47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2344 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_1265  DNA binding domain-containing protein  100 
 
 		 156 aa  315  2e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2344  excisionase/Xis, DNA-binding  100 
 
 		 156 aa  315  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000412399  unclonable  0.000000144936 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4162  DNA binding domain-containing protein  76.28 
 
 		 155 aa  238  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0766794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4367  DNA binding domain-containing protein  74.83 
 
 		 155 aa  227  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.264021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3752  DNA binding domain protein, excisionase family  64.71 
 
 		 153 aa  198  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.152724  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1614  excisionase domain protein  54.79 
 
 		 154 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177236  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0234  DNA binding domain protein, excisionase family  54.79 
 
 		 154 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.844329  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4151  excisionase domain-containing protein  56.41 
 
 		 157 aa  167  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2639  hypothetical protein  52.41 
 
 		 153 aa  158  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.690971  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1776  excisionase/Xis, DNA-binding  68.04 
 
 		 97 aa  143  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.666085  normal  0.0963925 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4435  DNA binding domain-containing protein  42.07 
 
 		 149 aa  136  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.901637  normal  0.560095 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3464  DNA binding domain protein, excisionase family  44.3 
 
 		 157 aa  134  4e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3239  putative excisionase protein  46.9 
 
 		 153 aa  134  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0263514 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0695  DNA binding domain-containing protein  50.69 
 
 		 153 aa  133  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0623453  normal  0.505933 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3978  DNA binding domain-containing protein  43.06 
 
 		 150 aa  132  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.382776 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3385  DNA binding domain-containing protein  41.06 
 
 		 150 aa  124  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4630  DNA binding domain-containing protein  45.71 
 
 		 109 aa  101  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3279  DNA binding domain-containing protein  41.43 
 
 		 149 aa  99.8  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.746198  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1504  DNA binding domain protein, excisionase family  42.67 
 
 		 151 aa  94.7  4e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.018572  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0338  DNA binding domain-containing protein  40.65 
 
 		 153 aa  88.6  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1856  excisionase/Xis, DNA-binding  39.05 
 
 		 174 aa  86.3  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4424  excisionase/Xis, DNA-binding  36.69 
 
 		 152 aa  86.3  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412812  normal  0.513103 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13782  excisionase  41.49 
 
 		 130 aa  83.6  8e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.696326 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3924  DNA binding domain-containing protein  36.62 
 
 		 152 aa  83.6  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4763  excisionase/Xis, DNA-binding  38.74 
 
 		 158 aa  82.8  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.180211 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20770  DNA-binding protein, excisionase family  36.79 
 
 		 170 aa  82  0.000000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7903  DNA binding domain protein, excisionase family  33.64 
 
 		 151 aa  80.9  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2993  DNA binding domain protein, excisionase family  46.81 
 
 		 180 aa  78.2  0.00000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04840  DNA-binding protein, excisionase family  39.22 
 
 		 157 aa  74.3  0.0000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.287147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3978  DNA binding domain-containing protein  39.81 
 
 		 158 aa  73.9  0.0000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.27938 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1635  DNA binding domain protein, excisionase family  35.24 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0047  DNA binding domain, excisionase family  41.53 
 
 		 136 aa  71.6  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509276  normal  0.343664 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03470  DNA-binding protein, excisionase family  43.53 
 
 		 178 aa  70.9  0.000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.417608 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1445  DNA binding domain protein, excisionase family  38.61 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12334  excisionase  45 
 
 		 114 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8221  DNA binding domain-containing protein  36.14 
 
 		 149 aa  57  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4008  DNA binding domain-containing protein  32.79 
 
 		 132 aa  56.2  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2889  putative RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  36.47 
 
 		 167 aa  55.5  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3800  DNA binding domain protein, excisionase family  31.78 
 
 		 171 aa  52.8  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0848  DNA binding domain protein, excisionase family  35.71 
 
 		 127 aa  50.1  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0793  DNA binding domain protein, excisionase family  43.66 
 
 		 178 aa  49.7  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1587  DNA binding domain-containing protein  37.1 
 
 		 166 aa  46.6  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0804  regulatory protein MerR  35.21 
 
 		 132 aa  45.4  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1962  hypothetical protein  50 
 
 		 83 aa  45.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0383954 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0072  DNA binding domain protein, excisionase family  34.15 
 
 		 141 aa  44.7  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3272  DNA binding domain protein, excisionase family  40.43 
 
 		 143 aa  44.7  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01190  DNA-binding protein, excisionase family  43.64 
 
 		 164 aa  40.4  0.008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>