydrogenase  48.95 
 
 		 245 aa  238  8e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3857  hydrogen dehydrogenase  46.52 
 
 		 240 aa  229  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2248  ferredoxin  46.75 
 
 		 243 aa  223  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0185475  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1216  hydrogen dehydrogenase  45.61 
 
 		 433 aa  220  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0473732 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1461  ferredoxin  45.95 
 
 		 234 aa  215  5e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.544429 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0529  putative NADH dehydrogenase subunit  45 
 
 		 246 aa  203  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4115  hydrogen dehydrogenase  38.91 
 
 		 239 aa  163  3e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.178174  normal  0.335137 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1523  ferredoxin  36.65 
 
 		 236 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000171825  hitchhiker  0.00403982 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0076  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  37.14 
 
 		 559 aa  152  5e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.75307  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0097  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.75 
 
 		 238 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0094  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.32 
 
 		 238 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4164  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  40.83 
 
 		 238 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4657  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  32.91 
 
 		 238 aa  139  4.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2100  ferredoxin  35.29 
 
 		 609 aa  137  1e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.624892  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3541  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.93 
 
 		 235 aa  138  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4051  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  32.91 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0848168 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  36.76 
 
 		 574 aa  136  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2478  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.32 
 
 		 235 aa  135  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0927823  normal  0.689692 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1366  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.44 
 
 		 235 aa  134  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.02 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2557  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.36 
 
 		 238 aa  126  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.379328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  33.01 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1831  NADH dehydrogenase I chain G  34.27 
 
 		 363 aa  126  3e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1111  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.82 
 
 		 238 aa  124  9e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.592876  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  34.82 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1029  NADH dehydrogenase I chain G  34.36 
 
 		 358 aa  124  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2720  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  31.88 
 
 		 238 aa  122  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.64 
 
 		 898 aa  121  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0110  molybdopterin oxidoreductase  33.18 
 
 		 998 aa  120  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  32.35 
 
 		 351 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  29.27 
 
 		 359 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4258  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit G, iron-sulfur-binding protein  33.01 
 
 		 226 aa  119  3e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.27815  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.37 
 
 		 905 aa  118  6e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  32.55 
 
 		 310 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000710786  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  33.65 
 
 		 899 aa  116  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  31.33 
 
 		 240 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  31.82 
 
 		 593 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  33.49 
 
 		 573 aa  115  6e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  32.23 
 
 		 573 aa  115  8.999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.7 
 
 		 959 aa  114  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4097  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.67 
 
 		 959 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1629  ferredoxin  33.9 
 
 		 468 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3187  ferredoxin  33.9 
 
 		 468 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  31.28 
 
 		 582 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.21 
 
 		 948 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0634  ferredoxin  33.9 
 
 		 468 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  32.41 
 
 		 580 aa  113  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.58 
 
 		 886 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0334  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding protein  31.92 
 
 		 826 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.38 
 
 		 950 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4869  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.38 
 
 		 950 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0187329 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  31.1 
 
 		 312 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.33 
 
 		 893 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.38 
 
 		 949 aa  109  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1309  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  36.77 
 
 		 788 aa  109  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.85 
 
 		 950 aa  110  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1861  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.52 
 
 		 978 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.77 
 
 		 960 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3552  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.77 
 
 		 960 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1473  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.77 
 
 		 947 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0442327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  27.31 
 
 		 355 aa  109  4.0000000000000004e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0673  molybdopterin oxidoreductase  39.22 
 
 		 822 aa  108  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.01358e-20 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1809  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.77 
 
 		 960 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2274  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.37 
 
 		 956 aa  108  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.217783 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.75 
 
 		 959 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1538  molybdopterin oxidoreductase  31.13 
 
 		 879 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4024  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.48 
 
 		 966 aa  107  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.9 
 
 		 984 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0660  molybdopterin oxidoreductase  40.65 
 
 		 822 aa  107  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.672989  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3636  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.41 
 
 		 959 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.234983 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  28.17 
 
 		 578 aa  107  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04288  NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit G, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G04370)  33.18 
 
 		 738 aa  107  2e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.503379  normal  0.151595 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.29 
 
 		 947 aa  107  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0160  NADH dehydrogenase subunit G  33.17 
 
 		 682 aa  107  2e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.43 
 
 		 984 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.43 
 
 		 984 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2750  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.56 
 
 		 969 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0453604 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  31.25 
 
 		 984 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.21 
 
 		 953 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1561  NADH dehydrogenase subunit G  35.26 
 
 		 689 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.43 
 
 		 984 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2558  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.2 
 
 		 973 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.779669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.43 
 
 		 984 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  33.33 
 
 		 578 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.62 
 
 		 944 aa  106  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1080  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  33.51 
 
 		 960 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_85822  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 78K chain precursor, 5-prime end  31.96 
 
 		 722 aa  106  3e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.28905  normal  0.0501454 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.25 
 
 		 984 aa  106  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.54 
 
 		 893 aa  106  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3019  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.38 
 
 		 957 aa  106  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3629  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  31.73 
 
 		 797 aa  106  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192772 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0835  anaerobic dehydrogenase  29.19 
 
 		 305 aa  105  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.25 
 
 		 984 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  31.31 
 
 		 583 aa  105  5e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0839  formate dehydrogenase, alpha subunit  30 
 
 		 946 aa  105  5e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.331727  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.43 
 
 		 893 aa  105  6e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0053  NADH dehydrogenase subunit G  31.55 
 
 		 679 aa  105  8e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.292666  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>