More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0329 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_1048  cysteinyl-tRNA synthetase  68.53 
 
 		 549 aa  778    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0329  cysteine--tRNA ligase  100 
 
 		 588 aa  1230    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.608913 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31750  cysteinyl-tRNA synthetase  48.86 
 
 		 477 aa  491  1e-137  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.443609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0911  cysteinyl-tRNA synthetase  49.72 
 
 		 471 aa  488  1e-136  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.741601  normal  0.0529443 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2068  cysteinyl-tRNA synthetase  48.29 
 
 		 469 aa  488  1e-136  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.742832 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2953  cysteinyl-tRNA synthetase  49.34 
 
 		 480 aa  480  1e-134  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0780  cysteinyl-tRNA synthetase  45.64 
 
 		 474 aa  456  1e-127  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.934407  normal  0.176113 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4314  cysteinyl-tRNA synthetase  44.13 
 
 		 467 aa  444  1e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.951692  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0671  cysteinyl-tRNA synthetase  47.72 
 
 		 481 aa  439  9.999999999999999e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.590475  hitchhiker  0.000900008 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0973  cysteinyl-tRNA synthetase  44.97 
 
 		 463 aa  436  1e-121  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.110281  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0654  cysteinyl-tRNA synthetase  46.42 
 
 		 467 aa  437  1e-121  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0512859  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4021  cysteinyl-tRNA synthetase  44.02 
 
 		 471 aa  438  1e-121  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163649  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0711  cysteinyl-tRNA synthetase  44.13 
 
 		 465 aa  429  1e-119  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.848323  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0855  cysteinyl-tRNA synthetase  44.92 
 
 		 488 aa  425  1e-118  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0212  cysteinyl-tRNA synthetase  44.13 
 
 		 466 aa  427  1e-118  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03760  cysteinyl-tRNA synthetase  45.94 
 
 		 500 aa  427  1e-118  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0729069 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0506  cysteinyl-tRNA synthetase  45.75 
 
 		 464 aa  425  1e-117  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.630345 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35130  cysteinyl-tRNA synthetase  43.07 
 
 		 459 aa  419  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.782995 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4737  cysteinyl-tRNA synthetase  44.07 
 
 		 481 aa  419  1e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.343923  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4823  cysteinyl-tRNA synthetase  44.07 
 
 		 481 aa  419  1e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4659  cysteinyl-tRNA synthetase  42.7 
 
 		 471 aa  416  9.999999999999999e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.998007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5123  cysteinyl-tRNA synthetase  43.88 
 
 		 481 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.642853  normal  0.372364 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0360  cysteinyl-tRNA synthetase  43.48 
 
 		 464 aa  416  9.999999999999999e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0605  cysteinyl-tRNA synthetase  43.4 
 
 		 465 aa  412  1e-114  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.444417  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0730  cysteinyl-tRNA synthetase  45.1 
 
 		 487 aa  415  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.236803  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0970  Cysteine--tRNA ligase  42.91 
 
 		 465 aa  407  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13613  cysteinyl-tRNA synthetase  42.69 
 
 		 469 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.324359 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4222  cysteinyl-tRNA synthetase  43.05 
 
 		 471 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.926894 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03790  cysteinyl-tRNA synthetase  42.91 
 
 		 485 aa  403  1e-111  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.100441  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8151  cysteinyl-tRNA synthetase  43.62 
 
 		 470 aa  404  1e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5338  cysteinyl-tRNA synthetase  43.92 
 
 		 463 aa  404  1e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1446  cysteinyl-tRNA synthetase  44.11 
 
 		 467 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5503  normal  0.424387 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0354  cysteinyl-tRNA synthetase  41.78 
 
 		 480 aa  395  1e-108  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4925  cysteinyl-tRNA synthetase  43.37 
 
 		 473 aa  395  1e-108  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12690  cysteinyl-tRNA synthetase  44.02 
 
 		 481 aa  392  1e-107  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0082  cysteinyl-tRNA synthetase  42.13 
 
 		 469 aa  377  1e-103  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0366  cysteinyl-tRNA synthetase  39.58 
 
 		 506 aa  373  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0158714  hitchhiker  0.00296969 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4251  cysteinyl-tRNA synthetase  38.97 
 
 		 524 aa  373  1e-102  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  39.44 
 
 		 487 aa  341  2e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19450  cysteinyl-tRNA synthetase  39.4 
 
 		 498 aa  335  2e-90  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000839474 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  38.65 
 
 		 485 aa  331  2e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  36.84 
 
 		 481 aa  330  6e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  36.7 
 
 		 485 aa  330  6e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  40.31 
 
 		 451 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1263  cysteinyl-tRNA synthetase  36.36 
 
 		 505 aa  328  2.0000000000000001e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.227331  normal  0.0688568 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3324  cysteinyl-tRNA synthetase  36.52 
 
