More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0517 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0500  UMUC domain protein DNA-repair protein  96.88 
 
 		 417 aa  807    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0517  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 417 aa  834    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1740  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  49.22 
 
 		 393 aa  335  7.999999999999999e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0928  DNA-directed DNA polymerase  34.01 
 
 		 393 aa  192  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3235  DNA-directed DNA polymerase  28.87 
 
 		 380 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0236  DNA-directed DNA polymerase  32.73 
 
 		 401 aa  160  3e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  27.01 
 
 		 391 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  26.23 
 
 		 390 aa  150  4e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  25.84 
 
 		 390 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  28.93 
 
 		 408 aa  147  3e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  27.27 
 
 		 409 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  29.68 
 
 		 409 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  29.3 
 
 		 409 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  29.76 
 
 		 408 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  26.37 
 
 		 385 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6871  DNA-directed DNA polymerase  28.02 
 
 		 404 aa  139  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  29.4 
 
 		 426 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  27.07 
 
 		 425 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  29.1 
 
 		 407 aa  138  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  28.95 
 
 		 410 aa  138  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  27.83 
 
 		 409 aa  137  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  31.89 
 
 		 397 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  33.99 
 
 		 399 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  27.01 
 
 		 411 aa  132  9e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  31.6 
 
 		 481 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  32.27 
 
 		 395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4919  DNA-directed DNA polymerase  25.55 
 
 		 416 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  30.23 
 
 		 356 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  28.2 
 
 		 360 aa  129  8.000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3768  DNA-directed DNA polymerase  25.92 
 
 		 394 aa  129  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2727  DNA-directed DNA polymerase  27.67 
 
 		 400 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115509  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3568  DNA-directed DNA polymerase  25.59 
 
 		 393 aa  129  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  31.17 
 
 		 418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  25.19 
 
 		 399 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  30 
 
 		 386 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  30.92 
 
 		 418 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  28.12 
 
 		 410 aa  127  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  29.59 
 
 		 435 aa  127  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  29.57 
 
 		 417 aa  127  5e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  33.09 
 
 		 369 aa  126  6e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  31.14 
 
 		 418 aa  126  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  28.83 
 
 		 408 aa  126  7e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  27.87 
 
 		 413 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  28.27 
 
 		 410 aa  124  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  27.65 
 
 		 359 aa  124  4e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  30.86 
 
 		 422 aa  124  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.15 
 
 		 407 aa  123  6e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  27.65 
 
 		 359 aa  122  8e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.14 
 
 		 414 aa  122  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1370  DNA-directed DNA polymerase  24.11 
 
 		 385 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.67195 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  27.42 
 
 		 408 aa  121  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  27.41 
 
 		 371 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  31.46 
 
 		 419 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  28.24 
 
 		 399 aa  119  7e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  26.32 
 
 		 412 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  30.03 
 
 		 415 aa  118  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  29.5 
 
 		 429 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  28.93 
 
 		 357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  28.33 
 
 		 359 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  27.98 
 
 		 420 aa  118  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  25.37 
 
 		 425 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  28.2 
 
 		 373 aa  117  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  28.73 
 
 		 362 aa  117  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  30.3 
 
 		 402 aa  116  7.999999999999999e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  28.09 
 
 		 403 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  28.09 
 
 		 404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  28.09 
 
 		 404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  28.09 
 
 		 406 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  28.09 
 
 		 400 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  28.09 
 
 		 400 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  28.09 
 
 		 400 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  27.83 
 
 		 363 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  27.3 
 
 		 389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  28.8 
 
 		 406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  28.62 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  30.72 
 
 		 419 aa  114  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  27.72 
 
 		 430 aa  114  4.0000000000000004e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  28.24 
 
 		 425 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  27.9 
 
 		 375 aa  113  8.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  27.34 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  29.9 
 
 		 400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  22.77 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  26.37 
 
 		 384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  26.33 
 
 		 364 aa  112  2.0000000000000002e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  27.99 
 
 		 425 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  27.99 
 
 		 415 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  28.27 
 
 		 411 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  28.49 
 
 		 834 aa  111  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  28.62 
 
 		 354 aa  111  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3175  DNA-directed DNA polymerase  26.17 
 
 		 392 aa  111  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4051  DNA polymerase IV  23.76 
 
 		 412 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3889  DNA polymerase IV  23.76 
 
 		 412 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4277  DNA polymerase IV  23.33 
 
 		 412 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.727972  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4366  DNA polymerase IV  23.76 
 
 		 412 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4166  DNA polymerase IV  23.76 
 
 		 412 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  28.77 
 
 		 355 aa  110  5e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  28.16 
 
 		 353 aa  110  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3897  DNA polymerase IV  23.76 
 
 		 412 aa  110  6e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  29.03 
 
 		 383 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  29.03 
 
 		 361 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>