More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1078 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1078  chromosomal replication initiator protein DnaA, truncation  100 
 
 
258 aa  528  1e-149  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.648855  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0747  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  82.16 
 
 
243 aa  419  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0524633  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1412  chromosomal replication initiator, DnaA  67.78 
 
 
241 aa  350  2e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000188558  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3317  Chromosomal replication initiator DnaA  59 
 
 
234 aa  296  3e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.159079  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0929  Chromosomal replication initiator DnaA  58.16 
 
 
234 aa  296  3e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6289100000000002e-24 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2320  chromosomal replication initiator, DnaA  52.1 
 
 
236 aa  244  8e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.107711  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2174  Chromosomal replication initiator DnaA  44.92 
 
 
229 aa  191  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0001  chromosomal replication initiation protein  30.89 
 
 
459 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000386226  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.33 
 
 
458 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.642336  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.33 
 
 
458 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582872  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.45 
 
 
461 aa  113  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000704659  normal  0.0525005 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  31.02 
 
 
463 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.88 
 
 
454 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0002  chromosomal replication initiation protein  29.91 
 
 
442 aa  112  6e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0135977  hitchhiker  0.0000101386 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.9 
 
 
457 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  30 
 
 
462 aa  112  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  30 
 
 
462 aa  112  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  30 
 
 
450 aa  112  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.69 
 
 
446 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000208181  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.85 
 
 
587 aa  112  7.000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00000000718914  hitchhiker  0.000588843 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  30.36 
 
 
477 aa  112  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  30.43 
 
 
460 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.61 
 
 
453 aa  111  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.07 
 
 
441 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00105638  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.39 
 
 
464 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0001  chromosomal replication initiation protein  27.56 
 
 
440 aa  110  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.203604  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  30.47 
 
 
462 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  30.47 
 
 
465 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.45 
 
 
591 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.000633656  unclonable  0.0000000292755 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  28.33 
 
 
443 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  30.47 
 
 
465 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0001  chromosomal replication initiation protein  30.04 
 
 
440 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000118947  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.31 
 
 
566 aa  109  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.0000150843  normal  0.201816 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  28.16 
 
 
449 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.17 
 
 
439 aa  108  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00780596  normal  0.982574 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  30.34 
 
 
445 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  30.04 
 
 
472 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  30.04 
 
 
467 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  28.33 
 
 
457 aa  107  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  28.33 
 
 
457 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  29.31 
 
 
451 aa  107  2e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2056  chromosomal replication initiation protein  25.86 
 
 
436 aa  107  2e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  30.29 
 
 
721 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000423182  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  26.95 
 
 
450 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  31.06 
 
 
467 aa  106  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.06 
 
 
467 aa  106  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  30.04 
 
 
466 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  30.04 
 
 
466 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.47 
 
 
458 aa  106  3e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  31.06 
 
 
467 aa  106  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  30.04 
 
 
466 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  31.06 
 
 
467 aa  106  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  30.04 
 
 
466 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  31.06 
 
 
467 aa  106  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0001  chromosomal replication initiation protein  29.05 
 
 
453 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.47 
 
 
439 aa  106  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000109214  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  31.06 
 
 
467 aa  106  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  30.04 
 
 
483 aa  106  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000328329  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  31.06 
 
 
467 aa  106  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.16 
 
 
463 aa  106  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  31.06 
 
 
467 aa  106  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  30.04 
 
 
466 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  27.97 
 
 
436 aa  106  4e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  28.15 
 
 
450 aa  106  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0001  chromosomal replication initiation protein  27.6 
 
 
440 aa  105  5e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.19 
 
 
509 aa  105  5e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  29.13 
 
 
468 aa  106  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.08 
 
 
503 aa  105  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  30.64 
 
 
468 aa  105  8e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000552796  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  29.61 
 
 
468 aa  105  9e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  28.27 
 
 
460 aa  104  1e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  27.85 
 
 
452 aa  104  1e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.99 
 
 
456 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0001  chromosomal replication initiation protein  27.2 
 
 
440 aa  104  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0001  chromosomal replication initiation protein  29.37 
 
 
450 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  27.85 
 
 
464 aa  104  2e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  28.11 
 
 
446 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.29 
 
 
480 aa  103  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0001  chromosomal replication initiation protein  31.47 
 
 
498 aa  103  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  29.36 
 
 
446 aa  103  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  28.33 
 
 
446 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2371  chromosomal replication initiation protein  28.02 
 
 
443 aa  103  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0166544  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  29.36 
 
 
446 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  29.36 
 
 
446 aa  103  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  29.36 
 
 
446 aa  103  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  29.36 
 
 
446 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  28.33 
 
 
446 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  29.36 
 
 
446 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  28.33 
 
 
446 aa  103  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.85 
 
 
443 aa  102  6e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0001  chromosomal replication initiation protein  29.86 
 
 
460 aa  102  8e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.831436  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0001  chromosomal replication initiation protein  25.68 
 
 
441 aa  102  8e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000247534  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0001  chromosomal replication initiation protein  27.47 
 
 
478 aa  102  9e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000339822  hitchhiker  0.0000314878 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  28.94 
 
 
446 aa  101  9e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.88 
 
 
498 aa  101  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.184051 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.06 
 
 
444 aa  101  1e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0001  chromosomal replication initiation protein  28.99 
 
 
480 aa  101  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000170377  unclonable  0.000000000650471 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0001  chromosomal replication initiation protein  28.57 
 
 
481 aa  101  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000056365  unclonable  0.0000112062 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.67 
 
 
444 aa  101  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0001  chromosomal replication initiation protein  28.57 
 
 
464 aa  100  2e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000013935  decreased coverage  1.67388e-26 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>