More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2906 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1623  glycolate oxidase subunit GlcD, putative  80.31 
 
 		 457 aa  761    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1319  FAD linked oxidase domain protein  98.69 
 
 		 457 aa  917    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.07435e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2906  FAD linked oxidase domain protein  100 
 
 		 462 aa  936    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2199  FAD linked oxidase domain-containing protein  78.56 
 
 		 457 aa  729    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000163429  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1018  glycolate oxidase, subunit GlcD  57.27 
 
 		 470 aa  523  1e-147  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3996  glycolate oxidase, subunit GlcD  55.24 
 
 		 470 aa  508  1e-143  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.52944 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1188  (S)-2-hydroxy-acid oxidase, subunit D  55.46 
 
 		 470 aa  508  1e-143  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1348  glycolate oxidase, subunit GlcD  55.46 
 
 		 470 aa  509  1e-143  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1386  glycolate oxidase, subunit GlcD  55.46 
 
 		 470 aa  508  1e-143  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1450  glycolate oxidase, subunit GlcD  55.24 
 
 		 470 aa  509  1e-143  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1410  glycolate oxidase, subunit GlcD  55.24 
 
 		 470 aa  508  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1210  glycolate oxidase subunit GlcD  55.24 
 
 		 470 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1190  (S)-2-hydroxy-acid oxidase, subunit D  55.24 
 
 		 470 aa  507  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1309  glycolate oxidase subunit GlcD  55.24 
 
 		 470 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1212  glycolate oxidase, subunit GlcD  55.1 
 
 		 470 aa  505  9.999999999999999e-143  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.225801  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1038  FAD linked oxidase domain protein  53.28 
 
 		 461 aa  486  1e-136  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00807921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0562  FAD linked oxidase domain protein  53.93 
 
 		 466 aa  468  9.999999999999999e-131  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2308  FAD linked oxidase-like  53.07 
 
 		 466 aa  464  1e-129  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1862  FAD linked oxidase domain protein  50.77 
 
 		 461 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2540  FAD linked oxidase domain-containing protein  50.11 
 
 		 464 aa  459  9.999999999999999e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00114883  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3239  glycolate oxidase, subunit GlcD  50.87 
 
 		 460 aa  456  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1046  FAD linked oxidase domain protein  51.2 
 
 		 462 aa  457  1e-127  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.284035  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4518  FAD linked oxidase domain protein  50.44 
 
 		 462 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0392  FAD linked oxidase domain-containing protein  52.2 
 
 		 460 aa  440  9.999999999999999e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.769694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0346  FAD linked oxidase domain-containing protein  50.77 
 
 		 461 aa  429  1e-119  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.307472  normal  0.466912 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0534  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.79 
 
 		 464 aa  429  1e-119  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1994  FAD linked oxidase domain protein  46.29 
 
 		 461 aa  421  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0577  FAD linked oxidase domain protein  45.75 
 
 		 459 aa  413  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000376973 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0464  FAD linked oxidase domain protein  47.14 
 
 		 466 aa  412  1e-114  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0409  FAD linked oxidase domain protein  47.06 
 
 		 472 aa  414  1e-114  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3296  glycolate oxidase subunit GlcD, putative  45.95 
 
 		 459 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3245  FAD linked oxidase-like  45.75 
 
 		 459 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000203504 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0564  FAD linked oxidase domain protein  44.88 
 
 		 459 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0648  FAD linked oxidase domain-containing protein  45.95 
 
 		 459 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1313  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  44.89 
 
 		 469 aa  398  9.999999999999999e-111  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.130987  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4382  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.83 
 
 		 459 aa  397  1e-109  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0002  FAD linked oxidase domain-containing protein  48.02 
 
 		 462 aa  397  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3253  FAD linked oxidase domain-containing protein  44.86 
 
 		 459 aa  387  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00194288  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2765  glycolate oxidase subunit D  43.76 
 
 		 461 aa  385  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000623644  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2483  FAD linked oxidase domain protein  47.97 
 
 		 459 aa  384  1e-105  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.203046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0250  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  45.63 
 
 		 460 aa  379  1e-104  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1592  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.27 
 
 		 459 aa  372  1e-102  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0372  FAD linked oxidase-like  40.35 
 
 		 461 aa  369  1e-101  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.942962  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0708  FAD linked oxidase domain protein  40.48 
 
 		 460 aa  367  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0517  glycolate oxidase, subunit GlcD  39.87 
 
 		 460 aa  365  1e-99  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0493306  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1347  glycolate oxidase, subunit GlcD  39.65 
 
 		 460 aa  362  5.0000000000000005e-99  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1226  glycolate oxidase, subunit GlcD  39.65 
 
 		 460 aa  362  5.0000000000000005e-99  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0612986  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0693  glycolate oxidase, subunit GlcD  39.74 
 
 		 459 aa  362  7.0000000000000005e-99  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0311097  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0525  FAD linked oxidase domain protein  43.19 
 
