More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1080 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_1080  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
307 aa  591  1e-168  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.810626  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.22 
 
 
307 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.801835  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8933  ABC transporter permease protein  56.35 
 
 
307 aa  335  3.9999999999999995e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13695  dipeptide-transport integral membrane protein ABC transporter dppB  56.35 
 
 
308 aa  332  4e-90  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0848221 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.22 
 
 
307 aa  330  2e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.013844  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0487  putative dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  49.51 
 
 
308 aa  329  3e-89  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.346546 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26160  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  54.72 
 
 
308 aa  324  1e-87  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  0.743342 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0677  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.47 
 
 
308 aa  322  6e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.44 
 
 
308 aa  322  6e-87  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0253  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  49.51 
 
 
308 aa  320  9.999999999999999e-87  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0169931  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11060  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  52.96 
 
 
309 aa  316  2e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.463439  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.92 
 
 
309 aa  315  7e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.488789  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12600  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  52.98 
 
 
304 aa  305  7e-82  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.549208  normal  0.205844 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1126  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.07 
 
 
308 aa  300  2e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3310  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  50 
 
 
308 aa  300  3e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.25 
 
 
309 aa  295  5e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000256929 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.75 
 
 
308 aa  283  2.0000000000000002e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.547969  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4177  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.36 
 
 
312 aa  270  2e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0016505 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
312 aa  269  4e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.07 
 
 
336 aa  260  2e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.922354  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4212  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.21 
 
 
336 aa  255  7e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0203123 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.97 
 
 
308 aa  246  4e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  40.6 
 
 
337 aa  239  4e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
334 aa  237  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.13 
 
 
315 aa  236  4e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0942  nickel-transporting ATPase  40.13 
 
 
305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.541988  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  41.02 
 
 
336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.12 
 
 
336 aa  235  9e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.3 
 
 
336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  39.52 
 
 
336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  39.82 
 
 
336 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.83 
 
 
333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
336 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
336 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  40.42 
 
 
336 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_931  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.13 
 
 
305 aa  231  9e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.541229  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.07 
 
 
306 aa  231  9e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  42.07 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.07 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.07 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.07 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  40.42 
 
 
336 aa  231  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  40.42 
 
 
336 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.07 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
336 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
314 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.07 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
334 aa  231  1e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  42.07 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.56 
 
 
306 aa  230  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
335 aa  229  3e-59  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.905382  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
334 aa  229  3e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  40.26 
 
 
313 aa  229  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
306 aa  229  4e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
306 aa  229  4e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
315 aa  229  6e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
306 aa  228  9e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  38.32 
 
 
336 aa  228  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  41.75 
 
 
306 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  41.75 
 
 
306 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.75 
 
 
306 aa  228  1e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.42 
 
 
306 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  41.75 
 
 
306 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  41.42 
 
 
306 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.24 
 
 
333 aa  226  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  41.42 
 
 
306 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
309 aa  226  4e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
321 aa  226  4e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  39.94 
 
 
306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  39.94 
 
 
306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.94 
 
 
306 aa  225  6e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
306 aa  225  6e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
315 aa  225  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  37.91 
 
 
336 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  39.94 
 
 
306 aa  224  1e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.72 
 
 
336 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  39.94 
 
 
306 aa  224  1e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.92 
 
 
336 aa  224  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  37.61 
 
 
336 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  38.21 
 
 
336 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.51 
 
 
336 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.56 
 
 
306 aa  223  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
334 aa  224  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.72 
 
 
334 aa  223  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  38.21 
 
 
336 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
306 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.89 
 
 
306 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
334 aa  223  3e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.486465 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
332 aa  223  4e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
334 aa  223  4e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.1 
 
 
306 aa  221  9e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.72 
 
 
336 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.14 
 
 
314 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.23 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  41.75 
 
 
327 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
308 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  38.21 
 
 
336 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  38.17 
 
 
339 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>