More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1217 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1561  AMP-forming acyl-CoA synthetase/ligase  71.35 
 
 		 511 aa  692    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1217  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 513 aa  1039    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.335283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3041  AMP-dependent synthetase and ligase  70.76 
 
 		 511 aa  681    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0212  AMP-dependent synthetase and ligase  71.54 
 
 		 511 aa  695    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.419537 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2230  coenzyme A synthetase-like protein  60.27 
 
 		 535 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0106  AMP-dependent synthetase and ligase  60.69 
 
 		 512 aa  596  1e-169  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2100  AMP-dependent synthetase and ligase  60.51 
 
 		 526 aa  593  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.467333 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2140  AMP-dependent synthetase and ligase  60.2 
 
 		 526 aa  592  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.109279  normal  0.754717 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2417  AMP-dependent synthetase and ligase  60.2 
 
 		 526 aa  593  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.154607 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0049  AMP-dependent synthetase and ligase  59.57 
 
 		 510 aa  557  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.541922  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2463  AMP-dependent synthetase and ligase  59.67 
 
 		 506 aa  548  1e-154  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2527  AMP-dependent synthetase and ligase  52.28 
 
 		 504 aa  496  1e-139  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4343  AMP-dependent synthetase and ligase  51.64 
 
 		 506 aa  438  1e-121  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0697  AMP-dependent synthetase and ligase  50.78 
 
 		 506 aa  430  1e-119  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000262874  decreased coverage  0.0000717801 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4801  hypothetical protein  42.19 
 
 		 2167 aa  356  5.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04397  coenzyme A synthetase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G06850)  41.75 
 
 		 506 aa  348  2e-94  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3820  AMP-dependent synthetase and ligase  39.18 
 
 		 1453 aa  310  5e-83  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  38.38 
 
 		 532 aa  291  1e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1567  AMP-dependent synthetase and ligase  35.92 
 
 		 494 aa  264  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0567369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  34.67 
 
 		 507 aa  263  4.999999999999999e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3832  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 509 aa  261  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_48666  predicted protein  34.44 
 
 		 1643 aa  258  2e-67  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0961271  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 		 504 aa  256  8e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 520 aa  254  4.0000000000000004e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_48436  predicted protein  36.5 
 
 		 1503 aa  253  5.000000000000001e-66  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_37273  predicted protein  32.45 
 
 		 674 aa  248  1e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.757567  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1012  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 508 aa  249  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.46 
 
 		 510 aa  247  4e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.46 
 
 		 510 aa  247  4e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.26 
 
 		 510 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.26 
 
 		 510 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.26 
 
 		 510 aa  246  8e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  35.22 
 
 		 500 aa  246  9e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0728  AMP-dependent synthetase and ligase  35.8 
 
 		 507 aa  246  9e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.26 
 
 		 510 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.26 
 
 		 510 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  34.66 
 
 		 499 aa  245  9.999999999999999e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.06 
 
 		 510 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.26 
 
 		 510 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.06 
 
 		 510 aa  242  1e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4281  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 524 aa  242  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.131424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  32.21 
 
 		 509 aa  241  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  35.5 
 
 		 506 aa  241  2e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10120  acyl-CoA synthetase  34.68 
 
 		 542 aa  241  2e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.362122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0702  putative acyl-CoA synthetase  34.01 
 
 		 553 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.345543  normal  0.0324755 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22810  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.47 
 
 		 500 aa  239  6.999999999999999e-62  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 		 521 aa  239  1e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  32.92 
 
 		 525 aa  238  1e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  33.99 
 
 		 502 aa  239  1e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 536 aa  236  7e-61  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 514 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  34.66 
 
 		 510 aa  234  2.0000000000000002e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1699  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 		 1433 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 		 505 aa  231  2e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4702  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 506 aa  231  2e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 		 510 aa  231  2e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  33.05 
 
 		 487 aa  231  2e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  30.67 
 
 		 514 aa  231  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 512 aa  231  3e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4383  AMP-dependent synthetase and ligase  31.68 
 
 		 553 aa  230  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.647475 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01070  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.53 
 
 		 516 aa  228  2e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 508 aa  227  4e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  32.47 
 
 		 503 aa  226  7e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  32.81 
 
 		 511 aa  226  8e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  31.03 
 
 		 522 aa  226  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  33.54 
 
 		 527 aa  224  3e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0422  malonyl-CoA synthase  32.92 
 
 		 526 aa  223  6e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.26 
 
 		 491 aa  222  9.999999999999999e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2902  AMP-dependent synthetase and ligase  31.64 
 
 		 523 aa  222  9.999999999999999e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.475075  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.61 
 
 		 512 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.65 
 
 		 513 aa  221  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  31.1 
 
 		 504 aa  220  3.9999999999999997e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1609  AMP-dependent synthetase and ligase  31.65 
 
 		 527 aa  219  1e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5138  malonyl-CoA synthase  31.54 
 
 		 510 aa  218  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.809655  normal  0.695279 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  31.18 
 
 		 521 aa  218  2.9999999999999998e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  30.99 
 
 		 518 aa  217  4e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  32.3 
 
 		 508 aa  217  5e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  30.62 
 
 		 495 aa  216  7e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  31.08 
 
 		 490 aa  216  9e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  30.35 
 
 		 577 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1246  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 5154 aa  214  3.9999999999999995e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.262553 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  31.76 
 
 		 539 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  33.67 
 
 		 585 aa  213  7.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 505 aa  213  9e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.46 
 
 		 563 aa  212  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.13 
 
 		 561 aa  213  1e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  31.3 
 
 		 501 aa  212  1e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.46 
 
 		 563 aa  212  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2492  malonyl-CoA synthase  32.09 
 
 		 504 aa  212  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.46 
 
 		 582 aa  212  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.8 
 
 		 561 aa  211  2e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.49 
 
 		 582 aa  211  2e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  31.58 
 
 		 492 aa  211  3e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  30.94 
 
 		 515 aa  210  6e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  31.16 
 
 		 555 aa  209  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.49 
 
 		 561 aa  209  8e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.26 
 
 		 563 aa  209  8e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 		 511 aa  209  9e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6217  AMP-dependent synthetase and ligase  30.51 
 
 		 546 aa  209  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.53 
 
 		 561 aa  209  1e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>