More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4251 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_0366  cysteinyl-tRNA synthetase  74.72 
 
 		 506 aa  778    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0158714  hitchhiker  0.00296969 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4251  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 524 aa  1054    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0711  cysteinyl-tRNA synthetase  48.3 
 
 		 465 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.848323  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0506  cysteinyl-tRNA synthetase  49.34 
 
 		 464 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.630345 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4314  cysteinyl-tRNA synthetase  47.92 
 
 		 467 aa  463  1e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.951692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0970  Cysteine--tRNA ligase  46.98 
 
 		 465 aa  452  1.0000000000000001e-126  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0212  cysteinyl-tRNA synthetase  48.4 
 
 		 466 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35130  cysteinyl-tRNA synthetase  45.79 
 
 		 459 aa  435  1e-121  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.782995 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0654  cysteinyl-tRNA synthetase  46.8 
 
 		 467 aa  437  1e-121  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0512859  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8151  cysteinyl-tRNA synthetase  45.3 
 
 		 470 aa  434  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0082  cysteinyl-tRNA synthetase  47.42 
 
 		 469 aa  433  1e-120  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0780  cysteinyl-tRNA synthetase  45.28 
 
 		 474 aa  422  1e-117  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.934407  normal  0.176113 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0360  cysteinyl-tRNA synthetase  44.97 
 
 		 464 aa  424  1e-117  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0911  cysteinyl-tRNA synthetase  45.88 
 
 		 471 aa  416  9.999999999999999e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.741601  normal  0.0529443 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0973  cysteinyl-tRNA synthetase  44.87 
 
 		 463 aa  412  1e-114  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.110281  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0605  cysteinyl-tRNA synthetase  46.52 
 
 		 465 aa  405  1.0000000000000001e-112  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.444417  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4925  cysteinyl-tRNA synthetase  46.39 
 
 		 473 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31750  cysteinyl-tRNA synthetase  45.86 
 
 		 477 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.443609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4021  cysteinyl-tRNA synthetase  43.49 
 
 		 471 aa  405  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163649  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4659  cysteinyl-tRNA synthetase  43.55 
 
 		 471 aa  401  9.999999999999999e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.998007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2068  cysteinyl-tRNA synthetase  43.8 
 
 		 469 aa  395  1e-108  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.742832 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5123  cysteinyl-tRNA synthetase  43.05 
 
 		 481 aa  389  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.642853  normal  0.372364 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4737  cysteinyl-tRNA synthetase  43.05 
 
 		 481 aa  389  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.343923  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4823  cysteinyl-tRNA synthetase  43.05 
 
 		 481 aa  389  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0354  cysteinyl-tRNA synthetase  41.57 
 
 		 480 aa  388  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03790  cysteinyl-tRNA synthetase  44.16 
 
 		 485 aa  385  1e-105  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.100441  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13613  cysteinyl-tRNA synthetase  42.37 
 
 		 469 aa  384  1e-105  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.324359 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4222  cysteinyl-tRNA synthetase  43.18 
 
 		 471 aa  384  1e-105  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.926894 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1048  cysteinyl-tRNA synthetase  41.03 
 
 		 549 aa  380  1e-104  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0671  cysteinyl-tRNA synthetase  45.86 
 
 		 481 aa  380  1e-104  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.590475  hitchhiker  0.000900008 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2953  cysteinyl-tRNA synthetase  43.99 
 
 		 480 aa  379  1e-104  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5338  cysteinyl-tRNA synthetase  44.38 
 
 		 463 aa  380  1e-104  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0329  cysteine--tRNA ligase  38.63 
 
 		 588 aa  374  1e-102  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.608913 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1446  cysteinyl-tRNA synthetase  43.02 
 
 		 467 aa  372  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5503  normal  0.424387 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0730  cysteinyl-tRNA synthetase  41.96 
 
 		 487 aa  367  1e-100  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.236803  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03760  cysteinyl-tRNA synthetase  42.94 
 
 		 500 aa  363  4e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0729069 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0855  cysteinyl-tRNA synthetase  41.94 
 
 		 488 aa  360  3e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1012  cysteinyl-tRNA synthetase  39.7 
 
 		 468 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0086  cysteinyl-tRNA synthetase  38.36 
 
 		 466 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0265  cysteinyl-tRNA synthetase  38.72 
 
 		 500 aa  355  1e-96  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000351954  normal  0.0179812 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2233  cysteinyl-tRNA synthetase  40.51 
 
 		 501 aa  354  2e-96  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.056881  normal  0.890291 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2065  cysteinyl-tRNA synthetase  36.88 
 
 		 468 aa  353  4e-96  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00052706  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0403  cysteinyl-tRNA synthetase  39.85 
 
 		 474 aa  353  5e-96  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00611212  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  38.81 
 
 		 485 aa  352  1e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  41.14 
 
 		 451 aa  351  2e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12690  cysteinyl-tRNA synthetase  43.47 
 
 		 481 aa  350  3e-95  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  38.06 
 
 		 481 aa  349  7e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1952  cysteinyl-tRNA synthetase  38.88 
 
 		 485 aa  348  1e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00515246  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0846  cysteinyl-tRNA synthetase  36.64 
 
