More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_2480 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_2480  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 341 aa  667    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.725797  normal  0.877473 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2911  transcriptional regulator, LacI family  46.56 
 
 		 342 aa  223  3e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  41.45 
 
 		 340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  43.89 
 
 		 348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  41.33 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  43.26 
 
 		 338 aa  184  3e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4705  transcriptional regulator, LacI family  40.32 
 
 		 359 aa  182  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6224  HTH-type transcriptional repressor PurR  41.88 
 
 		 348 aa  182  6e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.348111 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2947  regulatory protein LacI  44.26 
 
 		 359 aa  176  5e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.407921  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  39.31 
 
 		 351 aa  173  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0572  LacI family response repressor  36.94 
 
 		 338 aa  172  1e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.379149  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  37.92 
 
 		 346 aa  169  4e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4997  transcriptional regulator, LacI family  39.8 
 
 		 372 aa  169  5e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.385337 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0100  transcriptional regulator, LacI family  38.83 
 
 		 348 aa  169  9e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0658146  normal  0.053402 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06590  transcriptional regulator, LacI family  38.99 
 
 		 359 aa  168  2e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  37.46 
 
 		 339 aa  167  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0748  transcriptional regulator, LacI family  42.3 
 
 		 346 aa  166  4e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  40.78 
 
 		 336 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04300  transcriptional regulator, LacI family  40.72 
 
 		 352 aa  162  8.000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  38.94 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1918  LacI family transcription regulator  34.59 
 
 		 368 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.04786  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  32.79 
 
 		 330 aa  149  8e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0495  transcriptional regulator, LacI family  35.2 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.448967  normal  0.778992 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0930  LacI family response repressor  34.33 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.562853  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  32.46 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  32.46 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  32.13 
 
 		 330 aa  147  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  38.92 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  32.46 
 
 		 330 aa  147  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  32.46 
 
 		 330 aa  146  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  32.46 
 
 		 330 aa  146  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 342 aa  145  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11590  transcriptional regulator  38.76 
 
 		 362 aa  144  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.042152 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  28.99 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2577  transcriptional regulator, LacI family  38.13 
 
 		 346 aa  144  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215831  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  32.25 
 
 		 332 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  32.25 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  32.25 
 
 		 332 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  38.49 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  32.25 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2732  lac repressor  34.5 
 
 		 357 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.02392  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  32.25 
 
 		 332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  29.43 
 
 		 333 aa  139  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  30.54 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1363  lac repressor  32.8 
 
 		 358 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0400  transcriptional regulator, LacI family  36.31 
 
 		 346 aa  137  4e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.48 
 
 		 331 aa  136  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  31.58 
 
 		 328 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.53 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  30.29 
 
 		 358 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0927  lac repressor  35.86 
 
 		 355 aa  132  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0196781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.35 
 
 		 341 aa  132  9e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.74 
 
 		 341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.74 
 
 		 341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.74 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.65 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.74 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.74 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  30.41 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1925  LacI family transcription regulator  35.08 
 
 		 358 aa  130  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.149363  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3042  transcriptional regulator, LacI family  35.64 
 
 		 359 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.48 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  35.24 
 
 		 361 aa  129  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.1 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  32.33 
 
 		 343 aa  128  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.41 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  31.4 
 
 		 334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  29.77 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  29.77 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.77 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.77 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.77 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  30.6 
 
 		 338 aa  127  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.77 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  29.77 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0916  transcriptional regulator, LacI family  36.81 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.684035  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.77 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.75 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1067  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 		 349 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0326258  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  29.05 
 
 		 338 aa  127  4.0000000000000003e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3846  transcriptional regulator, LacI family  35.94 
 
 		 348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00500845  normal  0.20128 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.81 
 
 		 335 aa  125  8.000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1111  LacI family transcription regulator  32.05 
 
 		 339 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0121938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.12 
 
 		 347 aa  125  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  32.38 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.19 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.38 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.19 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.19 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06900  transcriptional regulator, LacI family  34.71 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  30.13 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  25 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  29.17 
 
 		 334 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.43 
 
 		 341 aa  123  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  31.09 
 
 		 332 aa  123  5e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  27.54 
 
 		 335 aa  123  5e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  31.07 
 
 		 332 aa  122  6e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>