More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1523 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1523  ferredoxin  100 
 
 		 236 aa  484  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000171825  hitchhiker  0.00403982 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4115  hydrogen dehydrogenase  76.86 
 
 		 239 aa  369  1e-101  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.178174  normal  0.335137 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0980  ferredoxin  40.43 
 
 		 235 aa  191  6e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2725  NAD-reducing hydrogenase, gamma subunit  42.48 
 
 		 243 aa  186  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.006537  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3857  hydrogen dehydrogenase  43.3 
 
 		 240 aa  184  8e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2248  ferredoxin  39.04 
 
 		 243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0185475  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1671  hydrogen dehydrogenase  39.83 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1461  ferredoxin  39.38 
 
 		 234 aa  169  5e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.544429 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0529  putative NADH dehydrogenase subunit  40 
 
 		 246 aa  168  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2750  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.65 
 
 		 240 aa  163  3e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1216  hydrogen dehydrogenase  34.07 
 
 		 433 aa  149  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0473732 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4051  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.91 
 
 		 238 aa  144  9e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0848168 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2557  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.58 
 
 		 238 aa  134  1.9999999999999998e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.379328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4164  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.6 
 
 		 238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0097  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.5 
 
 		 238 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0094  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.5 
 
 		 238 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  30.93 
 
 		 240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0076  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  32.86 
 
 		 559 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.75307  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4657  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.01 
 
 		 238 aa  128  8.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2720  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.62 
 
 		 238 aa  121  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4258  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit G, iron-sulfur-binding protein  32.06 
 
 		 226 aa  121  8e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.27815  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1111  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  32.69 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.592876  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3541  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  31.07 
 
 		 235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2478  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  31.25 
 
 		 235 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0927823  normal  0.689692 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.03 
 
 		 905 aa  118  9e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1366  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  31.55 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  31.31 
 
 		 355 aa  117  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0334  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding protein  34.33 
 
 		 826 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  31.98 
 
 		 359 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  31.58 
 
 		 312 aa  115  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2100  ferredoxin  34.09 
 
 		 609 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.624892  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  31.6 
 
 		 574 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4076  ferredoxin  30.93 
 
 		 334 aa  113  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.505676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  32.22 
 
 		 899 aa  113  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0634  ferredoxin  32.74 
 
 		 468 aa  112  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1629  ferredoxin  32.74 
 
 		 468 aa  112  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3187  ferredoxin  32.74 
 
 		 468 aa  112  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  30.29 
 
 		 582 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  32.23 
 
 		 578 aa  110  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  33.18 
 
 		 573 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  33.17 
 
 		 353 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  29.26 
 
 		 239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.2 
 
 		 898 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2559  NADH dehydrogenase subunit G  32.56 
 
 		 797 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.437488  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1043  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  30 
 
 		 903 aa  109  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1831  NADH dehydrogenase I chain G  32.89 
 
 		 363 aa  109  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1538  molybdopterin oxidoreductase  32.54 
 
 		 879 aa  108  7.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  37.01 
 
 		 580 aa  107  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2237  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  29.87 
 
 		 918 aa  107  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0823  NADH dehydrogenase subunit G  30.3 
 
 		 700 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.477547  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.77 
 
 		 893 aa  107  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0661  molybdopterin oxidoreductase  31.58 
 
 		 808 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  32.37 
 
 		 576 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0835  anaerobic dehydrogenase  30.56 
 
 		 305 aa  106  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0110  molybdopterin oxidoreductase  32.86 
 
 		 998 aa  106  3e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.19 
 
 		 901 aa  106  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.93 
 
 		 893 aa  106  4e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.19 
 
 		 903 aa  105  5e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1029  NADH dehydrogenase I chain G  32.89 
 
 		 358 aa  105  6e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1823  NADH dehydrogenase subunit G  33.33 
 
 		 776 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1305  NADH dehydrogenase subunit G  33.33 
 
 		 776 aa  105  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1441  NADH dehydrogenase subunit G  33.33 
 
 		 776 aa  105  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.147964  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0419  NADH dehydrogenase subunit G  33.33 
 
 		 776 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.701161  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1296  NADH dehydrogenase subunit G  33.33 
 
 		 776 aa  105  9e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7013  ferredoxin  32.27 
 
 		 362 aa  104  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1067  NADH dehydrogenase subunit G  33.33 
 
 		 776 aa  104  9e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.149532  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0731  NADH dehydrogenase subunit G  33.33 
 
 		 776 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1964  NADH dehydrogenase subunit G  30.1 
 
 		 797 aa  104  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0536465  normal  0.0616113 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1136  NADH dehydrogenase subunit G  33.33 
 
 		 776 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.205487  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.88 
 
 		 900 aa  104  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2056  NADH dehydrogenase subunit G  33.33 
 
 		 783 aa  104  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.81056  normal  0.0464837 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0992  NADH dehydrogenase subunit G  31.63 
 
 		 791 aa  104  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.529585  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1499  NADH dehydrogenase subunit G  33.04 
 
 		 721 aa  104  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  29.9 
 
 		 653 aa  104  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  28.99 
 
 		 645 aa  103  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1611  NADH dehydrogenase subunit G  31.9 
 
 		 787 aa  103  2e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3639  molybdopterin oxidoreductase  30.92 
 
 		 843 aa  103  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.424964  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0552  NADH dehydrogenase subunit G  31.9 
 
 		 787 aa  103  2e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1507  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  32.39 
 
 		 770 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00792374 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  28.99 
 
 		 645 aa  103  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1759  NADH dehydrogenase subunit G  28.5 
 
 		 795 aa  102  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3250  NADH dehydrogenase subunit G  31.96 
 
 		 717 aa  102  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521932  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2830  NADH dehydrogenase subunit G  33.17 
 
 		 783 aa  102  5e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0955  NADH dehydrogenase subunit G  31.42 
 
 		 777 aa  102  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.391451  normal  0.458803 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  31.03 
 
 		 307 aa  102  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0660  molybdopterin oxidoreductase  31.58 
 
 		 822 aa  102  5e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.672989  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2699  NADH dehydrogenase subunit G  33.17 
 
 		 783 aa  102  6e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3504  NADH dehydrogenase subunit G  32.59 
 
 		 720 aa  102  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3617  molybdopterin oxidoreductase  30.99 
 
 		 850 aa  102  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3389  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  29.44 
 
 		 923 aa  102  7e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3601  hydrogenase, Fe-only  29.92 
 
 		 587 aa  102  7e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1376  NADH dehydrogenase I chain G  31.19 
 
 		 323 aa  102  7e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.034851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  28.71 
 
 		 581 aa  101  8e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2267  NADH dehydrogenase subunit G  32.86 
 
 		 776 aa  101  8e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.263925  normal  0.104437 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2243  NADH dehydrogenase subunit G  32.86 
 
 		 776 aa  101  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  31.25 
 
 		 579 aa  101  9e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  30.88 
 
 		 587 aa  100  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3132  molybdopterin oxidoreductase  30.43 
 
 		 815 aa  101  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0673  molybdopterin oxidoreductase  31.1 
 
 		 822 aa  101  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.01358e-20 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  29.33 
 
 		 583 aa  101  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>