More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3475 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
347 aa  681    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.19 
 
 
323 aa  401  9.999999999999999e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.473487  normal  0.360955 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6506  UDP-glucose 4-epimerase  44.15 
 
 
326 aa  264  2e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.25 
 
 
314 aa  215  7e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.25 
 
 
313 aa  203  4e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.62 
 
 
304 aa  194  1e-48  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.44 
 
 
312 aa  192  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.68 
 
 
309 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.39 
 
 
322 aa  186  5e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.4 
 
 
310 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.73 
 
 
310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.13 
 
 
310 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.01 
 
 
311 aa  181  2e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.25 
 
 
306 aa  180  4e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.26 
 
 
310 aa  179  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.26 
 
 
310 aa  177  2e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  35.8 
 
 
308 aa  177  3e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.47 
 
 
307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.05 
 
 
309 aa  173  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.37 
 
 
312 aa  172  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.71 
 
 
314 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.84 
 
 
321 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.17 
 
 
308 aa  169  6e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.82 
 
 
309 aa  169  7e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.182018  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
321 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.37 
 
 
309 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.51 
 
 
312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.67 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.53 
 
 
313 aa  164  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.47 
 
 
331 aa  161  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3108  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.67 
 
 
328 aa  160  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.43 
 
 
343 aa  159  9e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.81 
 
 
310 aa  157  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
309 aa  157  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0833  UDP-galactose-4-epimerase  34.44 
 
 
319 aa  156  6e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.030089  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
313 aa  155  7e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1033  putative epimerase  38.38 
 
 
309 aa  153  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.72 
 
 
343 aa  152  5.9999999999999996e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  33.33 
 
 
326 aa  152  8.999999999999999e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11260  putative epimerase  38.05 
 
 
309 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.33 
 
 
315 aa  150  3e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
368 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0828492  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.9 
 
 
354 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.873323  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.56 
 
 
334 aa  149  5e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.96 
 
 
325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.13 
 
 
323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.13 
 
 
323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  37.83 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.78 
 
 
298 aa  147  3e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.59 
 
 
332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.45 
 
 
316 aa  144  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1962  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.13 
 
 
326 aa  143  3e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0099  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.96 
 
 
342 aa  142  7e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.251032 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.86 
 
 
350 aa  142  9e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5210  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
341 aa  142  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0169  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase (UDP-glucose 4-epimerase)  34.17 
 
 
319 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.57 
 
 
296 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.52 
 
 
362 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001772  UDP-glucose 4-epimerase  30.33 
 
 
340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3245  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.6 
 
 
331 aa  140  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.221391 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.55139  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.05 
 
 
331 aa  140  3.9999999999999997e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1622  UDP-glucose 4-epimerase  37.64 
 
 
333 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222296  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
314 aa  139  6e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.79 
 
 
388 aa  139  7.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 
308 aa  139  1e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.18 
 
 
316 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0248  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
340 aa  138  1e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.250219 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.14 
 
 
328 aa  138  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.24 
 
 
331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0648845  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.75 
 
 
303 aa  137  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  29.91 
 
 
343 aa  137  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
320 aa  137  4e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000773597 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
342 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
332 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00157026  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.85 
 
 
310 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.79 
 
 
327 aa  135  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.88 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.15 
 
 
310 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29920  NAD-dependent epimerase protein  32.36 
 
 
367 aa  134  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0374178  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.47 
 
 
339 aa  134  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.863846  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3189  polysaccharide biosynthesis protein  28.53 
 
 
340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.64 
 
 
304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.08 
 
 
352 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.77 
 
 
310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.82 
 
 
325 aa  133  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.89 
 
 
310 aa  133  5e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
353 aa  132  6.999999999999999e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01011  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.81 
 
 
324 aa  132  6.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.08 
 
 
352 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.7 
 
 
314 aa  132  9e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.08 
 
 
352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.66 
 
 
684 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.01 
 
 
306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5374  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:nucleotide sugar epimerase  32.46 
 
 
377 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
310 aa  130  3e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.06 
 
 
685 aa  130  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.37 
 
 
307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>