More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1593 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009077  Mjls_1959  AMP-dependent synthetase and ligase  52.13 
 
 
830 aa  728    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5341  AMP-dependent synthetase and ligase  73.19 
 
 
915 aa  1181    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.795016 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4142  AMP-dependent synthetase and ligase  49.2 
 
 
860 aa  692    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1889  AMP-dependent synthetase and ligase  56.3 
 
 
860 aa  824    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0471823  normal  0.0591915 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
889 aa  1753    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.813754 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2855  AMP-dependent synthetase and ligase  50.12 
 
 
829 aa  714    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.577572 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1979  AMP-dependent synthetase and ligase  52.13 
 
 
830 aa  727    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.10033  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2121  AMP-dependent synthetase and ligase  51.65 
 
 
868 aa  785    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5747  AMP-dependent synthetase and ligase  51.08 
 
 
831 aa  715    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2025  AMP-dependent synthetase and ligase  52.13 
 
 
830 aa  727    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2199  AMP-dependent synthetase and ligase  51.54 
 
 
862 aa  683    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0560008  normal  0.885424 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2019  AMP-dependent synthetase and ligase  47.51 
 
 
841 aa  601  1e-170  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00459182  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0772  AMP-dependent synthetase and ligase  36.85 
 
 
887 aa  450  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0989084 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2512  AMP-dependent synthetase and ligase  40.69 
 
 
460 aa  282  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.280527  normal  0.710337 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2621  AMP-dependent synthetase and ligase  36.88 
 
 
453 aa  277  8e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2843  AMP-dependent synthetase and ligase  40.69 
 
 
459 aa  237  6e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0145799  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3177  AMP-dependent synthetase and ligase  30.07 
 
 
471 aa  203  9.999999999999999e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.733678  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1742  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 
497 aa  193  1e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.441923  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2785  AMP-dependent synthetase and ligase  38.35 
 
 
534 aa  184  7e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634484  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  29.34 
 
 
490 aa  184  9.000000000000001e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1249  AMP-dependent synthetase and ligase  35.84 
 
 
530 aa  179  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2866  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 
523 aa  174  5e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1082  AMP-dependent synthetase and ligase  31.62 
 
 
526 aa  169  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2958  AMP-dependent synthetase and ligase  40.29 
 
 
523 aa  168  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3179  AMP-dependent synthetase and ligase  31.16 
 
 
520 aa  167  8e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3111  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 
418 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0188419 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4497  AMP-dependent synthetase and ligase  32.3 
 
 
517 aa  155  5e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2870  AMP-dependent synthetase and ligase  29.04 
 
 
520 aa  152  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3314  amino acid adenylation domain-containing protein  25.77 
 
 
923 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0105674  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3152  amino acid adenylation domain-containing protein  27.79 
 
 
923 aa  146  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.595865 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2563  antibiotic biosynthesis protein, putative  26.8 
 
 
923 aa  140  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.136066  normal  0.595112 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5320  AMP-dependent synthetase and ligase  36.27 
 
 
521 aa  139  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2882  AMP-dependent synthetase and ligase  29.28 
 
 
514 aa  130  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0267  long-chain fatty-acid-CoA ligase  33.33 
 
 
492 aa  126  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.250834 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2020  AMP-dependent synthetase and ligase  29.89 
 
 
523 aa  120  9e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.256098 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1292  AMP-dependent synthetase and ligase  28.46 
 
 
523 aa  115  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.15 
 
 
514 aa  115  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0125  AMP-dependent synthetase and ligase  31.07 
 
 
533 aa  114  6e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1393  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  31.73 
 
 
530 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0696312  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.29 
 
 
512 aa  113  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3602  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 
8211 aa  112  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1956  AMP-dependent synthetase and ligase  31.01 
 
 
538 aa  111  7.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.536259  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4336  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 
515 aa  110  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0623029  hitchhiker  0.00463044 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2670  AMP-dependent synthetase and ligase  31.1 
 
 
531 aa  110  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3648  AMP-dependent synthetase and ligase  32.13 
 
 
519 aa  109  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2338  AMP-dependent synthetase and ligase  33.16 
 
