More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1216 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1216  hydrogen dehydrogenase  100 
 
 
433 aa  891    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0473732 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2725  NAD-reducing hydrogenase, gamma subunit  56.12 
 
 
243 aa  291  2e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.006537  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1671  hydrogen dehydrogenase  57.27 
 
 
245 aa  284  2.0000000000000002e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0980  ferredoxin  52.84 
 
 
235 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2248  ferredoxin  54.02 
 
 
243 aa  267  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0185475  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3857  hydrogen dehydrogenase  53.18 
 
 
240 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1461  ferredoxin  52.84 
 
 
234 aa  262  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.544429 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0981  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  64.8 
 
 
182 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0529  putative NADH dehydrogenase subunit  50 
 
 
246 aa  254  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2726  NAD-reducing hydrogenase, delta subunit  61.24 
 
 
180 aa  241  2e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0254891  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2249  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  59.78 
 
 
193 aa  232  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00641529  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1672  hydrogen dehydrogenase  58.1 
 
 
182 aa  229  5e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.800541  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1460  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  59.22 
 
 
191 aa  228  2e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.542713 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0530  hydrogen dehydrogenase  58.66 
 
 
193 aa  226  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2750  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  45.61 
 
 
240 aa  220  3e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3856  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  56.08 
 
 
188 aa  221  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2749  Hydrogen dehydrogenase  51.69 
 
 
190 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4114  hydrogen dehydrogenase  50.55 
 
 
205 aa  196  7e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.122624  normal  0.234793 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1524  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  48.35 
 
 
209 aa  194  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000416432  hitchhiker  0.00403982 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0077  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  42.7 
 
 
180 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.919997  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2715  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  43.82 
 
 
184 aa  158  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.720565  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4115  hydrogen dehydrogenase  34.93 
 
 
239 aa  157  4e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.178174  normal  0.335137 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1523  ferredoxin  34.07 
 
 
236 aa  149  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000171825  hitchhiker  0.00403982 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3540  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  44.12 
 
 
181 aa  146  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2792  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  44.12 
 
 
179 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0379698  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2556  NAD-reducing hydrogenase HoxS delta subunit  45.11 
 
 
184 aa  142  9.999999999999999e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.155572  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4163  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  41.76 
 
 
182 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4659  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  41.86 
 
 
181 aa  141  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1112  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  41.57 
 
 
180 aa  139  7e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.668315  normal  0.471993 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0097  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.04 
 
 
238 aa  139  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0094  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.62 
 
 
238 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4164  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  31.91 
 
 
238 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0071  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  43.53 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1367  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  41.04 
 
 
181 aa  137  5e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2477  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  41.38 
 
 
177 aa  136  7.000000000000001e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.279719  normal  0.48758 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4051  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.93 
 
 
238 aa  133  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0848168 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0098  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  44.71 
 
 
300 aa  132  7.999999999999999e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.412374  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2100  ferredoxin  33.49 
 
 
609 aa  130  3e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.624892  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0076  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  32.2 
 
 
559 aa  131  3e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.75307  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4046  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  40.22 
 
 
182 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.586699  normal  0.0266692 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3541  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  31.86 
 
 
235 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1111  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  31.4 
 
 
238 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.592876  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2478  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  30.97 
 
 
235 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0927823  normal  0.689692 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2720  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  30.92 
 
 
238 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1366  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  31.42 
 
 
235 aa  127  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0651  F420-non-reducing hydrogenase subunit G  41.18 
 
 
300 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.907295  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4657  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  32.85 
 
 
238 aa  126  8.000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0093  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  42.69 
 
 
181 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.574923 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0096  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  42.69 
 
 
181 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.57 
 
 
898 aa  124  3e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  27.43 
 
 
359 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4256  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  43.29 
 
 
167 aa  122  1.9999999999999998e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.359496  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  31.55 
 
 
310 aa  120  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000710786  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0110  molybdopterin oxidoreductase  32.35 
 
 
998 aa  120  3.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  29.49 
 
 
355 aa  120  4.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  29.81 
 
 
312 aa  120  6e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.32 
 
 
905 aa  119  7.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_002936  DET0614  hydrogenase, group 3, VhuG subunit, putative  38.33 
 
 
312 aa  119  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.773338  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2101  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  36.7 
 
 
191 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.656537  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2557  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  32.69 
 
 
238 aa  119  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.379328  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0976  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  38.86 
 
 
288 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.313048  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  31.58 
 
 
351 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0970  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  38.29 
 
 
288 aa  117  5e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0587  F420-non-reducing hydrogenase subunit G  35.56 
 
 
312 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000383981  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1711  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  37.71 
 
 
288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  29.95 
 
 
239 aa  115  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0997  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  36.57 
 
 
287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1831  NADH dehydrogenase I chain G  29.6 
 
 
363 aa  114  3e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  32.76 
 
 
307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  30.77 
 
 
899 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_552  nickel-dependent hydrogenase, group 3, small subunit  35 
 
 
312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000367769  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  29.95 
 
 
240 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.48 
 
 
984 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0835  anaerobic dehydrogenase  27.44 
 
 
305 aa  110  5e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1792  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  36.67 
 
 
312 aa  110  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  30 
 
 
984 aa  110  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  30 
 
 
984 aa  110  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.71 
 
 
959 aa  110  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  30 
 
 
984 aa  110  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  30 
 
 
984 aa  110  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  30 
 
 
984 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.02 
 
 
984 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.87 
 
 
984 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1029  NADH dehydrogenase I chain G  27.9 
 
 
358 aa  108  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2222  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  38.64 
 
 
300 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.48107 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3955  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  35 
 
 
309 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.650023 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1861  formate dehydrogenase, alpha subunit  30 
 
 
978 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.79 
 
 
952 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.11 
 
 
953 aa  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.91 
 
 
979 aa  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  29.9 
 
 
573 aa  107  5e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2719  NAD-reducing hydrogenase, delta subunit  35.53 
 
 
195 aa  107  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3973  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  37.43 
 
 
315 aa  106  6e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000410627 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3022  Fe(III) reductase, alpha subunit  29.59 
 
 
831 aa  106  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  29.81 
 
 
573 aa  106  7e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.85 
 
 
983 aa  106  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  29.41 
 
 
573 aa  106  9e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.65 
 
 
983 aa  106  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3536  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  30.56 
 
 
324 aa  106  9e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3885  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  36.84 
 
 
315 aa  105  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>