252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3887 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3887  cytochrome c class I  100 
 
 		 143 aa  296  7e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389814 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1534  putative cytochrome C6  43.3 
 
 		 143 aa  97.4  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0283765  normal  0.795594 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1826  cytochrome c, class I  44.9 
 
 		 251 aa  96.7  9e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.384457 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02287  cytochrome C6  40.82 
 
 		 141 aa  94  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0703  cytochrome c class I  40.59 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1132  cytochrome c, class I  38.74 
 
 		 214 aa  89.7  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.300286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1779  cytochrome c, class I  38.68 
 
 		 214 aa  89  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0282319 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1153  cytochrome c family protein  37.74 
 
 		 218 aa  87.8  4e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2358  cytochrome c, class I  40.2 
 
 		 217 aa  84.7  4e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0809  cytochrome c, class I  30.37 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0246  cytochrome c class I  36.27 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.03 
 
 		 432 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  39.29 
 
 		 432 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  39.29 
 
 		 432 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  39.29 
 
 		 432 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  39.29 
 
 		 432 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  39.29 
 
 		 432 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  39.29 
 
 		 432 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  39.29 
 
 		 432 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.03 
 
 		 432 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  34.03 
 
 		 432 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  35.58 
 
 		 407 aa  63.9  0.0000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0473  cytochrome c class I  33.04 
 
 		 268 aa  63.5  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1369  cytochrome c class I  35.9 
 
 		 161 aa  62.8  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  38.39 
 
 		 432 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.29 
 
 		 461 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0362  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2) transmembrane protein  34.95 
 
 		 390 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.934147 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  32.86 
 
 		 468 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2764  cytochrome c oxidase, subunit II  37.25 
 
 		 535 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.802533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  37.86 
 
 		 532 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  37.86 
 
 		 532 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2902  cytochrome c oxidase, subunit II  37.25 
 
 		 535 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  37.86 
 
 		 532 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  36.27 
 
 		 532 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  35.71 
 
 		 432 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.61 
 
 		 432 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.61 
 
 		 432 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  36.61 
 
 		 432 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0237  cytochrome c oxidase, subunit II  34.95 
 
 		 418 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0206186 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  36.61 
 
 		 432 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  34.95 
 
 		 418 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  36.61 
 
 		 432 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  36.27 
 
 		 531 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.61 
 
 		 432 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01020  cytochrome c oxidase, subunit II  33.98 
 
 		 385 aa  58.2  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0317  cytochrome c, class I  38.89 
 
 		 285 aa  58.2  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00320646 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  31.72 
 
 		 430 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  31.72 
 
 		 430 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1350  cytochrome c family protein  31.72 
 
 		 430 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47168  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3197  cytochrome c oxidase, subunit II  34.95 
 
 		 525 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0672  cytochrome c oxidase, subunit II  34.95 
 
 		 525 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.275557  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0507  cytochrome c oxidase, subunit II  34.95 
 
 		 525 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1422  cytochrome c oxidase, subunit II  34.95 
 
 		 517 aa  57  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0170  cytochrome c oxidase, subunit II  34.95 
 
 		 517 aa  57  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.32275  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2849  cytochrome c oxidase, subunit II  34.95 
 
 		 517 aa  57  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0489  cytochrome c oxidase, subunit II  34.95 
 
 		 525 aa  57  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  35.58 
 
 		 523 aa  57  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5370  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.93 
 
 		 531 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0426  cytochrome c oxidase, subunit II  34.95 
 
 		 525 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2877  cytochrome c family protein  30.34 
 
 		 430 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0544  cytochrome c oxidase, subunit II  32.35 
 
 		 544 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 419 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1380  cytochrome c class I  30.43 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.705063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0263  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.34 
 
 		 470 aa  54.7  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.473095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.03 
 
 		 447 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3517  cytochrome c oxidase, subunit II  36.63 
 
 		 511 aa  54.3  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  34.29 
 
 		 417 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  32.99 
 
 		 512 aa  53.9  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0350  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.21 
 
 		 461 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4245  cytochrome c, class I  31.97 
 
 		 391 aa  53.9  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4171  putative cytochrome c oxidase  31.07 
 
 		 538 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.82291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  34.29 
 
 		 417 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2187  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit precursor, cytochrome c553  30.2 
 
 		 476 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0196419 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  33.98 
 
 		 524 aa  53.5  0.0000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  34.95 
 
 		 513 aa  53.5  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0810  cytochrome c, class I  34.23 
 
 		 158 aa  53.5  0.0000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  36.17 
 
 		 373 aa  53.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.16 
 
 		 433 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5292  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.88 
 
 		 531 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330766  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0942  cytochrome c class I  38.89 
 
 		 329 aa  53.1  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.240089 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4825  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.88 
 
 		 531 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605523 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  37.11 
 
 		 520 aa  53.1  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  28.95 
 
 		 385 aa  52.4  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1432  cytochrome c, class I  28.14 
 
 		 217 aa  52.8  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.632156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0117  cytochrome c oxidase, subunit II  35.24 
 
 		 375 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102376 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0276  cytochrome c oxidase, subunit II  31.13 
 
 		 557 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0062  cytochrome c oxidase, subunit II  36.63 
 
 		 374 aa  52.4  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0885746  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0119  cytochrome c oxidase, subunit II  34.29 
 
 		 375 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0103  cytochrome c oxidase, subunit II  34.29 
 
 		 375 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4606  cytochrome c oxidase, subunit II  36.9 
 
 		 513 aa  51.6  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  34.95 
 
 		 375 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  38.1 
 
 		 528 aa  50.8  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  34.74 
 
 		 518 aa  50.8  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1645  cytochrome c oxidase, subunit II  30.85 
 
 		 385 aa  50.8  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.856042  normal  0.904416 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4112  cytochrome c oxidase, subunit II  34.74 
 
 		 518 aa  50.8  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  34.26 
 
 		 479 aa  50.4  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1907  cytochrome c, class I  31.51 
 
 		 411 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.551897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.38 
 
 		 415 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  33.68 
 
 		 513 aa  50.8  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4311  cytochrome c oxidase, subunit II  34.74 
 
 		 518 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.997623  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>