 
509 aa  108  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3735  AMP-dependent synthetase and ligase  33.24 
 
 
505 aa  108  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0490  AMP-dependent synthetase and ligase  27.69 
 
 
512 aa  107  7e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1930  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 
510 aa  107  9e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.426512  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5940  amino acid adenylation domain-containing protein  28.57 
 
 
6999 aa  107  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0174  amino acid adenylation  27.06 
 
 
1332 aa  107  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1564  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 
529 aa  106  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1574  AMP-binding domain-containing protein  31.87 
 
 
535 aa  105  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.575944  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0616  AMP-binding domain-containing protein  31.87 
 
 
608 aa  105  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.117672  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3426  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 
505 aa  105  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.872115 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2124  AMP-binding domain-containing protein  31.87 
 
 
535 aa  105  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0705  AMP-binding domain-containing protein  31.87 
 
 
535 aa  105  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2026  AMP-binding domain-containing protein  31.87 
 
 
535 aa  105  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2211  AMP-binding domain-containing protein  31.87 
 
 
691 aa  104  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0111  AMP-dependent synthetase and ligase  29.02 
 
 
526 aa  103  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.471366  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2529  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  30.64 
 
 
532 aa  103  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0437982 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0367  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 
513 aa  103  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.379931 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  26.75 
 
 
492 aa  103  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.7 
 
 
491 aa  103  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 
505 aa  103  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531462  normal  0.0257473 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0137  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  31.2 
 
 
539 aa  102  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21190  enterochelin sythetase component F (Serine-activating enzyme) (Seryl-AMP ligase)  28.35 
 
 
1330 aa  102  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2984  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  28.81 
 
 
719 aa  101  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.272141  normal  0.0211518 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02684  2-acyl-glycerophospho-ethanolamine acyltransferase  28.81 
 
 
719 aa  100  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.379527  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0854  AMP-dependent synthetase and ligase  28.81 
 
 
719 aa  100  8e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2983  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  28.81 
 
 
719 aa  100  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0560212  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  29.76 
 
 
511 aa  101  8e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02645  hypothetical protein  28.81 
 
 
719 aa  100  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.337206  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0879  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  28.81 
 
 
719 aa  100  8e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.513346  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3156  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  28.81 
 
 
719 aa  100  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.344135  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2564  enterobactin synthase subunit F  29.63 
 
 
1304 aa  100  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.276813  normal  0.476183 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3223  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  28.65 
 
 
719 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229398 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4103  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  29.1 
 
 
719 aa  100  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.022489  hitchhiker  0.000184604 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1217  AMP-dependent synthetase and ligase  30.68 
 
 
513 aa  100  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.335283  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3157  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  28.65 
 
 
719 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.141461  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3026  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  29.1 
 
 
719 aa  100  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.266373  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  31.06 
 
 
520 aa  100  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.459173  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3175  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  28.65 
 
 
719 aa  100  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3282  thioester reductase domain-containing protein  28.69 
 
 
2374 aa  99.8  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3277  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  28.53 
 
 
719 aa  100  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6968  non-ribosomal peptide synthetase  29.67 
 
 
599 aa  99.4  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.606578 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1874  amino acid adenylation domain-containing protein  26.68 
 
 
1553 aa  100  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1027  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  28.53 
 
 
718 aa  99.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2384  long chain acyl-CoA synthetase  31.96 
 
 
522 aa  99.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.838987  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0750  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  29.44 
 
 
732 aa  99.8  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0975  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  28.53 
 
 
718 aa  99.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.605445  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3246  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  29.09 
 
 
718 aa  100  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966008  hitchhiker  0.00458184 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  31.93 
 
 
499 aa  99.8  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3238  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  28.65 
 
 
719 aa  99.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000871446 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4121  amino acid adenylation domain protein  30.61 
 
 
1583 aa  99  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.183322  normal  0.106605 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  30.23 
 
 
558 aa  99.4  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 
529 aa  99  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3566  malonyl-CoA synthase  31.85 
 
 
503 aa  99.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.676985  normal  0.895128 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7014  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  33.79 
 
 
529 aa  98.6  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188129 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  27.35 
 
 
487 aa  98.2  6e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>