More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1643 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1643  recombinase A  100 
 
 		 355 aa  721    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.883064  decreased coverage  0.00000000000602005 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1986  recombinase A  86.09 
 
 		 357 aa  622  1e-177  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.285484  normal  0.795588 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0597  recombinase A  83.57 
 
 		 356 aa  617  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.408398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1230  recombinase A  86.05 
 
 		 357 aa  613  9.999999999999999e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.460816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2373  recombinase A  83.67 
 
 		 357 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.263861  normal  0.548421 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0452  recombinase A  83.09 
 
 		 357 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2105  recombinase A  83.09 
 
 		 357 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.577481 
 
 
-
 
NC_004310  BR1202  recombinase A  76.25 
 
 		 361 aa  542  1e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1165  recombinase A  76.25 
 
 		 424 aa  542  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.165606  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1986  recombinase A  75.95 
 
 		 361 aa  541  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2558  recombinase A  75.52 
 
 		 362 aa  537  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352201  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1522  recombinase A  75.52 
 
 		 361 aa  531  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2578  recA protein  80.71 
 
 		 365 aa  530  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0869161  normal  0.0795722 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  74.04 
 
 		 366 aa  530  1e-149  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1263  recombinase A  75.07 
 
 		 360 aa  530  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.778933  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  74.34 
 
 		 362 aa  528  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0727  recombinase A  76.38 
 
 		 347 aa  525  1e-148  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.794192  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  74.04 
 
 		 364 aa  527  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2403  recA protein  76.69 
 
 		 343 aa  525  1e-148  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1006  recA protein  73.02 
 
 		 359 aa  521  1e-147  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3524  recA protein  72.57 
 
 		 355 aa  520  1e-146  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00288101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5453  recombinase A  71.39 
 
 		 362 aa  518  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.17766 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4376  recombinase A  70.67 
 
 		 363 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0513  recA protein  74.23 
 
 		 350 aa  516  1.0000000000000001e-145  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213728 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3741  recombinase A  70.88 
 
 		 364 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.709907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1567  recombinase A  70.97 
 
 		 363 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000432957 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1730  recombinase A  70.38 
 
 		 363 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00591118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1034  recombinase A  73.93 
 
 		 343 aa  515  1.0000000000000001e-145  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0682579  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5503  recA protein  75.15 
 
 		 363 aa  513  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468538  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1280  recombinase A  70.8 
 
 		 362 aa  514  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.118352  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0291  recA protein  74.85 
 
 		 363 aa  513  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0355806  hitchhiker  0.00687417 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1275  recombinase A  70.22 
 
 		 356 aa  513  1e-144  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138864  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1616  recombinase A  70.8 
 
 		 362 aa  511  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2228  recA protein  76.22 
 
 		 363 aa  514  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4080  recombinase A  71.68 
 
 		 361 aa  513  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0512  recombinase A  73.68 
 
 		 357 aa  509  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.759794  normal  0.922847 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2629  recA protein  75.3 
 
 		 366 aa  508  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2601  recA protein  75 
 
 		 366 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.2342 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2824  recA protein  75 
 
 		 366 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217843  normal  0.126726 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1725  recombinase A  74.14 
 
 		 360 aa  506  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.971685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1610  recA protein  73.17 
 
 		 390 aa  506  9.999999999999999e-143  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3956  recA protein  69.7 
 
 		 384 aa  494  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.544899  normal  0.165355 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0932  recA protein  69.09 
 
 		 345 aa  488  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1765  recombinase A  71.65 
 
 		 348 aa  488  1e-137  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1765  recombinase A  71.65 
 
 		 348 aa  488  1e-137  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1981  recombinase A  67.92 
 
 		 349 aa  490  1e-137  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00686398 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5903  recA protein  69.49 
 
 		 379 aa  489  1e-137  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1050  recA protein  69.09 
 
 		 345 aa  488  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0444945 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0017  recombinase A  68.7 
 
