More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0045 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_1436  chromosomal replication initiation protein  68.53 
 
 
500 aa  742    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.723228  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0045  chromosomal replication initiator protein DnaA  100 
 
 
539 aa  1119    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.85 
 
 
468 aa  383  1e-105  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  52.55 
 
 
476 aa  376  1e-103  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  unclonable  0.00000000240109  normal  0.165841 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.73 
 
 
528 aa  376  1e-103  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.561876  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  42.62 
 
 
534 aa  375  1e-102  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  42.38 
 
 
506 aa  371  1e-101  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0827  chromosomal replication initiation protein  40.34 
 
 
492 aa  369  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0001  chromosomal replication initiation protein  53.8 
 
 
495 aa  368  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0454037 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0001  chromosomal replication initiation protein  53.8 
 
 
495 aa  368  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00010  chromosomal replication initiation protein  55.65 
 
 
597 aa  367  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000000278732  normal  0.616682 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0009  chromosomal replication initiation protein  53.8 
 
 
495 aa  368  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.166715  normal  0.0809665 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0001  chromosomal replication initiation protein  52.77 
 
 
494 aa  365  2e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.124904  normal  0.26229 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.67 
 
 
509 aa  363  5.0000000000000005e-99  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.98 
 
 
489 aa  361  2e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10001  chromosomal replication initiation protein  42.94 
 
 
507 aa  360  5e-98  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0001  chromosomal replication initiation protein  54.49 
 
 
557 aa  358  9.999999999999999e-98  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.85 
 
 
490 aa  358  9.999999999999999e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.35 
 
 
587 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00000000718914  hitchhiker  0.000588843 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.07 
 
 
480 aa  357  3.9999999999999996e-97  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.06 
 
 
591 aa  356  5.999999999999999e-97  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.000633656  unclonable  0.0000000292755 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.04 
 
 
721 aa  356  6.999999999999999e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000423182  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  54.57 
 
 
473 aa  355  1e-96  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000284064 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  42.01 
 
 
515 aa  354  2e-96  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.55 
 
 
474 aa  354  2e-96  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00000398294  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0001  chromosomal replication initiation protein  50.52 
 
 
577 aa  349  6e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.8 
 
 
527 aa  349  7e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0861644  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.06 
 
 
454 aa  347  4e-94  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  50 
 
 
453 aa  347  4e-94  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  52.56 
 
 
566 aa  347  4e-94  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.0000150843  normal  0.201816 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0001  chromosomal replication initiation protein  50.44 
 
 
440 aa  347  4e-94  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000118947  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.87 
 
 
518 aa  347  4e-94  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.7384  hitchhiker  0.00538334 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0001  chromosomal replication initiation protein  50.26 
 
 
615 aa  346  7e-94  Thermobifida fusca YX  Bacteria  unclonable  0.000000000479277  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  54.07 
 
 
652 aa  345  1e-93  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.00000505913  hitchhiker  0.00770539 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.17 
 
 
562 aa  345  1e-93  Frankia sp. CcI3  Bacteria  unclonable  0.0000000690317  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0001  DNA replication initiation ATPase- like protein  54.97 
 
 
582 aa  345  2e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00000523076  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  54.91 
 
 
565 aa  344  2e-93  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  50.72 
 
 
450 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  50.72 
 
 
450 aa  343  4e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  49.56 
 
 
457 aa  342  9e-93  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.74 
 
 
570 aa  340  2.9999999999999998e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000116219  normal  0.231349 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  49.27 
 
 
457 aa  340  4e-92  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.67 
 
 
444 aa  340  4e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.06 
 
 
490 aa  338  1.9999999999999998e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428353  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  48.09 
 
 
446 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000208181  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  49.27 
 
 
463 aa  337  1.9999999999999998e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2371  chromosomal replication initiation protein  51.4 
 
 
443 aa  335  1e-90  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0166544  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  49.85 
 
 
446 aa  334  2e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  47.21 
 
 
443 aa  333  3e-90  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  45.65 
 
 
443 aa  333  3e-90  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  50.74 
 
 
458 aa  333  3e-90  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  49.71 
 
 
446 aa  333  5e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  49.71 
 
 
446 aa  333  5e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  49.71 
 
 
446 aa  333  5e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  49.71 
 
 
446 aa  333  5e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  49.71 
 
 
446 aa  333  5e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  49.71 
 
 
446 aa  333  6e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  49.71 
 
 
446 aa  333  6e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  49.71 
 
 
446 aa  333  6e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  49.71 
 
 
446 aa  333  7.000000000000001e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  49.42 
 
 
446 aa  332  9e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.4 
 
 
449 aa  331  3e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141272  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.91 
 
 
450 aa  330  5.0000000000000004e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000842824  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0002  chromosomal replication initiation protein  48.98 
 
 
442 aa  329  1.0000000000000001e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0135977  hitchhiker  0.0000101386 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0001  chromosomal replication initiation protein  48.84 
 
 
441 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000247534  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.43 
 
 
527 aa  328  2.0000000000000001e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  47.95 
 
 
436 aa  327  3e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.37 
 
 
584 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  48.24 
 
 
451 aa  326  8.000000000000001e-88  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0001  chromosomal replication initiation protein  38.61 
 
 
472 aa  325  1e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000368077  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 
453 aa  322  9.999999999999999e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 
453 aa  322  9.999999999999999e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000795473  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.94 
 
 
453 aa  321  1.9999999999999998e-86  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0001  chromosomal replication initiation protein  47.65 
 
 
481 aa  317  2e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000056365  unclonable  0.0000112062 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0001  chromosomal replication initiation protein  47.51 
 
 
478 aa  318  2e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000339822  hitchhiker  0.0000314878 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  50.46 
 
 
439 aa  317  2e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00780596  normal  0.982574 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  47.51 
 
 
456 aa  314  2.9999999999999996e-84  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0001  chromosomal replication initiation protein  46.67 
 
 
480 aa  313  6.999999999999999e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000170377  unclonable  0.000000000650471 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  50 
 
 
439 aa  312  9e-84  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000109214  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.06 
 
 
454 aa  311  2e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000331762  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0001  chromosomal replication initiation protein  46.52 
 
 
470 aa  307  4.0000000000000004e-82  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000177247  normal  0.980205 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0001  chromosomal replication initiation protein  43.57 
 
 
460 aa  305  9.000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0001  chromosomal replication initiation protein  49 
 
 
445 aa  306  9.000000000000001e-82  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00343862  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0001  chromosomal replication initiation protein  43.27 
 
 
458 aa  304  3.0000000000000004e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000304436  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.6 
 
 
503 aa  302  1e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  49.85 
 
 
447 aa  302  1e-80  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  43.9 
 
 
449 aa  301  2e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0001  chromosomal replication initiation protein  46.2 
 
 
440 aa  300  3e-80  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.203604  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  42.32 
 
 
465 aa  300  4e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  42.55 
 
 
465 aa  300  5e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00002  Chromosomal replication initiator protein dnaA  43.48 
 
 
533 aa  300  6e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000917685  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  43.01 
 
 
524 aa  299  7e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  41.8 
 
 
467 aa  299  8e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.8 
 
 
467 aa  299  8e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  41.8 
 
 
467 aa  299  8e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  41.8 
 
 
467 aa  299  8e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  41.8 
 
 
467 aa  299  8e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  41.8 
 
 
467 aa  299  8e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  41.8 
 
 
467 aa  299  8e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  41.8 
 
 
467 aa  299  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>