 		 466 aa  348  2e-94  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000447814  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2253  cysteinyl-tRNA synthetase  36.9 
 
 		 465 aa  347  3e-94  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000105277  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0415  cysteinyl-tRNA synthetase  38.76 
 
 		 490 aa  347  4e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.148475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0193  cysteinyl-tRNA synthetase  37.62 
 
 		 486 aa  346  6e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0398  cysteinyl-tRNA synthetase  40.34 
 
 		 477 aa  346  6e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000244083  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  37.55 
 
 		 494 aa  346  6e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1589  cysteinyl-tRNA synthetase  36.53 
 
 		 487 aa  345  1e-93  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.354492  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1554  cysteinyl-tRNA synthetase  38.62 
 
 		 485 aa  345  1e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0084  cysteinyl-tRNA synthetase  36.88 
 
 		 465 aa  345  1e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000240351  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  40.46 
 
 		 485 aa  344  2e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1271  cysteinyl-tRNA synthetase  39.58 
 
 		 456 aa  343  2.9999999999999997e-93  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  38.18 
 
 		 487 aa  344  2.9999999999999997e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2121  cysteinyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 		 485 aa  343  5e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00371034  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19450  cysteinyl-tRNA synthetase  38.24 
 
 		 498 aa  342  7e-93  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000839474 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1667  cysteinyl-tRNA synthetase  37.06 
 
 		 479 aa  342  1e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.67425  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0482  cysteinyl-tRNA synthetase  39.19 
 
 		 485 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00357659 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1270  cysteinyl-tRNA synthetase  39.2 
 
 		 456 aa  340  4e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1735  cysteinyl-tRNA synthetase  38.45 
 
 		 460 aa  339  8e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2732  cysteinyl-tRNA synthetase  39.54 
 
 		 474 aa  339  8e-92  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.511576  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0061  cysteinyl-tRNA synthetase  37.6 
 
 		 458 aa  338  9.999999999999999e-92  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  37.74 
 
 		 459 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3324  cysteinyl-tRNA synthetase  34.98 
 
 		 470 aa  337  1.9999999999999998e-91  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0251973  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0089  cysteinyl-tRNA synthetase  36.12 
 
 		 465 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0086  cysteinyl-tRNA synthetase  36.12 
 
 		 465 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00483591  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0085  cysteinyl-tRNA synthetase  36.12 
 
 		 465 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 		 481 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0089  cysteinyl-tRNA synthetase  36.12 
 
 		 465 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000157643  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1003  cysteinyl-tRNA synthetase  38.72 
 
 		 488 aa  338  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  36.12 
 
 		 465 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.67266e-60 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0090  cysteinyl-tRNA synthetase  37.02 
 
 		 466 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000484516  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0089  cysteinyl-tRNA synthetase  36.12 
 
 		 465 aa  337  3.9999999999999995e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0154063  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0084  cysteinyl-tRNA synthetase  35.93 
 
 		 465 aa  336  5e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0171  cysteinyl-tRNA synthetase  36.76 
 
 		 469 aa  336  5.999999999999999e-91  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000554263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2184  cysteinyl-tRNA synthetase  35.06 
 
 		 461 aa  336  5.999999999999999e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0120  cysteinyl-tRNA synthetase  36.12 
 
 		 465 aa  336  7e-91  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000252042  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  38.23 
 
 		 461 aa  334  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  0.0000307026 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1109  cysteinyl-tRNA synthetase  34.88 
 
 		 488 aa  334  2e-90  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.98105  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_61  cysteinyl-tRNA synthetase  37.43 
 
 		 457 aa  334  2e-90  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0162  cysteinyl-tRNA synthetase  36.89 
 
 		 468 aa  334  2e-90  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.296388  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2407  cysteinyl-tRNA synthetase  37.69 
 
 		 460 aa  334  3e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0439107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  36.92 
 
 		 493 aa  334  3e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3742  cysteinyl-tRNA synthetase  38.33 
 
 		 460 aa  333  4e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156882  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0338  cysteinyl-tRNA synthetase  36.26 
 
 		 472 aa  333  4e-90  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000985703  hitchhiker  0.00000017831 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2905  cysteinyl-tRNA synthetase  38.07 
 
 		 460 aa  333  5e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0534  cysteinyl-tRNA synthetase  35.31 
 
 		 476 aa  333  5e-90  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0472255  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3883  cysteinyl-tRNA synthetase  35.58 
 
 		 480 aa  333  5e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2786  cysteinyl-tRNA synthetase  37.88 
 
 		 460 aa  333  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.401544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0530  cysteinyl-tRNA synthetase  37.83 
 
 		 460 aa  332  8e-90  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.474927  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1361  cysteinyl-tRNA synthetase  37.48 
 
 		 488 aa  332  9e-90  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13190  cysteinyl-tRNA synthetase  37.8 
 
 		 499 aa  332  1e-89  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.633789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1888  cysteinyl-tRNA synthetase  38.71 
 
 		 464 aa  332  1e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.298729  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1181  cysteinyl-tRNA synthetase  37.87 
 
 		 493 aa  332  1e-89  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00250228  hitchhiker  0.0000333718 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>