61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0047 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_0047  DNA binding domain, excisionase family  100 
 
 		 136 aa  261  3e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509276  normal  0.343664 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20770  DNA-binding protein, excisionase family  48.65 
 
 		 170 aa  90.9  6e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1856  excisionase/Xis, DNA-binding  53.57 
 
 		 174 aa  90.1  9e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1635  DNA binding domain protein, excisionase family  43.33 
 
 		 184 aa  89  2e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04840  DNA-binding protein, excisionase family  53.09 
 
 		 157 aa  87  8e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.287147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13782  excisionase  52.44 
 
 		 130 aa  86.3  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.696326 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3385  DNA binding domain-containing protein  48.84 
 
 		 150 aa  85.5  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2639  hypothetical protein  52.44 
 
 		 153 aa  85.1  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.690971  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03470  DNA-binding protein, excisionase family  53.01 
 
 		 178 aa  84  7e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.417608 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1614  excisionase domain protein  53.09 
 
 		 154 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177236  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0234  DNA binding domain protein, excisionase family  53.09 
 
 		 154 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.844329  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3239  putative excisionase protein  50 
 
 		 153 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0263514 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4630  DNA binding domain-containing protein  47.06 
 
 		 109 aa  78.6  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2993  DNA binding domain protein, excisionase family  48.78 
 
 		 180 aa  77.4  0.00000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4162  DNA binding domain-containing protein  42.37 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0766794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4367  DNA binding domain-containing protein  41.32 
 
 		 155 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.264021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12334  excisionase  53.95 
 
 		 114 aa  72.8  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3279  DNA binding domain-containing protein  50 
 
 		 149 aa  72.4  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.746198  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1265  DNA binding domain-containing protein  41.53 
 
 		 156 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2344  excisionase/Xis, DNA-binding  41.53 
 
 		 156 aa  71.6  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000412399  unclonable  0.000000144936 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0695  DNA binding domain-containing protein  39.6 
 
 		 153 aa  72  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0623453  normal  0.505933 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3924  DNA binding domain-containing protein  46.88 
 
 		 152 aa  70.9  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4151  excisionase domain-containing protein  37.74 
 
 		 157 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2889  putative RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  44.87 
 
 		 167 aa  70.5  0.000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3978  DNA binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.382776 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3752  DNA binding domain protein, excisionase family  46.84 
 
 		 153 aa  69.7  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.152724  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3464  DNA binding domain protein, excisionase family  32.14 
 
 		 157 aa  69.3  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1445  DNA binding domain protein, excisionase family  41.12 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7903  DNA binding domain protein, excisionase family  41.33 
 
 		 151 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1776  excisionase/Xis, DNA-binding  48.44 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.666085  normal  0.0963925 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0072  DNA binding domain protein, excisionase family  48.61 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4435  DNA binding domain-containing protein  35 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.901637  normal  0.560095 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4424  excisionase/Xis, DNA-binding  50.88 
 
 		 152 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412812  normal  0.513103 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3800  DNA binding domain protein, excisionase family  41.25 
 
 		 171 aa  60.5  0.000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0338  DNA binding domain-containing protein  40 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3272  DNA binding domain protein, excisionase family  38.89 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4008  DNA binding domain-containing protein  39.13 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8221  DNA binding domain-containing protein  38.54 
 
 		 149 aa  53.9  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0804  regulatory protein MerR  37.23 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0793  DNA binding domain protein, excisionase family  60 
 
 		 178 aa  52  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1504  DNA binding domain protein, excisionase family  38.27 
 
 		 151 aa  52  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.018572  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3978  DNA binding domain-containing protein  36.36 
 
 		 158 aa  51.2  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.27938 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4763  excisionase/Xis, DNA-binding  36.26 
 
 		 158 aa  51.2  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.180211 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0848  DNA binding domain protein, excisionase family  54.35 
 
 		 127 aa  48.5  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5538  DNA binding domain-containing protein  45.1 
 
 		 64 aa  45.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2158  DNA binding domain protein, excisionase family  46.55 
 
 		 206 aa  45.8  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1031  excisionase/Xis, DNA-binding  45.1 
 
 		 64 aa  45.4  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.126715 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6306  DNA binding domain-containing protein  45.1 
 
 		 64 aa  44.7  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0733  response regulator receiver protein  51.85 
 
 		 215 aa  45.1  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1587  DNA binding domain-containing protein  45.45 
 
 		 166 aa  44.7  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01190  DNA-binding protein, excisionase family  52.08 
 
 		 164 aa  43.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  44.64 
 
 		 363 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0405  excisionase/Xis, DNA-binding  47.17 
 
 		 63 aa  42  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.831547 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1273  DNA binding domain protein, excisionase family  38.1 
 
 		 79 aa  42  0.003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.33756  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10758  transcriptional regulator  47.5 
 
 		 168 aa  40.8  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.03304e-31  normal  0.354677 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1158  DNA binding domain protein, excisionase family  30 
 
 		 320 aa  40.8  0.007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000597249  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3991  phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 114 aa  40.8  0.007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1000  Resolvase domain protein  50 
 
 		 206 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0589477 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0517  DNA binding domain protein, excisionase family  43.86 
 
 		 207 aa  40.4  0.008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2935  Resolvase domain protein  50 
 
 		 206 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1601  DNA binding domain protein, excisionase family  41.67 
 
 		 128 aa  40.4  0.009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>