More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2054 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_2054  phosphomethylpyrimidine kinase  100 
 
 
268 aa  537  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1376  phosphomethylpyrimidine kinase  80.44 
 
 
282 aa  395  1e-109  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2688  phosphomethylpyrimidine kinase  77.44 
 
 
275 aa  384  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0699  phosphomethylpyrimidine kinase  66.79 
 
 
269 aa  314  9.999999999999999e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.503674  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1102  phosphomethylpyrimidine kinase  48.44 
 
 
271 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0215379  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5600  hydroxy-methylpyrimidine kinase /hydroxy-phosphomethylpyrimidine kinase  48.08 
 
 
266 aa  208  9e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429432  normal  0.105983 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1397  phosphomethylpyrimidine kinase  45.53 
 
 
265 aa  207  2e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000385147  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0071  phosphomethylpyrimidine kinase  43.94 
 
 
267 aa  205  5e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2061  phosphomethylpyrimidine kinase  48.05 
 
 
260 aa  204  1e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0150754  normal  0.0985623 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3018  phosphomethylpyrimidine kinase  48.85 
 
 
270 aa  203  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0125  phosphomethylpyrimidine kinase  48.08 
 
 
285 aa  202  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2250  phosphomethylpyrimidine kinase  49.62 
 
 
268 aa  201  8e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.660572  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4984  phosphomethylpyrimidine kinase  48.45 
 
 
268 aa  199  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.702252  normal  0.243702 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2235  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase  51.74 
 
 
479 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2517  phosphomethylpyrimidine kinase  45.28 
 
 
260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0928  phosphomethylpyrimidine kinase  50.78 
 
 
271 aa  198  7e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0346056  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4470  phosphomethylpyrimidine kinase  48.45 
 
 
268 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.668119  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09330  phosphomethylpyrimidine kinase  45.77 
 
 
264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.387333 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1191  phosphomethylpyrimidine kinase  47.08 
 
 
267 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.16328  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0486  phosphomethylpyrimidine kinase  47.31 
 
 
284 aa  196  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4934  phosphomethylpyrimidine kinase  48.06 
 
 
268 aa  195  6e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2522  phosphomethylpyrimidine kinase  44.27 
 
 
262 aa  195  6e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1992  phosphomethylpyrimidine kinase  42.59 
 
 
270 aa  195  7e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0647  phosphomethylpyrimidine kinase  48.43 
 
 
264 aa  194  8.000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0486  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase  41.67 
 
 
277 aa  194  1e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1787  phosphomethylpyrimidine kinase  49.81 
 
 
308 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23579  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0605  phosphomethylpyrimidine kinase  47.67 
 
 
267 aa  193  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1935  phosphomethylpyrimidine kinase  49.43 
 
 
283 aa  193  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2909  phosphomethylpyrimidine kinase  50.38 
 
 
497 aa  193  3e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.112824 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2787  phosphomethylpyrimidine kinase  49.22 
 
 
268 aa  193  3e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0741888  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0706  phosphomethylpyrimidine kinase  47.89 
 
 
268 aa  192  4e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0452  phosphomethylpyrimidine kinase  43.02 
 
 
436 aa  192  4e-48  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.70912 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2095  phosphomethylpyrimidine kinase  49.61 
 
 
285 aa  192  4e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.376648  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1628  phosphomethylpyrimidine kinase  45.77 
 
 
266 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.522982  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1176  phosphomethylpyrimidine kinase  45.67 
 
 
267 aa  192  6e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.82174  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1301  phosphomethylpyrimidine kinase  45.14 
 
 
267 aa  192  7e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.185406  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0605  thiamine-phosphate pyrophosphorylase/phosphomethylpyrimidine kinase  48.44 
 
 
490 aa  191  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0918  phosphomethylpyrimidine kinase  43.58 
 
 
269 aa  190  2e-47  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2979  phosphomethylpyrimidine kinase  44.75 
 
 
267 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0366  phosphomethylpyrimidine kinase  46.33 
 
 
266 aa  190  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.437548 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6036  phosphomethylpyrimidine kinase type-2  51.32 
 
 
269 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.190496  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2041  phosphomethylpyrimidine kinase  51.32 
 
 
269 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2060  phosphomethylpyrimidine kinase  50.94 
 
 
269 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.373143 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1153  phosphomethylpyrimidine kinase  43.35 
 
 
272 aa  188  5.999999999999999e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0935315  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3496  phosphomethylpyrimidine kinase  48.45 
 
 
268 aa  188  5.999999999999999e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.828772  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2438  phosphomethylpyrimidine kinase  47.31 
 
 
264 aa  189  5.999999999999999e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.674981  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1688  phosphomethylpyrimidine kinase  46.77 
 
 
269 aa  189  5.999999999999999e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.268945  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3851  phosphomethylpyrimidine kinase  47.53 
 
 
497 aa  188  9e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1619  phosphomethylpyrimidine kinase  46.77 
 
