More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0487 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0487  putative dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  100 
 
 
308 aa  610  9.999999999999999e-175  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.346546 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0253  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  83.77 
 
 
308 aa  530  1e-150  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0169931  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26160  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  59.74 
 
 
308 aa  377  1e-103  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  0.743342 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.49 
 
 
308 aa  365  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1126  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.63 
 
 
308 aa  363  1e-99  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.63 
 
 
309 aa  362  5.0000000000000005e-99  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.488789  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13695  dipeptide-transport integral membrane protein ABC transporter dppB  55.7 
 
 
308 aa  353  2e-96  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0848221 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11060  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  55.08 
 
 
309 aa  343  2e-93  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.463439  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1080  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.51 
 
 
307 aa  329  3e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.810626  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.84 
 
 
307 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.801835  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.61 
 
 
309 aa  323  2e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000256929 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3310  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  47.23 
 
 
308 aa  298  1e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12600  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  50 
 
 
304 aa  298  1e-79  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.549208  normal  0.205844 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8933  ABC transporter permease protein  50.16 
 
 
307 aa  295  9e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0677  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.81 
 
 
308 aa  289  4e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4177  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.27 
 
 
312 aa  278  9e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0016505 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.2 
 
 
307 aa  275  6e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.013844  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.91 
 
 
308 aa  268  8e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.547969  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.95 
 
 
312 aa  267  1e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
309 aa  224  2e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
334 aa  223  3e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  39.22 
 
 
339 aa  221  9.999999999999999e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.26 
 
 
336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.922354  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
308 aa  211  2e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.91 
 
 
336 aa  209  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
306 aa  209  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022065  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.39 
 
 
308 aa  209  6e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.47 
 
 
306 aa  207  1e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  39.47 
 
 
306 aa  207  1e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  39.47 
 
 
306 aa  207  1e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
317 aa  207  2e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  39.47 
 
 
306 aa  206  3e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
326 aa  206  3e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  39.47 
 
 
306 aa  206  3e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4212  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
336 aa  206  3e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0203123 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.7 
 
 
333 aa  205  7e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
326 aa  205  9e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
334 aa  204  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
306 aa  203  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
340 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  35.61 
 
 
339 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
306 aa  202  6e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
307 aa  202  7e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  35.31 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  38.7 
 
 
326 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  35.61 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  35.31 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  35.31 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
335 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  35.31 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  37.01 
 
 
336 aa  200  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  36.48 
 
 
321 aa  199  5e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
335 aa  199  5e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  35.22 
 
 
337 aa  199  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  35.01 
 
 
339 aa  198  7e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  34.72 
 
 
339 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  34.72 
 
 
339 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  34.72 
 
 
339 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  34.72 
 
 
339 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  34.72 
 
 
339 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  34.72 
 
 
339 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
333 aa  198  7.999999999999999e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  36.23 
 
 
336 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0942  nickel-transporting ATPase  36.89 
 
 
305 aa  198  7.999999999999999e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.541988  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  34.72 
 
 
339 aa  198  7.999999999999999e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  34.72 
 
 
339 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  35.93 
 
 
336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  34.72 
 
 
381 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  35.31 
 
 
339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.93 
 
 
336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.22 
 
 
315 aa  197  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  35.01 
 
 
339 aa  196  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  35.01 
 
 
339 aa  196  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  35.33 
 
 
336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.23 
 
 
336 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
318 aa  196  5.000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.510417 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
336 aa  195  7e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
334 aa  195  8.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
340 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
306 aa  195  8.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  36.42 
 
 
313 aa  195  9e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3675  oligopeptide ABC transporter, permease  35.05 
 
 
316 aa  195  9e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0490538 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  34.23 
 
 
333 aa  195  9e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  34.73 
 
 
336 aa  195  9e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  35.63 
 
 
336 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.33 
 
 
334 aa  194  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  35.93 
 
 
336 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
334 aa  194  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.143224 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0610  oligopeptide transporter permease  34.95 
 
 
306 aa  195  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_931  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  36.25 
 
 
305 aa  194  1e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.541229  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  34.73 
 
 
316 aa  195  1e-48  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  35.63 
 
 
336 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.63 
 
 
336 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.03 
 
 
336 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
316 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00994535  normal  0.14386 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>