More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0001 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  100 
 
 		 562 aa  1138    Frankia sp. CcI3  Bacteria  unclonable  0.0000000690317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  79.4 
 
 		 527 aa  816    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  61.33 
 
 		 480 aa  624  1e-177  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  57.21 
 
 		 591 aa  614  9.999999999999999e-175  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.000633656  unclonable  0.0000000292755 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0001  chromosomal replication initiation protein  57.77 
 
 		 615 aa  593  1e-168  Thermobifida fusca YX  Bacteria  unclonable  0.000000000479277  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  61.37 
 
 		 518 aa  594  1e-168  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.7384  hitchhiker  0.00538334 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0001  DNA replication initiation ATPase- like protein  56.87 
 
 		 582 aa  589  1e-167  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00000523076  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  59.6 
 
 		 527 aa  586  1e-166  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0861644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  59.01 
 
 		 528 aa  587  1e-166  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.561876  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  58.99 
 
 		 534 aa  565  1e-160  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0001  chromosomal replication initiation protein  58.76 
 
 		 577 aa  566  1e-160  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0001  chromosomal replication initiation protein  58.06 
 
 		 557 aa  558  1e-158  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  58.08 
 
 		 570 aa  558  1e-157  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000116219  normal  0.231349 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  56.83 
 
 		 468 aa  549  1e-155  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  54.61 
 
 		 509 aa  548  1e-154  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  77.15 
 
 		 587 aa  544  1e-153  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00000000718914  hitchhiker  0.000588843 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0827  chromosomal replication initiation protein  52.83 
 
 		 492 aa  541  9.999999999999999e-153  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  73.3 
 
 		 721 aa  528  1e-149  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000423182  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  56.01 
 
 		 584 aa  529  1e-149  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  58.05 
 
 		 476 aa  525  1e-148  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  unclonable  0.00000000240109  normal  0.165841 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00010  chromosomal replication initiation protein  71.95 
 
 		 597 aa  516  1.0000000000000001e-145  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000000278732  normal  0.616682 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  76.54 
 
 		 652 aa  518  1.0000000000000001e-145  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.00000505913  hitchhiker  0.00770539 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  75.73 
 
 		 490 aa  517  1.0000000000000001e-145  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  72.55 
 
 		 566 aa  516  1.0000000000000001e-145  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.0000150843  normal  0.201816 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10001  chromosomal replication initiation protein  53.64 
 
 		 507 aa  512  1e-144  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0001  chromosomal replication initiation protein  70.66 
 
 		 495 aa  513  1e-144  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0454037 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0009  chromosomal replication initiation protein  70.66 
 
 		 495 aa  513  1e-144  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.166715  normal  0.0809665 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0001  chromosomal replication initiation protein  70.66 
 
 		 495 aa  513  1e-144  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0001  chromosomal replication initiation protein  70.2 
 
 		 494 aa  509  1e-143  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.124904  normal  0.26229 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  73.98 
 
 		 489 aa  511  1e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.57 
 
 		 515 aa  505  9.999999999999999e-143  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  52.78 
 
 		 490 aa  501  1e-140  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428353  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  72.97 
 
 		 474 aa  501  1e-140  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00000398294  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  72.67 
 
 		 473 aa  498  1e-139  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000284064 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.39 
 
 		 506 aa  487  1e-136  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  60.36 
 
 		 453 aa  430  1e-119  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  60.18 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  60.18 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  60.18 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  60.18 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  60.18 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  60.18 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  60.18 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  60.18 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  60.18 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  59.88 
 
 		 446 aa  425  1e-117  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  55.86 
 
 		 450 aa  422  1e-117  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  59.59 
 
 		 450 aa  422  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  59.59 
 
 		 446 aa  421  1e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  57.02 
 
 		 457 aa  419  1e-116  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  57.02 
 
 		 457 aa  419  1e-116  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0001  chromosomal replication initiation protein  59.52 
 
 		 441 aa  414  1e-114  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000247534  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  57.18 
 
 		 451 aa  406  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  58.77 
 
 		 454 aa  408  1.0000000000000001e-112  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0001  chromosomal replication initiation protein  55.91 
 