 		 470 aa  326  6e-88  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0251973  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1003  cysteinyl-tRNA synthetase  38.21 
 
 		 488 aa  326  6e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1940  cysteinyl-tRNA synthetase  38.83 
 
 		 462 aa  325  2e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  37.83 
 
 		 481 aa  325  2e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2110  cysteinyl-tRNA synthetase  38.11 
 
 		 460 aa  324  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000230638 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  37.64 
 
 		 459 aa  324  3e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326973  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1698  cysteinyl-tRNA synthetase  37.27 
 
 		 481 aa  323  5e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.261335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  36.03 
 
 		 494 aa  323  5e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  37.5 
 
 		 460 aa  322  9.999999999999999e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  37.88 
 
 		 460 aa  322  1.9999999999999998e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  38.49 
 
 		 461 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  0.0000307026 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1361  cysteinyl-tRNA synthetase  37.48 
 
 		 488 aa  319  1e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2933  cysteinyl-tRNA synthetase  38.48 
 
 		 461 aa  319  1e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.395948  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0193  cysteinyl-tRNA synthetase  36.4 
 
 		 486 aa  319  1e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0242  cysteinyl-tRNA synthetase  36.76 
 
 		 459 aa  318  1e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0571  cysteinyl-tRNA synthetase  39.81 
 
 		 461 aa  318  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000388833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  38.86 
 
 		 465 aa  318  2e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2684  cysteinyl-tRNA synthetase  36.76 
 
 		 459 aa  318  2e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000025745  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0627  cysteinyl-tRNA synthetase  39.62 
 
 		 461 aa  318  2e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0130875  normal  0.589324 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1952  cysteinyl-tRNA synthetase  37.13 
 
 		 485 aa  318  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00515246  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  37.29 
 
 		 459 aa  317  4e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000706228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  36 
 
 		 459 aa  317  4e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3087  cysteinyl-tRNA synthetase  39.62 
 
 		 461 aa  317  5e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000869328  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0448  cysteinyl-tRNA synthetase  39.62 
 
 		 461 aa  317  5e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000245002  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00476  cysteinyl-tRNA synthetase  39.62 
 
 		 461 aa  316  6e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0063567  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0601  cysteinyl-tRNA synthetase  39.62 
 
 		 461 aa  316  6e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000694006  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  36.88 
 
 		 459 aa  316  6e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00481  hypothetical protein  39.62 
 
 		 461 aa  316  6e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0114278  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3096  cysteinyl-tRNA synthetase  39.62 
 
 		 461 aa  316  6e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0232678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0566  cysteinyl-tRNA synthetase  39.62 
 
 		 461 aa  316  6e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000638742  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  36.31 
 
 		 461 aa  316  6e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000406523  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3653  cysteinyl-tRNA synthetase  35.67 
 
 		 465 aa  316  7e-85  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  36.38 
 
 		 459 aa  316  8e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1345  cysteinyl-tRNA synthetase  38.4 
 
 		 461 aa  315  9.999999999999999e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3152  cysteinyl-tRNA synthetase  37.14 
 
 		 461 aa  315  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00287269  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2253  cysteinyl-tRNA synthetase  35.55 
 
 		 465 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000105277  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  36.88 
 
 		 461 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000012906  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1805  cysteinyl-tRNA synthetase  36.92 
 
 		 481 aa  314  2.9999999999999996e-84  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000188358  normal  0.435527 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0398  cysteinyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 		 477 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000244083  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  36.31 
 
 		 461 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000973737  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  36.12 
 
 		 461 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000164638  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2051  cysteinyl-tRNA synthetase  37.48 
 
 		 461 aa  313  3.9999999999999997e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0707347  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1166  cysteinyl-tRNA synthetase  37.31 
 
 		 461 aa  313  4.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00193068  normal  0.0129624 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  36.62 
 
 		 459 aa  313  7.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3014  cysteinyl-tRNA synthetase  36.95 
 
 		 461 aa  312  9e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000439481  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1278  cysteinyl-tRNA synthetase  36.95 
 
 		 461 aa  312  9e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1012  cysteinyl-tRNA synthetase  35.61 
 
 		 468 aa  312  1e-83  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  36.07 
 
 		 493 aa  312  1e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1554  cysteinyl-tRNA synthetase  36.6 
 
 		 485 aa  312  1e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  35.93 
 
 		 459 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000279239  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2065  cysteinyl-tRNA synthetase  36.77 
 
 		 468 aa  311  2e-83  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00052706  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1601  cysteinyl-tRNA synthetase  35.93 
 
 		 459 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000105927  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1667  cysteinyl-tRNA synthetase  35.93 
 
 		 479 aa  311  2.9999999999999997e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.67425  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0107  cysteinyl-tRNA synthetase  37.98 
 
 		 459 aa  310  4e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1844  cysteinyl-tRNA synthetase  37.83 
 
 		 463 aa  310  4e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>