 		 456 aa  362  1e-98  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00145948  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1615  glycolate oxidase, subunit GlcD  39.09 
 
 		 460 aa  356  5.999999999999999e-97  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2369  FAD linked oxidase domain protein  42.38 
 
 		 481 aa  352  5.9999999999999994e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1218  glycolate oxidase  40.09 
 
 		 460 aa  349  6e-95  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0359415  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0160  FAD linked oxidase domain protein  39.87 
 
 		 483 aa  348  2e-94  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0558  glycolate oxidase, subunit GlcD  39.96 
 
 		 486 aa  346  5e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.517434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5156  FAD linked oxidase domain protein  41.83 
 
 		 479 aa  343  4e-93  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2833  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.06 
 
 		 484 aa  343  5e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4091  glycolate oxidase, subunit GlcD  38.05 
 
 		 492 aa  341  2e-92  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0296969 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2532  FAD linked oxidase domain protein  40.78 
 
 		 509 aa  341  2e-92  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3186  glycolate oxidase, subunit GlcD  38.77 
 
 		 494 aa  340  5e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.602747 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1914  FAD linked oxidase domain protein  39.87 
 
 		 485 aa  333  4e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0185125  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2037  FAD linked oxidase domain protein  39.29 
 
 		 503 aa  333  4e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.159157  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6927  FAD linked oxidase domain protein  41.83 
 
 		 461 aa  332  7.000000000000001e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2684  FAD linked oxidase domain protein  40.31 
 
 		 480 aa  332  7.000000000000001e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.907385  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1219  FAD linked oxidase domain-containing protein  40.26 
 
 		 466 aa  332  9e-90  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.253497 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0822  glycolate oxidase, subunit GlcD  38.11 
 
 		 495 aa  331  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0851  glycolate oxidase, subunit GlcD  38.11 
 
 		 495 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.139503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1893  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.48 
 
 		 481 aa  330  3e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0991  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.97 
 
 		 497 aa  330  4e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0782856  normal  0.327269 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0490  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.39 
 
 		 471 aa  330  4e-89  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.450377 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4736  FAD linked oxidase-like  37.14 
 
 		 497 aa  330  4e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.369244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4137  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.92 
 
 		 497 aa  328  9e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3271  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.46 
 
 		 482 aa  327  4.0000000000000003e-88  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000349626  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1664  glycolate oxidase subunit GlcD  37.44 
 
 		 489 aa  326  5e-88  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.922134  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1138  D-lactate dehydrogenase  40.55 
 
 		 483 aa  325  9e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.588849 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1827  FAD linked oxidase-like  36.7 
 
 		 497 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.049746  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1321  FAD linked oxidase domain protein  37.06 
 
 		 497 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1612  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.18 
 
 		 890 aa  324  2e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00746947  normal  0.786698 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0276  glycolate oxidase subunit GlcD  37.17 
 
 		 490 aa  323  3e-87  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0495  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.89 
 
 		 496 aa  323  4e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2520  glycolate oxidase subunit GlcD  37 
 
 		 492 aa  323  5e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.855271  normal  0.213309 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1317  FAD linked oxidase domain-containing protein  41.84 
 
 		 461 aa  322  7e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.107956  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0180  glycolate oxidase, subunit GlcD  40.67 
 
 		 498 aa  322  8e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.74675  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2550  FAD linked oxidase domain-containing protein  38.58 
 
 		 486 aa  322  8e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0161  glycolate oxidase, subunit GlcD  40.67 
 
 		 498 aa  322  8e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0407483  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3047  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.77 
 
 		 488 aa  320  3.9999999999999996e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.767313  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02320  FAD/FMN-dependent dehydrogenase  36.54 
 
 		 485 aa  318  1e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3010  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.82 
 
 		 498 aa  318  1e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2788  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  42.01 
 
 		 758 aa  318  1e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.722584 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1695  FAD linked oxidase domain protein  37.91 
 
 		 495 aa  318  1e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.84126 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0364  FAD linked oxidase-like  38.71 
 
 		 498 aa  318  1e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1890  FAD linked oxidase domain-containing protein  41.78 
 
 		 461 aa  317  2e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.180802 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3429  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.27 
 
 		 887 aa  318  2e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0215799  decreased coverage  0.000769346 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1915  FAD linked oxidase domain protein  41.72 
 
 		 462 aa  317  3e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2581  FAD linked oxidase  37.04 
 
 		 497 aa  316  5e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.209325 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38310  FAD/FMN-dependent dehydrogenase  40.56 
 
 		 460 aa  315  7e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0988  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.24 
 
 		 475 aa  316  7e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0857891  hitchhiker  0.00240363 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2000  FAD linked oxidase domain protein  41.72 
 
 		 462 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.285602  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1963  FAD linked oxidase-like  41.95 
 
 		 462 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451792  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2867  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.14 
 
 		 488 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2921  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.69 
 
 		 497 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497857 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>