More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4568 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
263 aa  514  1.0000000000000001e-145  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.146898  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10945  short chain dehydrogenase  70.34 
 
 
263 aa  339  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4742  short chain dehydrogenase  70.72 
 
 
263 aa  330  1e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0144665  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4362  short chain dehydrogenase  70.72 
 
 
263 aa  330  1e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.160835  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4448  short chain dehydrogenase  70.72 
 
 
263 aa  330  1e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.63337  normal  0.0303285 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1825  short chain dehydrogenase  70.34 
 
 
263 aa  329  3e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4921  short chain dehydrogenase  71.48 
 
 
273 aa  321  8e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506755  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0427  short chain dehydrogenase  61.19 
 
 
270 aa  293  2e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.319101  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0224  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  42 
 
 
255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.717009 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.35 
 
 
262 aa  169  4e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.869283 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.35 
 
 
262 aa  168  8e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.143414  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4414  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
262 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
262 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.368954 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
262 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.25 
 
 
256 aa  162  6e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
252 aa  159  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.434149 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
254 aa  158  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
255 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 
248 aa  153  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
265 aa  152  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4255  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  42.68 
 
 
255 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.337254  normal  0.605714 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 
260 aa  152  7e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
253 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1580  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  40.32 
 
 
255 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1827  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  40.32 
 
 
255 aa  149  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
253 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.108758  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
253 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.564431  normal  0.112699 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01588  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  39.92 
 
 
255 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
255 aa  149  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.444586  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1806  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  39.92 
 
 
255 aa  149  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
254 aa  149  4e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.818797  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01578  hypothetical protein  39.92 
 
 
255 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
262 aa  149  4e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.113816  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2011  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  39.92 
 
 
255 aa  149  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.617976  normal  0.65251 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2331  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  39.92 
 
 
255 aa  149  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
297 aa  148  9e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1694  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  39.52 
 
 
255 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.46 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.907948  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
298 aa  145  6e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  39.61 
 
 
254 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
249 aa  145  8.000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 
255 aa  144  1e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
257 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
257 aa  144  1e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.211006  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
254 aa  144  1e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  35.34 
 
 
286 aa  144  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.14 
 
 
251 aa  144  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
256 aa  143  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.346824  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
253 aa  143  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.246968  normal  0.169503 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
257 aa  143  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8757  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 
256 aa  142  4e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.215149  normal  0.0548986 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
260 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
297 aa  142  5e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
285 aa  142  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
287 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.43 
 
 
249 aa  141  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
248 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.715574  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  37.25 
 
 
259 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.87 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3295  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.04 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.291132 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.8 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.25 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
250 aa  139  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.1 
 
 
254 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.25 
 
 
247 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
258 aa  139  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
254 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2757  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
258 aa  139  6e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00507501  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.46 
 
 
253 aa  138  7e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
288 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3338  tropinone reductase  35.29 
 
 
267 aa  138  7.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0617958 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
262 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
264 aa  138  7.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22650  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  36.51 
 
 
306 aa  138  8.999999999999999e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2588  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.63 
 
 
248 aa  138  8.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1618  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  37.8 
 
 
255 aa  137  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.455189  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1716  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.25 
 
 
253 aa  137  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.1 
 
 
246 aa  138  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1561  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  37.8 
 
 
255 aa  137  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17140  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  36.51 
 
 
307 aa  138  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.391545  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
262 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
252 aa  137  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.9 
 
 
247 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.88 
 
 
245 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
257 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.56 
 
 
253 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
248 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
262 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.56 
 
 
253 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
248 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.56 
 
 
253 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>