 		 356 aa  485  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0810  recombinase A  68.7 
 
 		 356 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2672  recombinase A  68.7 
 
 		 356 aa  485  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.996925  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0272  recombinase A  68.7 
 
 		 356 aa  485  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0971  recombinase A  68.7 
 
 		 356 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0643  recombinase A  68.51 
 
 		 356 aa  485  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.940587  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1288  recombinase A  70.68 
 
 		 348 aa  485  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2681  recombinase A  68.31 
 
 		 356 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0814  recombinase A  68.7 
 
 		 356 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.538126  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2404  recombinase A  68.7 
 
 		 356 aa  485  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1592  recA protein  66.96 
 
 		 347 aa  484  1e-135  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2041  recombinase A  68.31 
 
 		 356 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.461458  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1927  recombinase A  67.88 
 
 		 352 aa  482  1e-135  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1645  recombinase A  67.88 
 
 		 352 aa  482  1e-135  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2652  recombinase A  68.31 
 
 		 356 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1616  recA protein  69.47 
 
 		 348 aa  481  1e-135  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445296  normal  0.968936 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1549  recA protein  69.6 
 
 		 362 aa  481  1e-134  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205683  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4134  recA protein  71.03 
 
 		 345 aa  479  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00773385  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2405  recombinase A  66.47 
 
 		 341 aa  479  1e-134  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5979  recombinase A  69.07 
 
 		 348 aa  478  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0714479 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3295  recombinase A  69.21 
 
 		 358 aa  480  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303399  normal  0.877549 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0530  recA protein  69.78 
 
 		 327 aa  479  1e-134  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0440  recombinase A  68.07 
 
 		 358 aa  478  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0671  recombinase A  68.6 
 
 		 358 aa  478  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.180955 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1833  recA protein  68.9 
 
 		 363 aa  480  1e-134  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0352919  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3732  recA protein  71.03 
 
 		 358 aa  478  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000212043 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2699  recombinase A  68.73 
 
 		 359 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2573  recombinase A  68.73 
 
 		 359 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.803783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2082  recombinase A  70.09 
 
 		 347 aa  479  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3161  recombinase A  67.91 
 
 		 336 aa  477  1e-133  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1050  recombinase A  68.21 
 
 		 355 aa  477  1e-133  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1732  recombinase A  70.74 
 
 		 352 aa  477  1e-133  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0649106  normal  0.0921204 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0650  recombinase A  68.77 
 
 		 357 aa  476  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4685  recA protein  68.99 
 
 		 377 aa  474  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.0000000254393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1392  recombinase A  70.54 
 
 		 356 aa  475  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03079  recombinase A  72.59 
 
 		 348 aa  477  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.353429  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0924  DNA recombination protein, RecA  68.54 
 
 		 342 aa  473  1e-132  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2014  recombinase A  70.1 
 
 		 352 aa  473  1e-132  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1303  recombinase A  70.19 
 
 		 355 aa  473  1e-132  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0456  recA protein  68.81 
 
 		 358 aa  473  1e-132  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3735  recombinase A  68.55 
 
 		 338 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1287  recombinase A  70.68 
 
 		 343 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.569427  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3015  recombinase A  69.16 
 
 		 347 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.514179  hitchhiker  0.000000000000973321 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0527  recombinase A  69.51 
 
 		 353 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000554316  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0623  recA protein  65.77 
 
 		 352 aa  468  1.0000000000000001e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0466  recombinase A  70.12 
 
 		 353 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3630  recombinase A  68.55 
 
 		 338 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1523  recombinase A  69.78 
 
 		 346 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17530  recombinase A  69.78 
 
 		 346 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4030  recombinase A  68.85 
 
 		 355 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104307  unclonable  0.0000000000000597568 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0988  recombinase A  68.54 
 
 		 343 aa  464  9.999999999999999e-131  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0616  recombinase A  67.77 
 
 		 364 aa  466  9.999999999999999e-131  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>