More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3857 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3857  hydrogen dehydrogenase  100 
 
 		 240 aa  500  1e-141  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1461  ferredoxin  75.77 
 
 		 234 aa  369  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.544429 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0529  putative NADH dehydrogenase subunit  73.64 
 
 		 246 aa  357  9e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2248  ferredoxin  68.16 
 
 		 243 aa  347  1e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0185475  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0980  ferredoxin  65.49 
 
 		 235 aa  342  4e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2725  NAD-reducing hydrogenase, gamma subunit  59.11 
 
 		 243 aa  288  4e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.006537  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1671  hydrogen dehydrogenase  57.08 
 
 		 245 aa  288  4e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1216  hydrogen dehydrogenase  53.18 
 
 		 433 aa  267  1e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0473732 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2750  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  46.52 
 
 		 240 aa  229  4e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1523  ferredoxin  43.3 
 
 		 236 aa  184  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000171825  hitchhiker  0.00403982 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4115  hydrogen dehydrogenase  41.41 
 
 		 239 aa  181  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.178174  normal  0.335137 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4051  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  38.1 
 
 		 238 aa  151  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0848168 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4164  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.55 
 
 		 238 aa  146  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4657  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.06 
 
 		 238 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0097  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.78 
 
 		 238 aa  142  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0076  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  33.01 
 
 		 559 aa  142  4e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.75307  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0094  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.78 
 
 		 238 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2478  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.4 
 
 		 235 aa  138  8.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0927823  normal  0.689692 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2100  ferredoxin  34.65 
 
 		 609 aa  133  3e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.624892  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.95 
 
 		 898 aa  132  5e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0110  molybdopterin oxidoreductase  35.89 
 
 		 998 aa  132  6e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  33.01 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  32.04 
 
 		 351 aa  125  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2557  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  32.52 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.379328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3541  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  31.92 
 
 		 235 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2720  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  30.62 
 
 		 238 aa  122  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1111  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  32.21 
 
 		 238 aa  122  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.592876  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1831  NADH dehydrogenase I chain G  34.22 
 
 		 363 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1366  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  31.46 
 
 		 235 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4258  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit G, iron-sulfur-binding protein  30.1 
 
 		 226 aa  119  3.9999999999999996e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.27815  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0673  molybdopterin oxidoreductase  33.5 
 
 		 822 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.01358e-20 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  34.11 
 
 		 353 aa  119  3.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  29.91 
 
 		 355 aa  119  3.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  33.01 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0661  molybdopterin oxidoreductase  33.33 
 
 		 808 aa  118  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1029  NADH dehydrogenase I chain G  32.3 
 
 		 358 aa  117  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0634  ferredoxin  33.93 
 
 		 468 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1629  ferredoxin  33.93 
 
 		 468 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3187  ferredoxin  33.93 
 
 		 468 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0334  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding protein  34.13 
 
 		 826 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3022  Fe(III) reductase, alpha subunit  34.3 
 
 		 831 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  32.24 
 
 		 578 aa  116  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  28.51 
 
 		 359 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  28.16 
 
 		 239 aa  116  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  31.22 
 
 		 573 aa  116  3e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.83 
 
 		 905 aa  116  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  30.73 
 
 		 573 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.82 
 
 		 886 aa  115  5e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  28.7 
 
 		 240 aa  115  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  31.71 
 
 		 573 aa  115  5e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  32.37 
 
 		 659 aa  115  5e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  31.25 
 
 		 899 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0660  molybdopterin oxidoreductase  31.9 
 
 		 822 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.672989  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  30.92 
 
 		 579 aa  113  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  28.64 
 
 		 645 aa  113  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  30.92 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000710786  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  28.99 
 
 		 562 aa  113  3e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  28.64 
 
 		 645 aa  112  5e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.04 
 
 		 893 aa  112  5e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  32.02 
 
 		 574 aa  112  5e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00220  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.91 
 
 		 906 aa  112  6e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0797991 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0835  anaerobic dehydrogenase  29.81 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  31.86 
 
 		 581 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  31.53 
 
 		 576 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0509  Fe(III) reductase, alpha subunit  31.07 
 
 		 844 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.13 
 
 		 893 aa  108  6e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.18 
 
 		 911 aa  108  9.000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  28.85 
 
 		 582 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  30.77 
 
 		 573 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4645  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.65 
 
 		 948 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  30.54 
 
 		 567 aa  107  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1384  hydrogenases, Fe-only  30.66 
 
 		 606 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3639  molybdopterin oxidoreductase  29.61 
 
 		 843 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.424964  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.02 
 
 		 900 aa  106  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3629  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  31.71 
 
 		 797 aa  106  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192772 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  30.29 
 
 		 573 aa  105  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  32.38 
 
 		 580 aa  105  5e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  26.85 
 
 		 900 aa  105  5e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  31.58 
 
 		 653 aa  105  6e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.73 
 
 		 901 aa  105  6e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.61 
 
 		 893 aa  105  8e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.11 
 
 		 948 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  32.93 
 
 		 666 aa  104  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.33 
 
 		 948 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3089  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.43 
 
 		 959 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.53 
 
 		 948 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3269  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.59 
 
 		 942 aa  102  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.964291  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  32.68 
 
 		 601 aa  102  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1309  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  28.91 
 
 		 788 aa  102  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  31 
 
 		 586 aa  102  7e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.38 
 
 		 927 aa  101  9e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0369  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  31.8 
 
 		 833 aa  101  1e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.55399  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  29.95 
 
 		 582 aa  101  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01310  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  29.25 
 
 		 775 aa  101  1e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.754341  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1080  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  28.27 
 
 		 960 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1499  NADH dehydrogenase subunit G  30.58 
 
 		 721 aa  101  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  31.22 
 
 		 578 aa  100  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4869  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.89 
 
 		 950 aa  100  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0187329 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.94 
 
 		 948 aa  100  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.89 
 
 		 950 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>