 
269 aa  187  1e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.123369  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1443  phosphomethylpyrimidine kinase  46.21 
 
 
269 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.600581  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1236  phosphomethylpyrimidine kinase  51.32 
 
 
269 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.252768 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4453  phosphomethylpyrimidine kinase  47.51 
 
 
270 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  0.352817 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2331  phosphomethylpyrimidine kinase  44.4 
 
 
288 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2711  phosphomethylpyrimidine kinase  45.91 
 
 
267 aa  186  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.725967  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0565  phosphomethylpyrimidine kinase  44.44 
 
 
264 aa  185  7e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00127347  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5350  phosphomethylpyrimidine kinase  51.32 
 
 
269 aa  184  9e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.120967 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2470  phosphomethylpyrimidine kinase  46.44 
 
 
280 aa  184  9e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.176006  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0840  phosphomethylpyrimidine kinase  41.06 
 
 
265 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1310  phosphomethylpyrimidine kinase  46.92 
 
 
268 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1082  phosphomethylpyrimidine kinase  45.28 
 
 
271 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2294  phosphomethylpyrimidine kinase  49.21 
 
 
269 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1014  phosphomethylpyrimidine kinase  37.4 
 
 
279 aa  184  2.0000000000000003e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06838  phosphomethylpyrimidine kinase  45.04 
 
 
295 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1942  phosphomethylpyrimidine kinase  50.57 
 
 
269 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.719295  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2435  phosphomethylpyrimidine kinase  47.31 
 
 
285 aa  183  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1709  phosphomethylpyrimidine kinase  44.72 
 
 
271 aa  183  3e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1545  phosphomethylpyrimidine kinase  40 
 
 
264 aa  183  3e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.104036  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0639  phosphomethylpyrimidine kinase  41.64 
 
 
290 aa  183  3e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.784703  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2073  phosphomethylpyrimidine kinase  50.57 
 
 
269 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2595  phosphomethylpyrimidine kinase  45.42 
 
 
494 aa  183  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.61105  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4315  phosphomethylpyrimidine kinase  47.08 
 
 
297 aa  183  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.319953  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1658  phosphomethylpyrimidine kinase  50.94 
 
 
268 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0210202 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2479  phosphomethylpyrimidine kinase  50.94 
 
 
268 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0351011  hitchhiker  0.000627669 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2382  phosphomethylpyrimidine kinase  45.91 
 
 
266 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.779831 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1498  phosphomethylpyrimidine kinase  43.14 
 
 
257 aa  181  8.000000000000001e-45  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.315358  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2046  phosphomethylpyrimidine kinase  47.88 
 
 
266 aa  181  9.000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2378  phosphomethylpyrimidine kinase  45.53 
 
 
266 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305846  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0143  phosphomethylpyrimidine kinase  42.97 
 
 
281 aa  181  1e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2763  phosphomethylpyrimidine kinase  48.05 
 
 
492 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00755044  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2168  phosphomethylpyrimidine kinase  39.56 
 
 
276 aa  180  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0225656  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2130  phosphomethylpyrimidine kinase  39.56 
 
 
276 aa  180  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00414672  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3463  phosphomethylpyrimidine kinase  43.27 
 
 
297 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2289  phosphomethylpyrimidine kinase  45.53 
 
 
266 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.426705  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2490  phosphomethylpyrimidine kinase  45.53 
 
 
266 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2333  phosphomethylpyrimidine kinase  45.53 
 
 
266 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4968  phosphomethylpyrimidine kinase  49.81 
 
 
267 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.949163  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2005  phosphomethylpyrimidine kinase  50.19 
 
 
269 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1338  phosphomethylpyrimidine kinase  40 
 
 
264 aa  179  4e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00019728  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0621  phosphomethylpyrimidine kinase  43.56 
 
 
270 aa  179  4e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1938  phosphomethylpyrimidine kinase  46.21 
 
 
267 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0695148  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3091  phosphomethylpyrimidine kinase  45.53 
 
 
266 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0488797  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0091  phosphomethylpyrimidine kinase  39.93 
 
 
270 aa  179  5.999999999999999e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1155  phosphomethylpyrimidine kinase  48.47 
 
 
272 aa  178  7e-44  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.172529  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1361  phosphomethylpyrimidine kinase  48.69 
 
 
268 aa  178  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5051  phosphomethylpyrimidine kinase  46.64 
 
 
274 aa  178  9e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1376  phosphomethylpyrimidine kinase  40.08 
 
 
266 aa  178  9e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0131  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase  44.23 
 
 
269 aa  177  1e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.752831  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1813  phosphomethylpyrimidine kinase  47.49 
 
 
275 aa  177  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.319911  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1583  phosphomethylpyrimidine kinase  42.69 
 
 
264 aa  178  1e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.152097  normal  0.0340338 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1305  phosphomethylpyrimidine kinase  46.51 
 
 
323 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.279698  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>