More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3956 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4685  recA protein  91.39 
 
 		 377 aa  643    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.0000000254393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3956  recA protein  100 
 
 		 384 aa  767    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.544899  normal  0.165355 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3948  recA protein  84.38 
 
 		 384 aa  587  1e-167  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0497  recombinase A  85.04 
 
 		 353 aa  577  1.0000000000000001e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00187604 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4001  recA protein  81.3 
 
 		 373 aa  566  1e-160  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.627229  normal  0.688491 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0075  recombinase A  85.38 
 
 		 357 aa  565  1e-160  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0671  recombinase A  78.49 
 
 		 358 aa  567  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.180955 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3351  recA protein  81.3 
 
 		 373 aa  566  1e-160  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3295  recombinase A  80.83 
 
 		 358 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303399  normal  0.877549 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0814  recombinase A  80.17 
 
 		 356 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.538126  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0810  recombinase A  80.17 
 
 		 356 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2672  recombinase A  80.17 
 
 		 356 aa  559  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.996925  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0272  recombinase A  80.17 
 
 		 356 aa  559  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0971  recombinase A  80.17 
 
 		 356 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2404  recombinase A  80.17 
 
 		 356 aa  559  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0643  recombinase A  79.59 
 
 		 356 aa  558  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.940587  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5195  recA protein  83.53 
 
 		 375 aa  558  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0017  recombinase A  80.17 
 
 		 356 aa  559  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0440  recombinase A  79.94 
 
 		 358 aa  558  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0650  recombinase A  80.54 
 
 		 357 aa  551  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5979  recombinase A  81.76 
 
 		 348 aa  551  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0714479 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0355  recA protein  86.65 
 
 		 367 aa  553  1e-156  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4640  recA protein  84.66 
 
 		 354 aa  551  1e-156  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2573  recombinase A  80.54 
 
 		 359 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.803783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0874  recA protein  83.24 
 
 		 367 aa  554  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.532648 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2041  recombinase A  80.84 
 
 		 356 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.461458  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2681  recombinase A  80.84 
 
 		 356 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2699  recombinase A  80.54 
 
 		 359 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2652  recombinase A  80.84 
 
 		 356 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0466  recombinase A  79.89 
 
 		 353 aa  548  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0527  recombinase A  81.14 
 
 		 353 aa  546  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000554316  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0711  recombinase A  79.03 
 
 		 345 aa  545  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1549  recA protein  73.79 
 
 		 362 aa  535  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1833  recA protein  76.6 
 
 		 363 aa  536  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0352919  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0551  recombinase A  80.84 
 
 		 352 aa  518  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0455  recombinase A  80.24 
 
 		 352 aa  518  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0471  recombinase A  80.24 
 
 		 352 aa  518  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1765  recombinase A  74.01 
 
 		 348 aa  510  1e-143  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1765  recombinase A  74.01 
 
 		 348 aa  510  1e-143  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1050  recA protein  73.39 
 
 		 345 aa  509  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0444945 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0019  recombinase A  76.29 
 
 		 339 aa  509  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1986  recombinase A  72.42 
 
 		 357 aa  511  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.285484  normal  0.795588 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1230  recombinase A  73.78 
 
 		 357 aa  508  1e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.460816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  73.48 
 
 		 362 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  71.93 
 
 		 364 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0932  recA protein  73.39 
 
 		 345 aa  509  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2558  recombinase A  72.7 
 
 		 362 aa  508  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352201  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0924  DNA recombination protein, RecA  73.7 
 
 		 342 aa  507  9.999999999999999e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1592  recA protein  74.01 
 
 		 347 aa  508  9.999999999999999e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5453  recombinase A  70.8 
 
 		 362 aa  506  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.17766 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1567  recombinase A  68.8 
 
 		 363 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000432957 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0570  recombinase A  74.71 
 
 		 344 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.244041 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3524  recA protein  72.11 
 
 		 355 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00288101 
 
 
-
 
NC_004310  BR1202  recombinase A  69.77 
 
 		 361 aa  503  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1280  recombinase A  69.21 
 
 		 362 aa  502  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.118352  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3741  recombinase A  68.47 
 
 		 364 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.709907 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1616  recA protein  69.34 
 
 		 348 aa  501  1e-141  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445296  normal  0.968936 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1730  recombinase A  68.18 
 
 		 363 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00591118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1165  recombinase A  69.77 
 
 		 424 aa  503  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.165606  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1522  recombinase A  71.95 
 
 		 361 aa  503  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0597  recombinase A  71.73 
 
 		 356 aa  503  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.408398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1981  recombinase A  71.68 
 
 		 349 aa  500  1e-140  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00686398 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4152  recombinase A  77.64 
 
 		 343 aa  500  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4376  recombinase A  67.9 
 
 		 363 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0881  recombinase A  74.92 
 
 		 343 aa  499  1e-140  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.115374  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1986  recombinase A  71.95 
 
 		 361 aa  500  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1616  recombinase A  68.97 
 
 		 362 aa  498  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2578  recA protein  75.16 
 
 		 365 aa  499  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0869161  normal  0.0795722 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0988  recombinase A  74.92 
 
 		 343 aa  499  1e-140  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1287  recombinase A  70.62 
 
 		 343 aa  494  1e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.569427  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2403  recA protein  70.88 
 
 		 343 aa  497  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  71.78 
 
 		 366 aa  495  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3732  recA protein  69.97 
 
 		 358 aa  497  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000212043 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1263  recombinase A  71.47 
 
 		 360 aa  495  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.778933  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1006  recA protein  72.56 
 
 		 359 aa  495  1e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0634  recombinase A  71.52 
 
 		 347 aa  496  1e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.139362  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1629  recombinase A  72.48 
 
 		 355 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.849206  normal  0.20246 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4134  recA protein  69.97 
 
 		 345 aa  494  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00773385  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4088  recombinase A  72.48 
 
 		 355 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2197  recombinase A  77.48 
 
 		 364 aa  493  9.999999999999999e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000188561  hitchhiker  0.00000561972 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03079  recombinase A  72.78 
 
 		 348 aa  492  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.353429  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1231  recombinase A  72.48 
 
 		 355 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000000176903 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1610  recA protein  68.97 
 
 		 390 aa  492  9.999999999999999e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4030  recombinase A  72.48 
 
 		 355 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104307  unclonable  0.0000000000000597568 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1248  recombinase A  69.68 
 
 		 355 aa  488  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000030102 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3015  recombinase A  72.17 
 
 		 347 aa  488  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.514179  hitchhiker  0.000000000000973321 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0727  recombinase A  70.55 
 
 		 347 aa  488  1e-137  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.794192  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0387  recA protein  73.85 
 
 		 347 aa  488  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0981  recA protein  68.17 
 
 		 358 aa  489  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3117  recombinase A  69.68 
 
 		 355 aa  488  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3126  recombinase A  69.68 
 
 		 355 aa  488  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3161  recombinase A  71.21 
 
 		 336 aa  488  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3213  recombinase A  68.26 
 
 		 357 aa  489  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.996939  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1125  recombinase A  71.25 
 
 		 357 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1196  recombinase A  71.25 
 
 		 357 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0996  recA protein  72.26 
 
 		 363 aa  488  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.579129  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2747  recombinase A  71.56 
 
 		 357 aa  488  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2082  recombinase A  68.52 
 
 		 347 aa  489  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1175  recombinase A  70.96 
 
 		 352 aa  485  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214888 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1208  recombinase A  72.45 
 
 		 353 aa  486  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>