 		 440 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000118947  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  56.55 
 
 		 443 aa  409  1.0000000000000001e-112  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  55.9 
 
 		 436 aa  407  1.0000000000000001e-112  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.59 
 
 		 446 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000208181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0002  chromosomal replication initiation protein  60 
 
 		 442 aa  404  1e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0135977  hitchhiker  0.0000101386 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  57.49 
 
 		 450 aa  404  1e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000842824  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  57.02 
 
 		 463 aa  403  1e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  57.57 
 
 		 453 aa  402  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000795473  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  57.57 
 
 		 453 aa  402  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  57.86 
 
 		 458 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  59.35 
 
 		 443 aa  402  9.999999999999999e-111  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  58.46 
 
 		 444 aa  388  1e-106  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  56.3 
 
 		 454 aa  382  1e-105  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000331762  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1436  chromosomal replication initiation protein  42.86 
 
 		 500 aa  380  1e-104  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.723228  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2371  chromosomal replication initiation protein  58.72 
 
 		 443 aa  380  1e-104  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0166544  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0001  chromosomal replication initiation protein  41.01 
 
 		 472 aa  378  1e-103  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000368077  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0001  chromosomal replication initiation protein  57.86 
 
 		 445 aa  376  1e-103  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00343862  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  60.75 
 
 		 449 aa  374  1e-102  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141272  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0001  chromosomal replication initiation protein  43.36 
 
 		 481 aa  369  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000056365  unclonable  0.0000112062 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0001  chromosomal replication initiation protein  53.47 
 
 		 453 aa  370  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.38 
 
 		 461 aa  371  1e-101  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000704659  normal  0.0525005 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.96 
 
 		 439 aa  366  1e-100  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000109214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0045  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.35 
 
 		 539 aa  367  1e-100  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  52.21 
 
 		 453 aa  368  1e-100  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  56.56 
 
 		 439 aa  365  1e-99  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00780596  normal  0.982574 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.49 
 
 		 456 aa  365  2e-99  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0001  chromosomal replication initiation protein  56.4 
 
 		 470 aa  362  1e-98  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000177247  normal  0.980205 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1100  chromosomal replication initiation protein  48.59 
 
 		 482 aa  358  1.9999999999999998e-97  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.018395 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0001  chromosomal replication initiation protein  52.82 
 
 		 478 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000339822  hitchhiker  0.0000314878 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0001  chromosomal replication initiation protein  51.64 
 
 		 480 aa  356  5.999999999999999e-97  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000170377  unclonable  0.000000000650471 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0003  chromosomal replication initiation protein  51.43 
 
 		 453 aa  354  2e-96  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0001  chromosomal replication initiation protein  51.43 
 
 		 453 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.755155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0198  chromosomal replication initiation protein  51.32 
 
 		 460 aa  354  2.9999999999999997e-96  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00733858  normal  0.0821352 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0001  chromosomal replication initiation protein  53.57 
 
 		 440 aa  353  4e-96  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.203604  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  52.59 
 
 		 447 aa  353  5.9999999999999994e-96  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0001  chromosomal replication initiation protein  50.15 
 
 		 459 aa  352  1e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000386226  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0001  chromosomal replication initiation protein  49.57 
 
 		 460 aa  352  1e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.831436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0001  chromosomal replication initiation protein  50.43 
 
 		 456 aa  348  2e-94  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  48.64 
 
 		 445 aa  345  1e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05681  chromosomal replication initiation protein  48.59 
 
 		 454 aa  344  2.9999999999999997e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.263255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  48.37 
 
 		 449 aa  344  2.9999999999999997e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0001  chromosomal replication initiation protein  50.47 
 
 		 460 aa  342  1e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.48 
 
 		 503 aa  341  2e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0001  chromosomal replication initiation protein  48.82 
 
 		 450 aa  341  2e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0001  chromosomal replication initiation protein  50.16 
 
 		 458 aa  340  5e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000304436  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0973  chromosomal replication initiation protein  51.03 
 
 		 450 aa  338  1.9999999999999998e-91  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>